發現歷史
頭骨2012年，雲南省文物考古研究所研究團隊曾發表在雲南、廣西地區發現四具石器時代人類化石的訊息，認為從雲南蒙自馬鹿洞人頭骨形態上看，推測其具有十萬年以上的人類體質特徵，認為是此前從未在人類進化史中出現過的全新人種。在這一新發現之前，大家曾以為現代人，即智人獨占東亞大陸，沒想到曾有其他和現代人不同的人種也曾生活在這片大陸上，只是其血脈由於種種原因消失於無形。
2012年3月，中澳科學家關於雲南“馬鹿洞人”的重大發現備受關注，這個研究由雲南省文物考古研究所與澳大利亞新南威爾斯大學共同合作完成，歷時4年。
2012年3月中旬，國際知名學術期刊集《公共科學圖書館(綜合)》發表關於“雲南鹿洞人”、“廣西隆林人”的一篇長達28頁的論文。隨即，美國國家地理雜誌給予高度評價。
2012年3月21日，雲南“馬鹿洞人”考古隊中方科學家、雲南省文物考古研究所相關負責人表示。“馬鹿洞人”可能是人類進化晚期一個旁支，可能代表東亞地區一種未知的已滅絕的古代人群，具有晚期智人和早期智人之間的鑲嵌特徵，進行確認工作。
2015年12月17日，國際著名學術期刊《科學公共圖書館－綜合》線上發表了雲南省文物考古研究所與澳大利亞新南威爾斯大學的最新研究成果——《中國西南晚更新世與古老型人類有密切關係的人類股骨》。這一發現肯定了馬鹿洞遺址存在全新的古老型人類種群。
生存環境
對雲南蒙自馬鹿洞人類股骨的研究顯示，雖然其年代距今1萬4千年左右，但其特徵卻與最古老的人類極其相似，且可能與早期現代人共存在同一區域。青藏高原隆升在東南緣形成的獨特古氣候和古環境可能為史前人類的多樣性提供了一個避難所。“兩百萬年左右第一波到達歐亞大陸的元謀猿人、爪哇猿人，藍田猿人和達瑪尼西人等出現後，就開始了人群的遷移和融合，古人類在不同地區的進化速度不一樣，因此，體質特徵出現了差異。現代人出現後，古老型人群在南方一些環境受冰期影響較小的熱帶、亞熱帶地區得以倖存下來”。吉學平說，“新的發現肯定了馬鹿洞遺址存在神秘的古老型人類種群。”外形特徵
“馬鹿洞人”可能代表一種新的過去未知的人群；“馬鹿洞人”可能是隨著歐亞大範圍遷移的融合產生的，具有非洲、西方等人群的雜交特徵。發現的化石有“高度獨特”、混合了現代人和古代人的特徵，生活在距今14500年到11500年前之間，以獵食大型鹿科動物為生，因此而得名“馬鹿洞人”。
“馬鹿洞人”沒有現代人的下巴，有巨大的臼齒。眉脊粗壯，十分醒目，而左右眉脊間呈波狀；眉額溝顯著，在眉脊與額骨間，形成一條橫向凹寬的溝；頭骨較厚，最厚處為7毫米。
研究成果
人類起源兩大學說示意圖研究者認為，在這個被稱為“古老物種的避難所、新物種的起源地”的雲南，成為不同人群遷移的相對集中的通道，其他地方無法生存的物種卻能在此地生存。
與此同時，“馬鹿洞人”的發現顯示，現代人在東亞地區起源和演化要比先前所知的複雜很多。這類化石可能代表早期智人倖存最晚的記錄，或可能代表東亞地區一種未知的已滅絕的古代人群。
“馬鹿洞人”所出現的年代，同時期中國多個地方都有晚期智人，他們要比“馬鹿洞人”先進得多。
為破解中國雲南地區人類演化的謎團，雲南省文物考古研究所2013年底啟動了“雲南晚期智人及其文化多樣性研究”課題，新的調查和研究已獲得一些重要發現和成果，隨著研究的深入和古DNA研究的開展，更多的謎團將被解開。
研究意義
雲南“馬鹿洞人”考古隊中方科學家認為最顯著的意義在於，“馬鹿洞人”是晚期智人，但具有早期智人特徵。但要說這種人是中國人的祖先，有點誇張。可以理解為，馬鹿洞人是當時人群中的少數民族。有學者認為，東亞地區特別是中國的現代人起源研究不斷有新發現。儘管起源於亞洲的證據不如非洲的多，但肯定現代人起源是非洲還是其他地區都為時尚早。
對於人類的起源，國際公認得起源說是：非洲起源說，但仍有部分亞洲學者持保留態度。他們認為，在中國發現的晚期智人頭蓋骨多被認為距今4萬年左右，而超過4萬年的晚期智人化石，在中國出土的較少。
