發展歷程
2001年5月9日，浙海人教[2001]88號《關於同意設立舟山海事局船舶安全檢查站的批覆》設立了舟山海事局船舶安全檢查站。
2001年5月9日，浙海人教[2001]89號《關於同意設立舟山海事局辦證中心的批覆》設立了辦證中心。
機構設定
2001年7月4日，浙江海事局浙海人教[2001]161號《關於舟山海事局派出機構置的通知》同意設定：
中華人民共和國舟山沈家門海事處
中華人民共和國舟山岱山海事處
中華人民共和國舟山嵊泗海事處
中華人民共和國舟山普陀山海事處
中華人民共和國舟山定海海事處
中華人民共和國舟山岙山海事處
辦事處
2001年8月1日，浙江海事局浙海人教[2001]196號《關於舟山海事局派出機構設定辦事處的批覆》同意我局所屬6個派出機構共設定17個辦事處：
沈家門海事處設定4個辦事處：六橫辦事處、桃花辦事處、蝦峙辦事處、半升洞辦事處。
岱山海事處設定3個辦事處：長塗辦事處、衢山辦事處、南峰辦事處。
嵊泗海事處設定3個辦事處：馬跡山辦事處、洋山辦事處、綠華山辦事處。
定海海事處設定5個辦事處：金塘辦事處、鴨蛋山辦事處、老塘山辦事處、西碼頭辦事處、冊子辦事處。
岙山海事處設定1個辦事處：西蟹峙辦事處。
普陀山海事處設定1個辦事處：朱家尖辦事處。
2003年11月，人事制度改革後報請上級海事部門同意保留六橫辦事處、桃花辦事處、金塘辦事處、衢山辦事處等四個辦事處。
2005年12月14日，舟山海事局根據浙江海事局《關於舟山海事局內設機構改革實施方案的批覆》一文，批准文號：浙海人教[2005]333號。
局機關機構設定進行了重新調整，分別是：綜合辦公室、組織人事處、計畫財會處、海事業務管理處（安檢站）、執法督察處、政務中心，並按照分工各自履行不同的職能。
2008年，舟山海事局內設指揮中心（舟山船舶交通管理站）、監管一處（船舶安全檢查站）、監管二處、督察處、辦公室、黨群工作部、財務處等7個處（室）及政務中心、船員考試中心2個直屬單位，下設定海、沈家門、岱山、嵊泗、普陀山、岙山6個海事處和局執法支隊，以及六橫、桃花、金塘、衢山4個辦事處。全局現有在職人員225名。
2009年，舟山海事局在原執法支隊的基礎上籌建馬岙海事處，在原六橫辦事處的基礎上籌建六橫海事處。
管轄範圍
舟山群島由1390個島嶼組成，是我國最大的群島。總面積為2.22萬平方公里，其中陸地面積1440平方公里，人口100餘萬人。舟山海事局轄區北自馬鞍群島，南至梅散列島，東起海礁，西迄王盤洋水域；轄區岸線總長2363.15公里，海域面積2.08萬平方公里。
主要職責
根據交通部海事局海人教[2001]562號《關於印發交通部直屬海事系統各級海事機構主要職責分工暫行規定（業務部分）的通知》，舟山海事局主要職責有以下十八條：
（一）負責轄區水上安全監督管理，防止船舶污染，航海保障工作；按照統一要求，負責轄區內執法工作的監督檢查。
（二）協調、劃定、審核或審批轄區內水域港內非涉外錨地、臨時錨地、安全作業區、船舶調頭區、水產養殖區、挖沙區、禁航區、引航員登（離）船點，以及水上遊覽、水上體育競技活動區域。
（三）審核轄區內與通航安全有關的港區岸線使用和轄區內水上水下施工項目通航安全事宜；審批有關施工船舶。
（四）負責轄區內水上巡航工作；管理轄區內交通管理系統；對轄區內引航工作監督管理。
（五）審批轄區內大型設施和移動式平台海上拖帶、沉船沉物打撈和礙航物清除，以及航行通告和航行警告的發布工作。
（六）負責許可權範圍內海船船員丙、丁類適任證書的考試、發證和跟蹤管理工作；船員的專業和特殊培訓的考試；負責三級引航員的考試、發證。
（七）負責轄區內航運公司的船員註冊和船員服務簿的簽發、審核和簽注工作。
（八）負責轄區內航運公司所屬或所經營的非國際航行船舶登記工作，以及所登記的非國際航行船舶的管理和危管防污方面的法定證書、操作性手冊和文書的簽發和審批；受理轄區內航運公司所屬或所經營國際航行船舶的登記申請，並進行初審。
（九）審批國際航行船舶進出轄區港口、港外裝卸作業點。
（十）實施轄區外國籍船舶港口國監督檢查和中國籍船舶安全檢查，以及船舶防污染設備和證書、文書的檢查。
（十一）調查處理轄區內非涉外、一次死亡3人及以上水上交通事故，以及轄區內一次死亡3人以下（不含3人）水上交通事故的結案審批。
（十二）辦理轄區內外國籍船舶的海事簽證。
（十三）審批轄區碼頭、裝卸站點溢油應急計畫，組織和協調轄區內溢油（污染危害性物質）1噸及以上、10噸以下的船舶污染事故的應急反應和調查處理。
（十四）負責轄區內港區水域污染監視及船舶拆解的防污染監督工作。
（十五）審核轄區內排污口設定和海洋工程、海岸工程環境影響報告書。
（十六）審批轄區內從事危險貨物裝卸作業的碼頭和液貨艙清洗隊伍、船舶污染物接收處理單位的資格，審批和監督一般液貨船過駁作業。
（十七）參與轄區內非幹線航道助航標誌配布的審核。
（十八）作為海上搜救分中心辦公室，協助省級搜救中心組織、協調責任區內的搜救行動，處理海上搜救分中心的日常業務。
部門職責
指揮中心（舟山船舶交通管理站）
主要負責掌握轄區動態海事監管信息，具體負責實施轄區水上交通管理和組織、相關航行安全保障工作協調、航行通（警）告管理、水上交通安全動態信息處理、VTS和CCTV監控值班、季節性水上安全工作；履行海上搜救中心辦公室的職責，承擔日常值班和應急反應（包括油類及化學品污染應急反應）的現場指揮和現場支持等任務。
下設舟山船舶交通管理站，負責收集、評估、處理有關水上交通安全信息，提供有關信息服務；組織實施船舶交通、監視VTS區域內船舶、設施，維護水上交通秩序，管控特殊水域，糾正、處理現場交通違法行為，並為船舶、設施提供航行協助服務；負責操作、使用、管理、維修、保養VTS站所屬的各類設備，保障其正常運轉。
監管一處（船舶安全檢查站）
監管一處（船舶安全檢查站）是局研究轄區海事監管特點，貫徹落實海事法規、政策的專業管理部門，為海事執法事務綜合協調部門。負責對各項海事業務進行專業研究和管理，並對基層海事處業務工作進行指導，具體承擔船舶監督管理、通航管理業務、水工工程通航安全審核和評估、航運公司安全管理體系審核事務等海事業務的專業管理職能和承辦相關口岸管理工作。負責轄區船舶技術狀況的統計、分析與評估工作。
下設船舶安檢站，主要負責組織開展轄區內船舶安全檢查；負責對海事處船舶安全檢查業務的指導、考核、監督及安檢員隊伍的管理工作。
監管二處
負責對危防海事業務進行專業研究和管理，並對基層海事處業務工作進行指導，具體承擔危險品和防污染管理工作。
督察處
主要負責對局業務處室、直屬單位及海事處的各項海事執法工作實施執法監督，海事業務規範性檔案審核管理，執法行為和行政處罰的合法性審查，海事行政救濟，執法規範化管理等工作，海事業務綜合評價，海事科研項目管理，執法人員資格管理等工作；負責水上交通事故調查處理工作。
政務中心
為局直屬單位，主要負責局層面的各類行政許可和報備事項申請的受理；經授權，負責行政許可事項審批和證書、證件的製作，對超越政務中心授權審批許可權的申請材料的齊備性進行審查，並對受理後審批（審核）事項各環節的全程催辦；負責各類行政許可審批結果的送達；提供海事監管業務的宣傳和諮詢服務等工作。
船員考試中心
負責對船員管理業務進行專業研究和管理，具體承擔船員管理業務，並負責職責範圍內船員考試、評估的組織和落實，建立、維護和完善船員適任考試、專業和特殊培訓證書考試題庫，負責相關船員培訓機構的管理和培訓管理。
海事處
一、負責轄區水域內禁航區、航道、交通管制區、錨地、安全作業區、施工作業區等區域
的現場安全監督和秩序管理。
二、維護轄區水域內水上遊覽區、水上體育競技活動區的現場通航秩序。
三、監督轄區內引航工作。
四、監督檢查轄區碼頭、泊位安全狀況，監督轄區錨地、航道、調頭區、泊位水深情況。
五、應急處理轄區水域內有礙通航秩序、影響通航環境的異常情況。
六、現場監督檢查轄區內船舶的船員配備、持證、適任、值班等情況。
七、負責轄區內的國際航行船舶進出口查驗和國內航行船舶進出港簽證。
八、負責轄區內國內航行船舶的安全檢查，以及船舶防污染設備和證書、文書的檢查。
九、現場監督檢查轄區內船舶、設施的航行、停泊和作業情況，處理轄區內船舶、設施的違法行為。
十、審批和現場監督轄區內船舶明火作業、熏蒸作業等需經批准後方可進行的作業。
十一、調查處理轄區內非涉外、一次死亡3人以下（不含3人）水上交通事故；配合轄區內所有水上交通事故的現場初步調查和取證工作。
十二、負責轄區內中國籍船舶的海事簽證。
十三、負責轄區內船舶載運危險貨物的申報審批及現場監督。
十四、審批轄區內船舶排放洗、壓艙水和艙底水；負責轄區內船舶拆解的防污染的現場監督管理和船舶污油水、殘油及生活垃圾等接受工作的監督管理。
十五、負責轄區內港區、碼頭和船舶溢油應急計畫的監督實施及港區水域污染監視，應急處理船舶污染事故；調查處理溢油（污染危害性物質）低於1噸的小規模船舶污染事故。
十六、承擔有關法律法規規定的和上級下達的其他工作。
