慈運理在維也納和巴塞爾接受教育，深受人文主義影響。慈運理本身反對教會傳統、贖罪卷和拜馬里亞等。1519年，讀過馬丁·路德的著作及成為蘇黎世教會牧師。原追隨馬丁·路德，後來自一派。在嬰兒洗禮上，慈運理曾與再洗禮派始創者試圖廢除嬰兒受洗的傳統，但後因現實政治的考量，慈運理與再洗禮派分道揚鑣。
1529年在馬爾堡 (Marburg)舉行與馬丁·路德的聯盟會議時，雙方企圖協調在宗教改革思想上的分歧。慈運理反對馬丁·路德在信徒聚會中保留如唱詩、聖餐等儀式。馬丁·路德認為在聖餐禮儀式中，基督的確是親自降臨。而慈運理則認為聖餐禮只是一種象徵的紀念儀式。會議至終無法在聖餐禮問題上取得共識，結果兩派對造分離。
行動神學家—慈運理
十五、十六世紀時的歐洲，在基督教的宗教改革史上，同時出現了三顆閃亮的明星，馬丁路德在德國、慈運理在瑞士、加爾文集兩者之大成，將改革的燎原之火擴及全歐洲。慈運理在宗教與政治之間、傳統與改革之中、保守與激進的掙扎里，努力去尋找他自己的定位，且堅持他所知道的、所信仰的、並竭力將心中的意念化為行動，把他的信仰與社會的公義結合，在《聖經》的研究中窺見真理的亮光，在社會的亂象中看見自己的責任，在教廷的腐敗中發出改革的怒吼。這樣的慈運理，在瑞士的宗教改革上放了第一把火。慈運理一生大事記
1484年（出生）元旦生於瑞士，家境富裕，受到相當良好的人文教育。1498年（14歲）入維也納大學，後轉巴塞爾大學，1504年（20歲）畢業。
1506年（22歲）從巴塞爾大學獲得神學碩士學位。
1516年（32歲）遇見伊拉斯謨，並成為伊拉斯謨的忠實門徒。
1519年（35歲）元旦，擔任蘇黎世大教堂教會﹝Great Minstar﹞之神父。
1522年（38歲）與寡婦安娜秘密結婚。
1523年（39歲）蘇黎克議會主持教義辯論。慈運理髮表了《六十七條》。
1523年（39歲）10月舉行第二次辯論。與會者多數贊成廢除彌撒。
1529年（45歲）慈運理至瑪爾堡（Marburg）與馬丁路德討論教會體制。
1531年（47歲）10月11日在卡皮爾（Kappel）戰役中受傷，最後被敵人用石頭打死。
慈運理的幾個人生轉折點
慈運理原生家庭富裕，使他有機會接受高等教育。瑞士於1499年獨立，但因地產貧瘠、人民貧窮，僱傭兵遂成為重要的收入來源。慈運理本性和平，因反對僱傭兵文化而涉入政治。
1516年慈運理結識伊拉斯謨，使他的思想充滿基督教哲學與人文主義。
1519年得悉路德的一些著作，影響慈運理一些早期的論述。
1519年蘇黎克黑死病流行，城中死了三分之一人口，慈運理因探視安慰病患而染病，幾乎喪命，他哀求上帝醫治，並奉獻一生事主。在這過程中，強化了他宗教結合社會改革的決心。
1523年開始的教義辯論，點燃了瑞士的宗教改革之火。
1529年的瑪爾堡會議中，因在聖餐的解釋上與馬丁路德未能達成共識，以致失去支持，須獨立對抗瑞士邦聯中羅馬天主教的勢力。
慈運理與羅馬天主教的主要衝突
1522年羅馬天主教高舉傳統與聖經相等，慈運理斷然拒絕此項宣告。他並於同年八月出版《始與終》，堅持聖經為唯一之權威，並認為聖經是人人可讀的。1523年擬定《六十七條》，攻擊教皇、聖徒崇拜、善功、禁食、節期、朝聖、修道會、教牧獨身、告解、贖罪券、苦行、煉獄等等。
1523年起多次公開辯論，廢彌撒、除聖像、毀管風琴等。
與瑞士邦聯中羅馬天主教勢力城邦的戰爭。
慈運理的重要著作
《始與終》（1522年）－堅持聖經為唯一的權威，並認為人人都有讀聖經的權利。《六十七條》（1523年）－攻擊教皇、聖徒崇拜、善功、禁食、節期、朝聖、修道會、教牧獨身、告解、贖罪券、煉獄等等不合聖經的教導。
《真假宗教詮釋》（1525年）－詳細說明宗教改革的理念及目的，並駁斥當時教會的敗壞與謬誤。此作品通常被視為第一本改革宗信條。
《論慈運理的信仰》（1530年）－慈運理陳述他對浸禮的觀點。
《論神的照管》（1531年）－慈運理從自然神學開始，想要證實神的存在和本性乃是決定一切的實有，高高在上，同時決定自然與歷史。
《基督教信仰淺釋》（1531年）慈運理的神學思想（一）〈上帝有至高的主權〉上帝的主權——有關上帝的教理，是慈運理神學體系的中心。他的神學架構是以“神”為中心，而不是以“基督”為中心。在慈運理的作品《論神的照管》一書中，慈運理想要從自然神學開始，來證實神的存在和本性乃是決定一切的實有，並且上帝是高高在上的，他的至高主權同時掌管著自然界一切的定律與歷史進程中一切事件的發生與演變。若神“想要”改變一切的常態，以致於脫離一切理性中的常軌，仍然是神自己的權力。凡是違背神旨意的事都不會發生，因此慈運理認為一切的邪惡和一切的良善，都一樣可歸因於上帝；連亞當犯罪墮落的事亦可歸因於上帝。但我們不能據此控告上帝為有罪，因他不處在律法之下。舉凡偷盜、兇殺等罪行是人濫用“自由意志”而導致的行為，故人要受律法的定罪。神雖造了會墮落的人類，但他也決定他的獨生子取了人性，以拯救墮落的人類。關於人的得救，慈運理強調“神恩獨作說”。
上帝的揀選與預定——上帝的揀選是無條件的、不變的、且是永恆的。蒙揀選者必然得救，即使這人尚未獲得信心之前就死了。慈運理認為上帝的揀選不獨在基督教之內，神的揀選能延伸到舊約的眾聖徒，甚至也可以延伸到希臘、羅馬時代的偉大英雄和聖賢哲士。關於一個人會上天堂或者下地獄，這一切都是神所預定的。慈運理認為神的揀選與預定，乃是他預知的原因。並神的揀選只是指著預定得救者，以及他們將來在天上所要接受的的命運而言；至於其餘未被揀選的人，他們不僅自由任意地選擇詛咒，他們也預定要承受下地獄的命運。
上帝給人活出信仰的力量——慈運理徹底的強調造物主與被造者的分際，雙方必須分開而不可互相混亂。他也藉此徹底除去教會內外任何形式的偶像崇拜風氣，例如圖像、政治領袖等。他更進一步追求上帝主權在信徒外在生活的彰顯，他所努力的是，“內聖”的信仰體驗必須達到“外王”的生活實踐。慈運理的神學思想（二）〈聖經是唯一的權威〉聖經高於一切權威——慈運理非常強調聖經的原則，認為聖經是基督教信仰和傳統及習俗中的最高權威，並且一切從人而來的傳統，當然包括教會和教廷中所流傳的傳統，都必須接受聖經的評判。基督教的神學應該要回歸聖經並奠基於聖經，“惟靠聖經”是宗教改革家的口號與信念，一切無法在聖經中找到根據的傳統或信仰，都應該被摒棄，或是被宣布無效，例如“馬利亞無罪”的教義、以及慈運理在《六十七條》中用來攻擊教皇、聖徒崇拜、善功、禁食、節期、朝聖、修道會、教牧獨身、告解、贖罪券、煉獄等等不合聖經的教導都是。而緊接著的是解經式的講道、聖經書卷的注釋、以及聖經神學方面著述的蓬勃發展。
整本聖經都是神的話——有別於馬丁路德將聖經中的某些書卷高抬於其它書卷之上，或質疑某些書卷的屬靈價值。慈運理則一視同仁的將聖經中的各書卷都視為“神的道”，也認為都具有同樣崇高的地位。慈運理在他牧會的生涯中，有一段時間無視於羅馬天主教的“統一進度”規範，堅持逐章逐節的在講台上將全本新約聖經講解清楚，在當時只有神職人員才能讀聖經，並且多以靈意解經的背景之下，慈運理他以文法字義的解經法，並以解經為中心的講章，且連結在生活上的套用，此作風在當時獨樹一格。
聖經為信仰與生活中的最高準則——慈運理他不刻意去分辨律法與福音之間有何差別，他從律法的觀點來運用聖經，並將聖經看成是一本生活的準則。在慈運理的想法中，律法就如同福音一般，都是上帝慈愛的啟示，要叫人遠離罪，並與神和好且保持親密的關係。慈運理的主張是“凡聖經沒有說的就不要去做”。慈運理的神學思想（三）〈聖禮為見證與紀念〉聖禮——慈運理認為“聖禮”的儀式並不能使人得著信心或恩典，這些恩賜乃是由聖靈所給予的，他更進一步以“禮儀”來替代“聖禮”這個詞。慈運理認為聖禮只不過是一種“象徵”的儀式，而非真正恩典的媒介。他認為聖禮使教會確信這個人具有信心，遠大於聖禮使這人確信他是真有信心，真信心需要儀式來證明它的真實，並且是經得起考驗的。聖禮實質上的功用，是為了教會而存在，並且為了宣揚和紀念基督的拯救行動以及這行動對個人的功效。聖禮也可以幫助人想到福音，並幫助我們記住基督的工作和表明我們的信心。慈運理也強調，在整個聖禮進行的過程中，聖靈是實際臨在當中，並且接受禮儀者的信心。他堅持沒有信心、拯救的恩典與赦免與這禮儀結合在一起。
浸禮——慈運理將“浸禮”等同於神與以色列人立約的“割禮”，只是在新約時代要成為神百性的一種入會儀式，也是表示神揀選的一個記號。慈運理並強烈否認重洗派“重洗”的必要性。
聖餐——慈運理的聖餐觀受到人文主義的影響，反對任何的迷信與傳奇色彩，較為注重靈性與精神層面。同樣的，慈運理強調聖餐也是一種紀念、象徵性的行動，他認為基督並未真實的臨到聖餐的餅和酒裡面，主餐只是一個紀念主的儀式，是為了教會的緣故，因此紀念和宣揚基督的死。在主餐的儀式中，當中的每一位基督徒都要清楚的表明自己是基督身體的一份子，彼此互為肢體。在聖餐上的歧見，成了馬丁路德與慈運理在瑪爾堡討論教會體制的過程中，兩者決裂的最主要原因，也造成了慈運理後來必須獨自面對反對勢力的困境。
