秦慧芬受父親的影響，自幼便愛看戲。她與梁秀娟、章遏雲、馬述賢等四人，被視為“四大名旦”的傳人，其《宇宙鋒》等梅派戲堪為典範。秦慧芬九歲進入“厲家班”，該班與夏聲劇校，在抗戰期間，是揚名川、陝之間的兩大科班。秦慧芬在厲家班時，不是唱的青衣，而是學小生，專工扇子（文生）。到了十六歲才定的青衣，青衣由王蕙芳啟蒙，先學了《胭脂虎》《十三妹》《浣花溪》等，因此她的戲路是旦角、小生皆能演。
民國36年（1947）秦慧芬在上海拜梅蘭芳為師，當時她二十三歲，梅師五十三歲。
民國37年（1948）與鍾敏結婚，隔年隨夫婿來台。來台後，曾加盟陸光國劇隊，民國46年就退出舞台，當時是因為身體不適感冒發燒，硬著頭皮抱病上台，結果一曲終了，聲帶充血，壞了嗓子，由於嗓子是京劇演員的本錢，秦慧芬等於是被迫退出。然而她退而不休，轉到幕後專以教戲為業，在文化學院、小大鵬、小陸光擔任旦行老師，傳授她的梅派演唱的技巧，門下弟子有魏海敏、王耀星、胡陸蕙、王鳳雲、王鳳娟、吳陸君、王復蓉、余嘯雲等多人。而在停演之後，秦慧芬仍偶爾應邀登台。
在台灣的梅蘭芳女弟子還有章遏雲、顧正秋等，曾長期在台的梅蘭芳男弟子只有20世紀末從英屬香港到台灣的陳永玲。
