作用
自噬性溶酶體的作用底物是內源性的，即來自細胞內的衰老和崩解的細胞器或局部細胞質等。它們由單層膜包圍，內部常含有尚未分解的內質網、線粒體和高爾基複合體或脂類、糖原等。正常細胞中的自噬性溶酶體在消化、分解、自然更替一些細胞內的結構上起著重要作用。當細胞受到藥物作用、射線照射和機械損傷時，其數量明顯地增多。在病變的細胞中也常可見到自噬性溶酶體。
對細胞內物質的消化
溶酶體的作用還包括對細胞內物質的消化，溶酶體能?消化分解經胞吞作用攝入細胞內的各種物質和細胞內衰亡或損傷的各種細胞器等。
吞噬性溶酶體內的各種大分子在水解酶的作用下，可被分解為簡單物質。例如，能將蛋白質分解為二肽或游離胺基酸；把核酸分解為核苷和磷酸；使碳水化合物分解為寡糖類或單糖；將中性脂肪分解為甘油和脂肪酸等。這些被分解而生成的可溶性小分子物質，能透過溶酶體體膜進入細胞質基質，重新參與細胞的物質代謝，一些未被完全消化的物質殘留下來，形成殘餘小體。
骨質的更新作用
在骨生長和骨重建過程中，溶酶體對骨質的更新起著重要作用。破骨細胞的溶酶體酶能釋放到細胞外，分解和消除陳舊的骨基質，這是骨質更新的一個重要步驟。溶酶體酶釋放的具體過程可能是：細胞內的環化酶活性發生改變後，隨著cAMP的增加，蛋白質激酶被活化而引起微管及其周圍的蛋白質的磷酸化，其結果微管發生聚集，致使溶酶體向細胞膜方向移動，並與細胞膜相互融合，然後溶酶體內的水解酶被排出細胞外，以分解和消除陳舊的骨質。
