莖的一部分變為針狀[構桔(Ponicus trifoliata)、梅(Prunus mume)],或其頂端分枝為棘狀[日本皂莢(Gleditsia japonica)],的堅銳突起(變態的刺),分別稱為莖刺和莖棘,但兩者並無明顯區別,但它們同葉刺、根刺是不相似的,必須嚴格加以區別。
莖刺與葉刺的區分方法
莖刺又稱枝刺,是莖的變態,著生在葉腋處,即分枝的位置,緊挨其下應著生葉柄和葉片。
葉刺是葉的變態,著生在葉的位置,緊挨其上應有芽或分枝,但仙人掌的刺由於長在肉質莖上,所以也認為是葉刺。
和葉刺相比,莖刺不易掰動,其維管組織與莖的維管組織相連。