發展歷程
學校創建於1990年7月，在舟山市委、市政府的正確領導和香港董事集團主席董建華先生及香港董事集團的扶持下，學校發展迅速。
1998年9月通過挪威船級社(DNV)ISO9001:1994版質量管理體系認證，並於2001年11月順利通過了ISO9001：2000版轉版認證。1999年4月通過國家海事局船員教育和培訓質量體系審核，是中國政府履行《STCW78/95公約》的履約學校之一。1999年7月，香港船東會經過考察，把學校列入其與中國大陸七家航海院校及合作網路院校之一。
2001年邁入省一級重點職業技術學校。
2003年11月學校通過質量管理體系再有效審核。2004年被教育部評為國家級重點職業技術學校。
2004年6月合併為浙江國際海運職業技術學院，期間更是碩果纍纍，並於2008年12月29-31日成為第一所順利通過高職高專人才培養工作水平評估的院校。2010年8月學校恢復建制，隸屬於舟山市政府。
2011年8月學校恢復建制後與浙江國際海運職業技術學院正式脫離，獨立辦學，由舟山市政府委託浙海職院管理，並與浙海職院教學資源共享。
舟山市教育局按照“優勢互補、錯位發展”的專業布局，確定舟山航海學校為專門化學校，重點建設好船舶、海運、機電、旅遊等舟山海洋經濟發展四大支柱產業中的航運駕輪(省級示範專業：航海駕駛和輪機管理)專業。航海駕駛和輪機管理專業服務地方產業特色鮮明，舟山航海學校培養的海員在舟山乃至海內外都享有良好的聲譽。
現任領導
李增蔚：校長
