工作職責
（一）貫徹執行國家環境保護的方針、政策、法律、法規；受委託起草有關環境保護行政管理的規範性檔案經批准後組織實施；受市政府委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價（二）組織制訂和監督實施環境保護規劃及本市確定的重點區域、重點流域污染防治、生態保護規劃；編制環境功能區規劃、制訂污染物排放總量控制計畫及相關政策；審核縣（區）城市總體規劃中的環境保護內容；參與編制本市可持續發展綱要。
（三）監督管理大氣、水體、土壤、固體廢物、有毒化學品、噪聲、振動以及機動車等的污染防治工作；負責農村生態環境保護；指導、協調和監督海洋環境保護工作；負責排污申報登記、排污許可證發放、排污收費管理和污染限期治理工作；組織和協調重點流域水污染防治工作。
（四）監督管理自然環境保護；監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；監督檢查各種類型自然保護區以及風景名勝區、森林公園、水產養殖區、飲用水保護區環境保護工作；監督檢查生物多樣性保護、野生動植物保護、濕地環境保護工作；向市政府提出新建的各類市級自然保護區審批建議；組織推動本市生態示範區建設工作。
（五）負責環境監理和環境保護的行政稽查工作；組織開展環境保護行政執法檢查，推行行政執法責任制；調查處理、協調解決行政區域間、流域間的環境糾紛、污染事故、生態破壞事件和重大環境問題。
（六）監督實施保護國家標準及環境保護行業標準；負責環境管理體系（ISO14000）和環境標誌、有機食品認證、環保產品初審工作。
（七）組織實施各項環境管理制度；按國家和省規定審定開發建設活動環境影響報告書（表），審查可以用作原料的固體廢物進口的申請書及環境風險評價報告書；指導本市建設項目環境管理和城市環境綜合整治；負責環境保護目標責任制工作。
（八）貫徹執行國家環境保護技術政策；組織實施環境保護科技發展、科學研究和技術示範項目；組織實施環境保護資質認可制度；參與制定環保產業發展規劃；指導和推動環境保護產業發展；負責生物技術環境安全工作；指導掛靠的學會工作。
（九）負責環境監測、統計、信息工作；監督執行環境監測制度和規範；組織建設和管理環境監測網和環境信息網；組織對環境質量監測和污染源監督性監測；組織編制環境狀況公報以及環境質量報告書，定期發布重點區域環境質量狀況；組織、指導和協調環境保護教育、宣傳工作；推動公眾和非政府組織參與環境保護工作。
（十）參與環境保護國際合作交流；組織協調環境保護國際條約國內履約活動，統一對外聯繫；管理環境保護系統對外經濟合作；協調與履約有關的利用外資項目；負責與環境保護國際組織聯繫工作；開展國內外的有關環保技術合作、學術交流活動。
（十一）協助管理輻射環境、放射性廢物；對光污染、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治工作實行統一監督管理。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。
機構職能
1、辦公室 （宣教中心）協助局領導處理機關日常政務工作，管理和協調局機關辦公事務及人事、文秘、信息、檔案、財務、保密、保衛工作；擬訂局機關年度工作計畫和工作總結、工作制度；負責局綜合性檔案的起草和大型會議的會務安排；負責辦理市人大、政協提案、議案和意見，負責來信來訪接待工作；負責局退休幹部的管理服務工作。組織、協調各類環境保護宣傳教育工作，負責對中國小校學生環境教育的指導、總結和推廣工作，推動公眾和非政府組織參與環境保護工作。
2、環境管理處
負責參與制定本市與環境保護相關的經濟、技術、資源配置政策措施，組織對市內重大經濟政策的環境影響評估；監督實施環境保護國家標準，負責擬定本市環境保護規劃和計畫，並監督實施；監督管理海洋、大氣、水體、土壤、礦山、固體廢物、有毒化學品、噪聲、振動及機動車等的污染防治工作；組織實施本市排污申報登記及排污許可證、建設項目的環境影響評價等環境管理制度；審查固體廢物進口申請書及環境風險評價報告書；審批市許可權內開發建設項目、技術改造項目和區域開發項目的環境影響評價報告書（表），並監督環保"三同時"實施，協調城市環境綜合整治；組織協調全市實施環境保護目標責任制；負責編報全市環境統計年報、環境質量報告書；協同有關部門開展農業環境保護工作，組織生態環境保護和自然保護區、風景旅遊區的調研，編制規劃，並監督實施；協助管理輻射環境、放射性廢物；協調查處環境污染糾紛、事故和生態破壞事件；指導企事業單位污染治理，監督檢查污染治理設施運行處理情況。
3、生態處
負責管理全市及重點區域的生態環境保護，監督實施重點區域環境生態功能區劃；監督管理自然環境保護，監督自然資源開發活動中生態環境保護;監督檢查各種類型自然保護區以及風景名勝區、旅遊度假區、飲用水源保護區、森林公園環境保護，提出新建的各類省級自然保護區審核意見；負責農村生態環境保護；指導生態示範區建設；監督檢查生物多樣性、野生動植物、濕地環境的保護；監督海岸工程、陸源污染、拆船等海洋環境污染防治工作；負責生態監理工作;承擔舟山生態市建設領導小組辦公室日常工作；承辦局領導交辦的其它工作。
4、法規處
貫徹執行國家環境保護的方針、政策、法律、法規，組織起草本市環保規範性檔案，並監督實施；組織開展環境保護行政執法檢查，推行行政執法責任制；負責市本級環境法律、法規及環保知識宣傳教育；負責環境信息工作，指導全市環境信息網路建設；負責審查行政處罰案件，承辦行政訴訟及行政複議事宜；審查排污收費及減免金額事項；協助開展國內外的有關環保技術合作、學術交流活動。
下屬單位
（1）舟山市環境監察支隊貫徹國家和地方環境保護的有關法律、法規、政策和規章；依據主管環境保護部門的委託依法對轄區內單位或個人執行環境保護法規的情況進行現場監督、檢查，並按規定進行處理；負責廢水、廢氣、固體廢物、噪聲、放射性物質等超標排污費和排污水費的徵收工作；負責排污費財務管理和排污費年度收支預、決算的編制以及排污費財務、統計報表的編報匯審工作；負責對海洋和生態破壞事件的調查，並參與處理；參與環境污染事故、糾紛的調查處理；參與污染治理項目年度計畫的編制，負責該計畫執行情況的監督檢查；負責環境監察人員的業務培訓，總結交流環境監察工作經驗；承擔主管或上級環境保護部門委託的其他任務；核安全設施的監督檢查；自然生態保護監察；農業生態環境監察。
（2）舟山市環境保護科學研究所
宗旨：開展環境科學和環境工程研究，委政府決策和社會需求提供環境保護服務。
業務範圍：環境保護科學研究，環保科技項目開發、套用，環境質量評價，環境調查監測，環保技術服務，包括建設項目環境影響評價、技術諮詢服務等。
