古代史
秦漢時期的帝王巡幸求仙活動，蓬萊由仙山的名字變成了實際地名。唐貞觀八年（634），始置蓬萊鎮，屬黃縣。唐神龍三年（707），登州治所移蓬萊，蓬萊遂升鎮為縣，省黃縣入蓬萊。唐先天元年（712），蓬萊西部析出，復置黃縣，蓬萊、黃縣皆屬登州。唐天寶元年（742），登州改為東牟郡，轄蓬萊縣。唐乾元元年（758），東牟郡復改為登州，仍轄蓬萊縣。宋襲唐制。金天會九年（1131），蓬萊東部析出，置福山縣；蓬萊南部析出，置棲霞縣。蓬萊、福山、棲霞皆屬登州。元襲金制。明洪武元年（1368），廢蓬萊縣入登州，屬萊州府。明洪武六年（1373），登州改由山東承宣布政使司直轄。明洪武九（1376），登州昇州為府，復置蓬萊縣，屬登州府。清襲明制。
民國
民國初年，撤府為縣，蓬萊縣由山東省直轄。
1914年，省下設道，蓬萊縣屬膠東道。
1925年膠東道析為東海道和萊膠道，蓬萊縣屬東海道。
1928年，奉系軍隊進駐長山列島，翌年設立長山島行政區，與蓬萊縣脫離，由奉系海軍和山東省共同管轄。1933年撤道，蓬萊縣直屬山東省。
1934年，省下設區，蓬萊縣屬魯東區。
1936年，蓬萊縣改屬山東省第七行政區。
1938年，日軍侵占蓬萊縣，華北漢奸政權將蓬萊縣劃歸山東省魯東道；
1940年，魯東道更名為登州道，蓬萊縣改屬登州道。
1938年2月3日，在中共蓬萊縣委領導下，蓬萊人民舉行武裝起義。3月26日，建立人民政權--蓬萊縣抗日民主政府。人民政權建立後，蓬萊縣屬膠東行署北海區。
中華人民共和國
1950年5月，膠東行署及下屬各區撤銷，設立文登、萊陽、膠州3個專區和煙臺市，蓬萊縣改屬萊陽專區。
1958年11月，萊陽專區改稱煙臺專區，黃縣、長島縣併入蓬萊縣，蓬萊縣改屬煙臺專區。
1962年1月，黃縣從蓬萊析出。
1963年10月，長島縣從蓬萊析出。
1983年11月，撤銷煙臺專區，設立煙臺市，蓬萊縣改屬煙臺市管轄。
1991年11月30日，撤銷蓬萊縣，設立蓬萊市（縣級），以原蓬萊縣的行政區域為蓬萊市的行政區域，由山東省直轄。
1991年12月27日，山東省人民政府確定，蓬萊市由煙臺市代管。
