概況
菌種保藏是運用物理、生物手段讓菌種處於完全休眠狀態，使在長時間儲存後仍能保持菌種原有生物特性和生命力的菌種儲存的措施。
菌種在生命活動、菌種繁育時，由於受外界不良條件、病毒的傷害，往往會發生退化。如長期高溫會使菌絲生命力降低；傳代次數增加，會使某些細胞器減少甚至丟失；接種時菌種常會受到消毒藥劑和火焰高溫的傷害而發生退化；接種挑選菌種時可能在無意中造成某一形態的菌絲比例多，而另一形態的菌絲減少；長期傳代，繁殖菌種很可能被病毒侵染。如此種種情況，都會使菌種發生退化。保種可降低發生變異的頻率。保種另一層意義是，保藏某一菌種的某些特殊遺傳性狀（遺傳基因），這此性狀對生產可能無經濟使用價值，但以後或才可作為育種材料。
菌種保藏是通過降低基質含水量、降低培養基營養成分、或利用低溫或降低氧分壓的方法掏食藥用菌的呼吸、生長，掏其新陳代謝，使其處於半休眠狀態或全體眠狀態，以顯著延緩期菌種衰老速度，降低發生變異的機會，從而使菌種保持良好的遺傳特性和生理狀態。
保藏方式
營養體菌絲體保藏的菌種，營養生長不能很旺盛，生長速度不能非常快，培養基營養成分豐富，溫度較高，生長速度快的菌種，衰老速度也快，衰老的菌絲作菌種保藏時，保藏後菌絲復活程度較差，生長勢也不好，菌種容易退化。營養體保藏的菌種，培養基營養成分應略貧乏，含水量和培養溫度應稍低些，這樣，菌絲生長速度較慢，生長勢也不會太旺盛，菌絲衰老速度也慢。
斜面菌種低溫保藏
培養基：一般菌種用PDA培養基。葡萄糖18g，馬鈴薯（去皮）200g ，瓊脂20g ，水1000ml，PH自然。特殊菌種用特殊培養基。
接種：接種保藏菌種用的菌種，菌絲應健壯。用前端的菌絲作接種材料。接種時要防止火焰高溫、消毒藥液對菌種的傷害。
培養：應以適宜溫度或略低於最快生長溫度的溫度培養。蘑菇、香菇菌種應在22度左右溫度培養，靈芝等高溫菌種應在25度左右溫度培養，培養時試管表面用8層厚的紗布或薄棉被覆蓋，避光。
保藏菌種質量要求：菌絲生長整齊，菌絲長到培養基面積2/3時。
保藏方法：用牛皮紙或硫酸紙將試管棉花塞包好，放在清潔的小木盒中。木盒上註明菌種的名稱、菌名、保存日期、經手人姓名，再放在4度中保藏。保藏菌種的冰櫃不要經常開啟，保持溫度穩定。
斜面菌種液體石蠟油保藏
石蠟沒保藏是用滅菌並除去水分的液體石蠟油灌入母種試管中，使菌體與空氣隔絕，以降低其生命活動水平，並阻止水分散失的方法來保藏。石蠟油保藏，油層下氧含量低，菌絲呼吸水平極低，培養基營養消耗速度極慢，菌種不易老化、退化，可較長時間保藏。
石蠟油保存分石蠟油滅菌、脫水處理、灌石蠟油、封口等幾個步驟。
基質培養基菌種的保藏
基質培養基保存是用原種、生產種的培養基保存菌種。基質培養中有豐富的遲效性養分，菌絲會分解培養基中複雜養分邊利用生長。
培養基本方與正常原種相同，但培養料應稍堅實。培養料的含水量應比生產用培養料含水量低2%左右。培養基較堅實，含水量較低，可降低菌絲生長速率，降低培養基中空氣含量、降低呼吸強度，從而延緩衰老。
蒸餾水保存
蒸餾水保存菌種的原理目前還不清楚，可能是食用菌菌絲細胞壁較堅牢，游離水不能大量進入菌絲細胞內；蒸餾水中無營養成分，因此菌絲新陳代謝極慢，從而延緩衰老。
蒸餾水也可用斜面菌種保存。保藏時，在超淨台中，用接種鉤、接種鏟將斜面菌種切割成米粒大小，然後把米粒大小的斜面菌種稱許在蒸餾水保藏管中，每管放7--8粒菌種，其餘操作方法和液體菌球相同保藏。
液氮超低溫保存
液氮內的溫度為-196度，在-136度——-196度下，食藥用菌菌絲生長、呼吸、新陳代謝處於完全停止狀態，菌絲不會衰老，從而能使菌種保存很長時間而不退化。液氮超低溫保藏菌種，需要有液氮罐、菌種保存管和保存液。常用PDA培養基菌種或麥粒培養菌種。保存容器可用凍存管或安瓿管。保種程式：（1）培養菌種（2）菌種中加入保存液（3）預冷（4）放入液氮罐
營養液保藏法
營養液配製：馬鈴薯汗約900ml，葡萄糖16g,磷酸二氫鉀0.3g，硫酸鎂0.15g，最後補加蒸餾水使總容積到1000ml。每一12mm×16mm的試管中灌入營養液5ml，用棉塞塞管口，在111kPa蒸汽壓下滅菌40分鐘。冷卻後，在超淨台中移入待保存的菌種，菌種在移入前，先用接種鉤將其分割成綠豆粒大小，每管移入7--8粒，同時用滅菌過的軟木塞或橡皮塞更換棉塞，然後放入4度左右冰櫃中保存。保存期間菌絲還會微量生長，可在液面形成菌膜，並向管壁上方生長，一般可保存2--3年。
生理鹽水保藏法
先在試管中加入生理鹽水，用棉塞塞住管口，在152kPa蒸汽壓下滅菌40分種。冷卻後，在無菌箱中，將斜面菌種切割成綠豆粒大小，並移置滅過菌的生理鹽水管中，每管放7--8粒。菌种放入生理鹽水管中，每管放7--8粒。菌种放入生理鹽水管中後，用滅過菌的軟木塞或橡皮塞塞好管口，再放入4度左右冰櫃中。該法可保存1年左右。
