理原
細菌，是土壤里肉眼看不見的“居民”。每一千克土壤里就有幾千億個及至幾十萬個細菌。從離地面幾厘米到幾米深的地方，都有它們的足跡，它們是莊稼的好朋友。
，把裡頭所含的蛋白質與纖維素，一點點地分解下來，變成氨，再氧化成硝酸鹽。硝酸鹽能夠溶於水，被莊稼所吸收利用。大糞、綠肥、廄肥等有機肥料都要靠細菌幫忙，才能合莊稼的胃口，被莊稼所吸收。
土壤里的細菌種類繁多。土壤中的不少石頭含有鉀，但是這些鉀都以矽酸鹽的形態存在，不溶於水。矽酸鹽細菌能“咬爛”石頭，使其中的鉀變成能溶於水的。磷細菌則能把難溶於水的磷轉化成可溶性磷酸鹽。另外，還有氨化細茵，硝化細菌，分解纖維細菌，硫化細菌等。
根瘤菌寄居在豆科植物，像綠豆、大豆、菜豆、花生等的根瘤時，吸收一些養料——糖分而生活，同時不斷地從空氣中捕捉氮氣製造氮肥給作物提供養料。
區別
天然肥料，化學肥料是死的肥料，而細菌肥料是有生命的肥料。在細菌肥料廠里，人們在溫暖如春的房間裡，用玻璃瓶裝著培養液來培養細菌，製造肥料。
在保存和施用細菌時，要格外小心，不能讓它受熱，也不能讓它受凍，特別是別叫它挨曬，因為太陽光不僅熱，而且含有強烈的紫外線，會殺死細菌。所以，人們常把細菌肥料裝在一個黑色的油布袋子裡，免得受曬，施用時，也是一施下去，立即用上輕輕掩上，讓細菌在土壤里安居下來，為作物服務。
