先祖在明初授遼陽定邊前衛世襲指揮，十數世傳至祝世昌，任鎮江城游擊。
天命六年（1622），努爾哈赤攻克遼陽，世昌率三百餘人來降，仍授游擊，統其眾，受築瀋陽、遼陽、海州三城，事成後授盛京（今瀋陽）城守總兵。
天聰五年（1632），從征大凌河。次年，皇太極閱兵，以其訓導有方，特加賞賜，不久升禮部承政，授世職參將。七年（1634）七月，克旅順，世昌上書請求大舉伐明，謂：“攻城當專用紅衣炮，國中新舊三十餘具，瀋陽留四具，城守已足，餘悉載軍中。炮多則糜藥亦多，藥局製藥，硝丁淋硝慮不足於用。旅順新獲硝磺，宜以其半送瀋陽製藥。師行克城邑，當得練達謹慎之吏，不求小利，不貪財賄，乃能戢民心、保疆圉，宜預選令從軍備任使。用兵當兼奇正，輕兵先發，奪人畜，掠儲峙，然後整軍挾紅衣炮自大道徐進。”皇太極派遣貝勒阿巴泰等將二千人略山海關外，未深入，引還。
崇德七年，疏請禁俘良家婦鬻入樂戶，上諭都察院承政張存仁、祖可法曰：“世昌豈不知朕禁樂戶？而為此疏，不過徇漢人，藉此要譽耳。朕度世昌身在我國，心猶鄉明。世昌果忠於明，明以元功臣田、劉、張三姓之裔隸樂戶，世昌何不聞有言乎？朕視滿、蒙、漢若一體，爾等同心輔國。譬諸五味，貴調劑得宜。若各相庇護，是猶鹹苦酸辛不得其和。爾等徇世昌而不舉劾，咎在爾等。曾子曰：‘吾日三省吾身。’爾等能如曾之省身，則何過之有？”旋命固山額真石廷柱、馬光遠與諸漢官會鞫，坐世昌死。其弟世蔭同居，知其事，啟心郎孫應時為改疏稿，皆死。禮部承政甲喇章京姜新、甲喇章京馬光先見疏稿稱善，當奪職坐罰。上命誅應時，而貸世昌、世蔭，徙邊外席北。新解承政，與光先皆貰罪。
順治二年（1645），召還，隸漢軍鑲紅旗。
順治四年（1647）七月，授右副都御史、山西巡撫。時盜發盂、五台、永寧、靜樂諸縣，世昌遣兵捕治。
順治五年（1648）十二月，上遣英親王阿濟格等戍大同備邊，總兵官姜瓖疑見誅，遂叛。世昌檄諸縣兵還守省城，瓖遣兵陷朔州、岢嵐，攻代州急，世昌帥師赴援，疏請髮禁旅出居庸取大同，分兵出紫荊關，至代州濟師。上命阿濟格等討瓖，別遣敬謹親王尼堪等帥師鎮太原。六年正月，瓖將姚舉等掠平原驛，戕冀寧道王昌齡，下忻州。固山額真庫魯克、達爾漢、阿賴等破舉眾石嶺關，舉棄忻州走。既，復襲陷寧武，萬釒柬踞偏關，劉遷破繁峙、靜樂及交城東關。世昌疏趣援，尼堪師至，出攻寧武，逾月未下，移師向大同。瓖黨以其間攻陷保德、交城、石樓、永和諸縣，世昌復請髮禁旅守太原、曲沃。李建泰以大學士罷歸，謀應瓖叛，世昌得其手書以聞。會瓖為其將楊振威所殺，以大同降，師討定汾、絳、潞安、永寧、寧鄉諸州縣。建泰與瓖將李大猷等入太平，師從之，建泰等亦降。是歲平陽盜虞允、韓昭宣為亂，攻陷州縣，應瓖，陝西總督孟喬芳將兵擊破之，世昌以聞。山西底定。
順治七年（1650），卒，贈兵部右侍郎，謚僖靖，入祀山西名宦祠。
