藥學院地處國際化大都市——上海，環境整潔優雅。現有教學、科研、辦公用房總建築面積達2.1萬m2，一個培育700餘種植物的藥用植物園和藥用植物暖房。擁有600兆和300兆核磁共振儀各1台、超高效液相色譜與高分辨串聯質譜聯用儀1台，刀片伺服器及網路系統1套，藥物分子設計軟體及資料庫2套，雷射共聚焦顯微鏡1台、流式細胞儀1台、液相色譜儀30多台，液相-質譜聯用儀6台等多種大型儀器，設備總值約8000萬元。
學科建設方面，藥學一級學科是國家重點學科。藥學院於1995年建成藥學博士後流動站，1998年被評為藥學一級學科博士點，擁有藥理學、藥物化學、藥劑學、藥物分析學、生藥學、微生物與生化藥學、藥事管理學7個學科。藥理學科2001年被評為國家重點學科，2007年再次入選國家重點學科；2007年藥物化學學科繼被評為上海市重點學科後，又被評為國家重點學科；2003年藥物分析實驗室被評為上海市藥物(中藥)代謝研究重點實驗室，2006年建成軍隊特需藥品研發與生產中試基地，2010年特殊環境藥物研究實驗室被評為軍隊醫學專業重點實驗室，2010年成立上海活性天然產物製備工程技術研究中心。
學院設有10個教研室，包括藥學一級學科下的全部六個二級學科。另外有1個海洋藥物研究中心、1個分析測試中心、1個實驗教學中心、1個新藥研究中心。
學院現有教學科研人員140餘人，其中高級職稱45人。現在讀研究生有180餘人，本科、專科生800多人。學院有一批國內外知名的老專家教授，如：蘇中武、芮耀誠、鄭漢臣、吳玉田、張萬年、易楊華、蘇定馮等。“十一五”期間，蘇定馮教授領銜的“腦卒中發生和防治的基礎研究”科研團隊入選教育部創新團隊，蘇定馮教授當選為973首席科學家、法國藥學科學院外籍院士，柴逸峰教授被評選為全軍藥學專業委員會主任委員，陳豐原教授被評為長江學者特聘講座教授，姜遠英教授獲得國家傑出青年基金，繆朝玉教授獲得總後科技銀星，入選全軍首批創新人才工程學科拔尖人才培養對象，並獲上海市巾幗創新獎和上海市“三八紅旗手標兵”稱號；張衛東教授入選“新世紀百千萬人才工程”，並獲中國科協求實傑出青年獎和明治乳業“生命科學獎”傑出獎。
成果獎勵方面，由蘇定馮教授領銜，與繆朝玉、沈甫明等共同潛心研究的成果“血壓波動性和器官損傷的研究”，獲得國家自然科學二等獎，這是我校藥學學科首次獲得該級別獎項，標誌著本學科基礎理論研究邁上了新台階。張衛東教授領銜的“基於中醫藥特點的中藥樣品庫的建立與新藥研究”榮獲國家科技進步二等獎，是本學科近年來以第一完成單位獲得的第一個國家科技進步獎，也是我校中醫藥學科獲得的第一個國家科技進步二等獎。此外在“十一五”期間還獲得軍隊科技進步二等獎1項，上海市科技進步二等獎2項，中華中醫藥學會科學技術一等獎1項，中國藥學會科學技術二等獎2項。
近年來，藥學院逐步形成了自己的特色與重點研究方向——抗心腦血管疾病藥物研究、抗腫瘤藥物研究、抗病毒研究與軍用特需藥物研究。在“十一五”期間共獲得各類縱向基金課題100多項，獲資助總額達3億元，其中973項目1項，863項目3項，國家傑出青年基金2項，國家自然科學基金重點項目1項。橫向科研引資年平均到款額1000多萬元。近3年共發表SCI論文345篇，其中5分以上15篇，3分以上67篇。申請國內專利近130項，授權近60項，申請國際專利3項。
