資助對象
創新基金資助的對象為華中科技大學在校的博士、碩士研究生，原則上不考慮已進入最後一學年學習的研究生（已保送本校準備繼續攻讀博士的碩士研究生除外）。學校的在職研究生不在資助範圍之列，但通過考試錄取、且在華工任教的在職研究生可以作為申請人申請該基金。
研發的項目應設立項目組，項目組人員一般為3～5人，且必須在申請基金時確立一名項目組負責人，作為該項目在與創新基金合作過程中權利和義務的直接承擔人。
基金的主要資助範圍包括：在某一學科領域中具有重要科學意義或實驗價值的項目；涉及到學科交叉領域、跨學科合作研究的項目構想，或是採用其它學科中的方法對本學科課題進行創新性研究的項目構想；具有良好市場前景、能在較短時間內打入市場的
資金來源
創新基金主要來源於社會資助、應歸屬於基金的各項提成和外界提供的定向資金，基金的各種來源均由基金管理委員會統一管理。社會資助系來自於創新基金之外的企業、投資機構、社會團體及個人等的無償捐助；由基金資助的項目獲得進一步的研發資金或成功向外推廣後所獲得的資金，按規定比例提成應歸屬於創新基金的部分也是創新基金的來源之一；外界提供的定向資金是指由企業、社會團體及個人為基金提供的有明確使用範圍的有償資金。
凡社會無償資助基金或外界提供的定向資金一次性達到或超過100萬元的，可向基金管理委員會申請在創新基金下設立具有獨家冠名權的專項基金。
外界提供的定向資金須在雙方協定中預先規定資助的具體研究領域或特定的項目，並且這部分資金的收支與創新基金其餘部分的收支採取分開管理的方式。基金管理委員會應保證定向資金在協定規定的研究領域或特定項目中合理使用。
工作機構
華中科技大學研究生科技創新基金工作機構，負責進行具體的基金運作，負責基金籌集、使用和管理，由技術部、財務部和辦公室三部分組成。在管理委員會下另設專家評審委員會，負責對基金資助項目的評審、研究監督以及成果鑑定等工作。專家委員會對創新基金沒有調配權。
其中技術部由學校部分院系的專家教授組成，財務部設在校黨委研究生工作部，辦公室設在校青年科技創新基地。
專家委員會由一般常年顧問和特邀顧問組成，均由學校相關院系的專家教授擔任。其中常年顧問三名，任期三年；特邀顧問六名，任期一年。每年特邀顧問名單須在上半年的項目集中評審前一個月確定。
創新基金的工作分為集中評審和日常工作兩部分。管理委員會主要負責創新基金日常工作的管理和每年兩次的集中評審工作的管理。專家委員會每半年集中工作一次，其工作包括：評審新項目之前對前期受資助項目進行半年度的例行檢查、對過去半年已完成項目的評審鑑定和對新申請項目進行評審。每年的集中評審工作由基金管理委員會和專家評審委員會共同完成。
在基金的日常工作方面，基金管理委員會技術部主要負責各項目有關研究方面的審批和項目季度報告的例行檢查；財務部負責基金的賬務管理和具體收支；辦公室負責基金管理委員會的日常工作和承擔項目的研究生、指導老師的日常管理，以及基金管理委員會的內部協調和對外合作、宣傳工作等。
