成立
美國特種作戰司令部建立一個軍種聯合的特種作戰司令部的原因是由於1980年解救伊朗人質危機事件中鷹爪行動的的失利。之後，退休的海軍作戰部長海軍上將詹姆斯·霍洛韋主持調查，認為缺少指揮和控制以及特種部隊之間缺少相互的協調是本次任務失敗的主要因素。從1987年4月16日成立以來，美國特種作戰司令部參加了很多軍事行動，從1989年美國入侵巴拿馬到伊拉克戰爭。
國防部於1987年4月16日在位於佛羅里達州的麥克迪爾（MacDill）空軍基地組建了美國特種作戰司令部（USSOCOM）。成立這一統一指揮機構的初衷，是為了配合國會1986年的《戈德華特-尼克爾斯國防部重組法案》（全名應為：GoldwaterNicholsDepartmentofDefenseReorganizationActof1986，該手冊原文為：GoldwaterNicholsDefenseReorganizationActof1986）和1987年的《國防授權法案》（NationalDefenseAuthorizationAct），經國會授權成立的四星級指揮機構，專門負責特種作戰部隊（SOF）的計畫制定和特種作戰的執行，既包括執行普通的作戰任務，也包括直接由總統或國防部長（SECDEF）指導進行的任務。
美國特種作戰司令部指揮一些秘密任務，如非常規戰爭、他國協防任務、特種偵察、心理作戰、民政事務、直接行動、反恐行動和毒品戰爭。美國特種作戰司令部在戰爭和非戰爭領域的全球表現，證明其為一個成熟、文化融合、裝備適當和具備適應性的特別行動部隊。每一個分支都有一個單獨的指揮司令部，獨立運作。當不同的特種部隊需要協同完成一項任務時，美國特種作戰司令部成為聯合指揮機構。
任務及目標
一、美國特種作戰司令部（USSOCOM）的任務
1．為保護美利堅合眾國和美國的利益，提供具有各種技能的特種作戰部隊，覆蓋特種作戰的所有領域。
2．在全球反恐行動中進行計畫協調。
二、美國特種作戰司令部的首要目標
阻止、瓦解並挫敗恐怖分子威脅
1．計畫、指導特種作戰
2．強調持續的、文化上的干預
3．促進國際間相關部門的合作
發展、支持美國的人民和家庭
1．關注他們的生活質量
2．保護美國人民和家庭
維護、提升軍力
1．對作戰人員進行技術裝備操作訓練
2．提升特種作戰部隊的機動性
3．達成持續遂行情報、監視和偵查作戰的能力
核心行動內容
美國特種作戰司令部機構組織直接行動（DirectAction）：短期攻擊和其他小規模攻勢行動，在敵占區或敵對區域進行奪取、摧毀、抓捕或救援行動。
特種偵察（SpecialReconnaissance）：獲取敵軍戰鬥力、作戰意圖和具體行動方面的信息
非常規戰爭（UnconventionalWarfare）：指導代理部隊、通過他們的作戰或同他們並肩作戰實現非傳統作戰行動的勝利，這種行動通過國外駐軍對當地部隊進行包括組織、訓練、裝備、支持和指導而實現。
對外軍事援助（ForeignInternalDefense）：向其他政府和他們的軍隊提供訓練及其他援助，確保這些政權能夠自行保證自己的國家安全。
民事行動（CivilAffairsOperations）：這種行動意在建立、維護或影響美國軍隊和國外政權與平民間的關係，促進美軍的作戰行動取得成功。
反對恐怖主義（Counterterrorism）：採用各種措施預防、阻止恐怖攻擊，並對恐怖主義做出實時反應。
心理戰（PsychologicalOperations）：心理戰旨在通過向國外聽眾提供真實的信息，影響他們的行為，支持美國的軍事行動。
信息戰（InformationOperations）：信息戰計畫通過獲取信息優先權，對敵軍的信息和系統施加不利影響，同時保護美國的信息和系統。
銷毀大規模殺傷性武器（CounterproliferationofWeaponsofMassDestruction）：該行動是要實施對大規模殺傷性武器的定位、奪取、毀滅、俘獲、銷毀和確保這些武器的安全。
援助安全部隊（SecurityForceAssistance）：在部門、政府或聯盟間的統一的聯合行動中，經過合法的授權，支持並援助東道國或地區安全部隊。
平叛（CounterinsurgencyOperations）：通過軍事、準軍事、政治、經濟、心理和公民行動幫助某國政府防禦叛亂活動。
總統或國防部長親自授權的行動（ActivitiesSpecifiedbythepresidentorSECDEF）
授權與責任
美軍特種部隊中的舟艇部隊1、發展特種作戰的戰略、戰術及作戰條例
2、準備並提交SOF的預算草案
3、履行所賦予的權利，指導並控制特種作戰行動中的資源使用
4、部隊日常訓練任務分派
5、指導特種作戰行動的研究工作
6、需求驗證
7、建立需求優先權
8、確保特種作戰司令部所屬的部隊和裝備相互協同
9、制定並發布情報支持需求
10、考察特種作戰指揮員（MonitorSpecialOperationsofficers）的提升、任命，進行相關的人才儲存、訓練和專業軍事教育
11、確保SOF的作戰準備
12、考察SOF（MonitorSpecialOperationsForces）是否對將要執行的任務做好準備
13、開發採購特種作戰的特殊裝備、軍火、補給品，並且設定適應的指揮機構
機構組織
USSOCOM大約54,000名現役、預備役和國民警衛隊的士兵、水手、空勤人員、陸戰隊員和國防部職員，包括四個兵種司令部和一個下屬的統一司令部。USSOCOM的四個兵種司令部是：美國陸軍特種作戰司令部（U.S.ArmySpecialOperationsCommand，USASOC）、海軍特戰司令部（NavalSpecialWarfareCommand，NAVSPECWARCOM）、空軍特種作戰司令部（AirForcesSpecialOperationsCommand，AFSOC）和海軍陸戰隊特種作戰司令部（MarineCorpsForcesSpecialOperationsCommand，MARSOC），聯合特種作戰司令部（JointSpecialOperationsCommand，JSOC）是其下屬的作戰司令部。
美國陸軍特種作戰司令部
美國特種作戰司令部架構美國陸軍特種作戰司令部（U.S.ArmySpecialOperationsCommand，USASOC）由陸軍部於1989年12月1日在北卡羅來納州布拉格堡（FortBragg）成立。起初作為一個陸軍的兵種司令部，用於提升陸軍SOF的戰備水平。USASOC是作戰精英的聚集地，他們能夠在全譜作戰中指導軍事行動，包括非常規戰爭、銷毀大規模殺傷性武器、直接行動、心理戰、特種偵察、民事行動、對外軍事援助和信息戰。
USASOC指揮並控制兩個附屬司令部、四個下屬單位，這些部隊在美國特種作戰司令部（USSOCOM）的統一安排下，在全球輪流遂行戰鬥指揮任務，並為配合這種戰鬥部署進行相應的訓練和修整。
USASOC附屬的兩個司令部是：美國陸軍特種部隊司令部（空中機動），美國陸軍約翰••F•甘迺迪特戰中心&學校（U.S.ArmyJohnF.KennedySpecialWarfareCenterandSchool）。它們的總部都在北卡羅來納州布拉格堡。下屬的四個單位是：特種作戰保障旅（空中機動），SustainmentBrigade(SpecialOperations)(Airborne)，駐地北卡羅來納州布拉格堡；第75遊騎兵團，總部設在喬治亞州本寧堡（FortBenning）；第160特種作戰航空團（空中機動），駐地肯塔基州坎貝爾堡（FortCampbell）；第95民事旅（空中機動），駐地北卡羅來納州布拉格堡；第4心理戰大隊（空中機動），駐地北卡羅來納州布拉格堡。該司令部同時也與國民警衛局及各州的國名警衛隊指揮官一同，監管國民警衛隊陸軍特種部隊的戰備、組織、訓練和使用。各特種大隊的任務是計畫、準備以及在收到命令後，實施非常規作戰、對外軍事援助、特種偵察和直接行動，在指定的區域內擔負相應的責任，以此支持美國達成其政治目標。
海軍特戰司令部
美國海軍特戰司令部，簡稱NAVSPECWARCOM是USSOCOM的海軍力量部分，於1987年4月成立於加利福尼亞州科羅拉多的海軍兩棲作戰基地。NAVSPECWARCOM的任務是組織、訓練、選拔海軍的特戰隊員，並對他們進行裝備、培訓，維持較高的戰備水平，同時負責海軍特戰部隊（NavalSpecialWarfareForces，NSWForces）在全球進行部署、完成特種作戰任務。NSWForces可以進行獨立的行動，也可以同其他SOF、兄弟部隊或盟軍協同作戰。
作為一支具有戰略影響的戰術部隊，NSW的任務包括：特種偵察、直接行動、非常規戰爭、反恐、海外軍援、信息戰、援助安全部隊、禁毒、人員救助和水文地理偵察。
空軍特種作戰司令部
美國空軍特種作戰司令部位於佛羅里達州黑爾博特場（HurlburtField），成立於1990年5月22日。AFSOC，USSOCOM的空軍部分，主要責任是組織現役、空軍預備役和國民警衛隊空軍的SOF為全球部署進行戰備。AFSOC的各部隊都經過了高強度訓練，其空勤人員能夠迅速投入實戰，裝備了高度專業化的固定翼飛機。該司令部屬下的空中戰士通過美國獨有的制空權，向SOF提供機動、專業情報、軍事存在和處理盟國間關係等方面的行動支持。
AFSOC部隊的任務包括：近距離空中支援/精確火力支援，滲透、撤離，補給，空中加油，空地協調（戰場管理員），空中海外軍事援助，特種作戰情報支持（包括使用無人機進行空中監視），心理戰中的空中無線電和視屏廣播。
海軍陸戰隊特種作戰司令部
2005年10月，國防部長直接授權組建美國特種作戰司令部下屬的陸戰隊分部。這意味著陸戰隊最早的、大約有2500人的USSOCOM下屬機構的組建。MARSOC於2008年10月實現了所有作戰功能，初具戰鬥力。
MARSOC是於2006年2月24日正式在北卡羅來納州列尊營成立的。該司令部最初的構成僅有一個小型參謀部和一個海外軍事訓練單位（FMTU），後者用於執行海外軍事援助任務。FMTU現在改編為陸戰隊特種作戰顧問大隊（MarineSpecialOperationsAdvisorGroup）。MARSOC成立後的幾個月，根據第1和第2強偵連（ForceReconnaissance）的結構和人員，整編成立了司令部下屬的第1和第2陸戰隊特種作戰營（MarineSpecialOperationsBattalions）。
MARSOC同樣成立了陸戰隊特種作戰支援大隊（MSOSG）和陸戰隊特種作戰學校（MSOS）。MSOSG向司令部下屬的作戰單位提供各種作戰支援，包括：後勤、通信和情報。MSOS招募、評估、選拔、訓練陸戰隊的SOF並向他們授予資格證書，同時還有研究相關作戰條例的責任。作為USSOCOM的下屬機構，當MARSOC直接受USSOCOM指揮官指揮的時候，執行其部署的任務，進行訓練、組織、裝備；當美國海軍陸戰隊的SOF在全球進行作戰部署的時候，為了支援作戰指揮員和其他機構的行動，必須根據他們的需要進行任務的組織、調整和回響。
MARSOC可以直接執行海外軍事援助、直接行動和特種偵察任務。USSOCOM的指揮官向MARSOC分派任務的時候，是基於自己的職權行事的。陸戰隊特種作戰司令部下屬各單位在接到USSOCOM的命令後才會展開部署。MARSOC最早部署的單位是在2006年8月，成立之後的六個月。從此以後，該司令部展開了持續不斷的作戰部署。MARSOC當前的部署包括：MSOAG分隊執行的海外軍事援助，陸戰隊特種作戰營下屬的連進行的直接行動，戰略偵察和海外軍事援助。
