歷史沿革
1980年，《第二軍醫大學學報》創刊，為季刊。
1985年，《第二軍醫大學學報》改為季刊。
1999年，《第二軍醫大學學報》改為月刊。
2014年12月，該刊成為中國原國家新聞出版廣電總局第一批認定學術期刊。
辦刊條件
欄目方向
報導內容：基礎、臨床、預防、軍事醫學、藥學和中國醫學等領域的最新科研成果。
主要欄目：院士論壇、中青年學者論壇、專家論壇、專題報導、論著、研究快報、海洋軍事醫學、臨床病理（例）討論、病例報告等欄目。
讀者對象：主要為從事醫藥衛生工作的中高級科研、醫療、教學、預防機構人員和高等醫藥學院校的師生。
人員編制
據2018年9月《第二軍醫大學學報》官網顯示，《第二軍醫大學學報》編委會擁有委員67人，客座編委13人，2017年度共有368位審稿專家。
| 客座編委 | 陳灝珠（上海） | 程濤（美國） | 馮根生（美國） | 黎介壽（南京） |
| 劉新垣（上海） | 劉允怡（香港） | 盛志勇（北京） | 時玉舫（美國） | |
| 王正國（重慶） | 徐小寧（英國） | 楊勝利（上海） | 楊義力（美國） | |
| 鍾世鎮（廣州） | ||||
| 編委 | 蔡建明 | 曹廣文 | 柴逸峰 | 陳宜張 |
| 叢文銘 | 鄧小明 | 段蘊鈾 | 方國恩 | |
| 高申 | 郭強 | 郭葆玉 | 何成 | |
| 賀佳 | 侯鐵勝 | 胡以平 | 賈連順 | |
| 江華 | 姜安麗 | 姜曉鍾 | 焦炳華 | |
| 景在平 | 李強 | 李兆申 | 凌昌全 | |
| 劉厚奇 | 劉振全 | 劉志紅 | 盧建 | |
| 盧亦成 | 盧兆桐 | 繆曉輝 | 閔銳 | |
| 閔志廉 | 倪鑫 | 潘衛慶 | 秦路平 | |
| 秦永文 | 沈鋒 | 沈茜 | 孫樹漢 | |
| 孫穎浩 | 陶恆沂 | 田建明 | 田增民 | |
| 王烈 | 王強 | 王傑軍 | 王雅傑 | |
| 衛立辛 | 吳宗貴 | 夏照帆 | 肖湘生 | |
| 肖振忠 | 謝渭芬 | 邢新 | 徐志雲 | |
| 楊甲梅 | 楊興易 | 殷學平 | 張傳森 | |
| 張黎明 | 張鷺鷺 | 張天寶 | 趙忠新 | |
| 鄭宏良 | 周曉平 | 朱有華 |
| 白沖 | 白辰光 | 別平 | 卜書紅 | 代智 | 戴生明 | 鄧光輝 | 鄧躍毅 | 丁芳寶 |
| 蔡全才 | 蔡鄭東 | 曹陽 | 曹廣文 | 曹秀堂 | 曹志中 | 常才 | 陳剛 | 陳 磊 |
| 陳偉 | 陳曉 | 陳嫕 | 陳伯華 | 陳道峰 | 陳國良 | 陳華江 | 陳吉泉 | 陳金明 |
| 陳俊強 | 陳少萍 | 陳同辛 | 陳文鈞 | 陳向芳 | 陳玉龍 | 程海東 | 程紅岩 | 程黎明 |
| 高福 | 高新 | 高江平 | 高旭光 | 葛聖金 | 耿紅全 | 宮大鑫 | 顧兵 | 顧勇 |
| 程曉明 | 程訓民 | 初同偉 | 董艷 | 董肇楊 | 杜祥 | 方曉玲 | 費舟 | 符偉國 |
| 顧海根 | 顧明君 | 管劍龍 | 郭坤 | 郭大喬 | 郭桂梅 | 郭劍明 | 郭志勇 | 韓林 |
| 韓天權 | 韓一平 | 杭燕南 | 郝強 | 何崢 | 何念海 | 侯健 | 胡雁 | 胡凱莉 |
| 胡良平 | 胡以平 | 花永強 | 郇京寧 | 黃承鈺 | 黃從新 | 黃海東 | 黃建松 | 黃鵬羽 |
| 惠寧 | 紀亞忠 | 冀凱宏 | 姜斌 | 姜濤 | 姜曉鍾 | 姜正林 | 蔣春雷 | 金髮光 |
| 藍文賢 | 李柏 | 李東 | 李華 | 李慧 | 李莉 | 李林 | 李平 | 李威 |
| 李文 | 李瑤 | 李成忠 | 李川雲 | 李鳳前 | 李海欣 | 李洪嬌 | 李建興 | 李昆明 |
| 李林霞 | 李慶利 | 李茹柳 | 李少華 | 李勝天 | 李淑德 | 李鐵軍 | 李偉紅 | 李文放 |
| 李文林 | 李雲霞 | 林麗 | 林苹 | 林勇 | 劉東 | 劉輝 | 劉崎 | 劉強 |
| 劉勝 | 劉偉 | 劉善榮 | 劉世建 | 劉素英 | 劉偉志 | 劉小菁 | 劉曉榮 | 劉新峰 |
| 劉銀坤 | 劉玉環 | 劉志民 | 劉宗軍 | 盧丹 | 盧懿 | 盧建忠 | 盧來春 | 穆榮 |
| 魯瑩 | 陸斌 | 陸建平 | 陸偉躍 | 陸智傑 | 羅玉萍 | 羅卓荊 | 呂飛舟 | 呂志前 |
| 馬林 | 馬棟 | 馬璟 | 馬文領 | 馬修強 | 梅冰 | 孟舒 | 孟鳳霞 | 繆明永 |
| 倪斌斌 | 倪武 | 聶明明 | 歐陽天祥 | 裴建明 | 戚中田 | 彭峰 | 彭清 | 彭寶淦 |
| 齊琳 | 曲伸 | 曲樂豐 | 任安經 | 任紅旗 | 單希征 | 商艷 | 尚磊 | 邵春林 |
| 申捷 | 沈朝斌 | 沈明勤 | 沈晴昳 | 施海明 | 施裕新 | 史源 | 史建剛 | 史憲傑 |
| 宋彩萍 | 宋建星 | 宋立群 | 宋寧靜 | 宋志芳 | 蘇娟 | 蘇佳燦 | 蘇長青 | 孫傑 |
| 孫立安 | 孫琪雲 | 孫慶文 | 孫學軍 | 湯靜燕 | 湯紹濤 | 湯亭亭 | 湯朝暉 | 唐震 |
| 陶霞 | 田進偉 | 田增民 | 童朝陽 | 塗展春 | 拓西平 | 萬謨彬 | 汪大林 | 王珂 |
| 王凌 | 王欣 | 王越 | 王卓 | 王春生 | 王建六 | 王久存 | 王凱鏇 | 王梁華 |
| 王林輝 | 王茂強 | 王茂強 | 王培軍 | 王奇金 | 王秋根 | 王瑞安 | 王瑞安 | 王少剛 |
| 王少海 | 王偉銘 | 王文君 | 王文昭 | 王武慶 | 王序全 | 王亞偉 | 王永兵 | 王勇翔 |
| 王中凡 | 王忠壯 | 吳建 | 吳偉 | 吳建華 | 吳晉暉 | 吳氫凱 | 吳雄飛 | 吳逸明 |
| 吳子明 | 伍瑞昌 | 席淑華 | 相小強 | 肖林 | 肖建如 | 肖仕初 | 肖越勇 | 謝立平 |
| 解雲濤 | 邢念增 | 熊林平 | 熊源長 | 徐斌 | 徐虹 | 徐海濤 | 徐明娟 | 徐昕昀 |
| 許碩貴 | 薛迪 | 薛磊 | 薛一雪 | 嚴進 | 嚴律南 | 顏宏利 | 楊柳 | 楊程德 |
| 楊立利 | 楊學軍 | 楊振洲 | 楊祖菁 | 姚宏 | 葉慶 | 葉朝陽 | 葉添文 | 葉文琴 |
| 葉小飛 | 殷保兵 | 殷正豐 | 印慨 | 於光 | 於紅剛 | 於建平 | 於益芝 | 余宏宇 |
| 魚敏 | 原愛紅 | 翟曉文 | 張川 | 張川 | 張旻 | 張偉 | 張勇 | 張毓 |
| 張愛平 | 張道宮 | 張國興 | 張景勍 | 張俊平 | 張黎明 | 張理義 | 張士勝 | 張小麗 |
| 張曉春 | 張宇燕 | 張長青 | 張自明 | 章雄 | 章建梁 | 章衛平 | 章振林 | 趙玫 |
| 趙瑞 | 趙瑛 | 趙虎 | 趙平 | 趙良瑜 | 趙慕鈞 | 趙仙先 | 趙玉武 | 趙雲富 |
| 趙志青 | 鄭興 | 鄭春泉 | 鄭建明 | 鄭驕陽 | 鄭龍坡 | 鄭唯強 | 鍾平 | 周軍 |
| 周梁 | 周慶輝 | 周水根 | 周婷婷 | 朱霞 | 朱海英 | 朱科明 | 朱明華 | 朱慶生 |
| 朱全剛 | 朱同玉 | 朱臻宇 | 諸秉根 | 莊勛 | 莊建華 | 鄒豪 | 鄒最 | 鄒俊傑 |
| 鄒全明 | 鄒先彪 | 左伋 |
辦刊成果
收錄情況
《第二軍醫大學學報》被《中文核心期刊要目總覽》確認為“中國綜合性醫藥衛生類核心期刊”；是“中國科學引文資料庫統計源期刊”、“中國學術期刊綜合評價資料庫統計源期刊”；被包括中國學術期刊綜合評價資料庫、萬方數據——中國數位化期刊群等在內的中國國內重要檢索系統收錄，並被荷蘭《醫學文摘》（EMBASE）、美國《化學文摘》（CA）、英國國際農業與生物科學中心（CABI）文摘資料庫、俄羅斯《文摘雜誌》（РЖ）、波蘭《哥白尼索引》等國際檢索系統收錄。
出版發行
據2018年9月23日中國知網顯示，《第二軍醫大學學報》共出版文獻13825篇。
據2018年9月23日萬方數據知識服務平台顯示，《第二軍醫大學學報》載文量為9010篇。
影響因子
據2018年9月23日中國知網顯示，《第二軍醫大學學報》總被下載1243087次、總被引62643次；（2017版）複合影響因子為0.738、（2017版）綜合影響因子為0.592。
據2018年9月23日萬方數據知識服務平台顯示，《第二軍醫大學學報》被引量為41562次、下載量為177835次；據2015年中國期刊引證報告（擴刊版）數據顯示，《第二軍醫大學學報》影響因子為0.74，在全部統計源期刊（6735種）中排第1752名，在大學學報(醫藥衛生)（120種）中排第25名。
榮譽表彰
1989年，獲全國高等醫藥學院學報質量評比優秀學報一等獎、全國高校自然科學學報質量評比一等獎、上海市高校（自然科學）學報編輯質量評比一等獎。
1992年，獲上海市優秀自然科學技術期刊。
1995年，獲全國高校自然科學學報系統優秀學報評比二等獎、上海市高校自然科學學報評比優秀學報獎。
1997年，獲上海科技期刊評比二等獎。
1999年，獲全國高校自然科學學報及教育部優秀科技期刊評比二等獎、上海高校優秀自然科學學報評比一等獎、按1999年科技期刊影響因子排序獲獲高校學報科技期刊第三名。
2000年，獲首屆《CAJ-CD規範》執行評優活動執行優秀獎。
2002年，獲第二屆國家期刊獎百種重點期刊獎。
2004年，獲第四屆全軍醫學期刊質量評比優秀獎、全國高校優秀科技期刊評比一等獎。
2005年，獲第三屆國家期刊獎提名獎。
2006年，獲首屆中國高校精品科技期刊獎、全國高校優秀科技期刊評比一等獎。
2008年，獲第二屆中國高校精品科技期刊獎，被評為首批“中國精品科技期刊”。
2009年，獲中國高校科技期刊優秀編輯質量獎。
2010年，獲第五屆全軍醫學期刊質量評比優秀獎、第三屆中國高校精品科技期刊獎、上海市科技期刊審讀優秀獎。
2011年，被評為“中國精品科技期刊”、“中國百種傑出學術期刊”、“中國科技論文線上優秀期刊”。
2012年，獲第四屆中國高校精品科技期刊獎 。
2013年，被評為“RCCSE中國權威學術期刊”。
2014年，獲首屆上海市高校精品科技期刊獎、中國高校醫學期刊最佳實踐獎、第五屆中國高校優秀科技期刊獎。
2015年，被評為“RCCSE中國核心學術期刊（A）”。
2016年，獲第二屆上海市高校精品科技期刊獎、中國高校優秀科技期刊獎、2篇論文被評為“中華醫學百篇優秀論文”。
文化傳統
形象標識
第二軍醫大學學報圖中文字為該刊中文名的書法字型，下方的英文是該刊的英文名稱。
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 主編 | 吳孟超 |
| 副主編 | 曹雪濤、蘇定馮、梅長林、蘇定馮、戚中田、王紅陽、張萬年、仲劍平 |
註：表中為2018年9月《第二軍醫大學學報》官網顯示的信息
