穆塞韋尼曾參與推翻當時總統伊迪·阿明（1971－1979年）的戰爭，以及導致米爾頓·奧博特總統（1980－1985年）讓位的叛亂。數十年來烏干達政府管理不善，叛亂和內戰頻仍，穆塞韋尼上任後使烏干達的局勢穩定下來，經濟得以發展（除北部地區）。穆塞韋尼政府也使烏干達成為非洲對抗愛滋病成效最大的國家之一。
1990年代中至後期，作為非洲新一代領導人之一的穆塞韋尼受到西方世界讚譽；但他在任期內介入剛果民主共和國內戰以及其他非洲大湖地區的衝突，這在一定程度上玷污了他的名聲。聖靈抵抗軍在烏干達北部的叛亂使該區局勢不穩，並繼續成為世界上其中一個最嚴重的人道主義危機。穆塞韋尼政府最近的一些做法，例如在2006年選舉前取消總統任期限制，以及對政敵的騷擾，引起了當地評論者以至國際社會的關注。
