發展
1916年6月袁世凱死後，黎元洪任總統，段祺瑞以國務總理兼陸軍總長掌握北京政府大權。他們在日美為控制中國展開爭奪的情況下，矛盾日益激化。段祺瑞依靠曹汝霖等親日派官僚，急欲取得日本帝國主義的援助，積極主張對德、奧宣戰。但是參戰問題遭到黎元洪和多數國會議員的反對。
1917年5月黎元洪免去段祺瑞國務總理職。皖系便煽動十餘省區的軍閥通電“獨立”，發兵進逼北京。7月，張勛乘機擁清廢帝溥儀復辟(見張勛復辟)。段祺瑞率兵討伐，在全國人民聲援下，迅速打敗張勛，重新控制政權。直系首領馮國璋雖接任北京政府總統﹐但無實權。
北京政府宣布：民國法統中斷，再造共和，決定另組國會、重議憲法。皖系不惜出賣國家利權，向日本大借外債，其中僅西原龜三經辦的八筆借款就達一億四千五百萬日元。他們乘機編練“參戰軍”，擴充皖系實力，鼓吹以武力統一全國。1917年秋發動內戰，妄圖消滅以孫中山為首的南方護法勢力。與軍事進攻的同時，他們搜羅政客，組織安福俱樂部，指使地方軍閥操縱選舉，改選議員，孤立、排擠資產階級溫和派。1918年秋，組成以安福系議員占絕對多數的新國會，史稱安福國會。皖系軍閥又利用安福國會選舉徐世昌取代馮國璋任總統，壓制直系，以便實行一系專制。
皖系軍閥武力統一政策激起全國人民的公憤，也為直系將領所反對。直皖軍閥的權力爭奪日益加劇。1920年7月，直皖戰爭爆發，皖系被直、奉軍擊敗。段祺瑞下野、皖系重要頭目被通緝，安福國會解散，北京政府由直系控制。皖系軍閥逐步被消滅。1924年11月，段祺瑞受國民軍、奉系、直系餘部推舉，任“臨時執政”，但他已不是作為皖系首領執政，而只是各派軍閥爭奪權力的緩衝人物。
興衰
袁世凱死後，皖系以北洋正統自居，操縱政局，聲勢顯赫。但好景不長，1920年7月直皖戰爭，皖系一敗塗地，一蹶不振，儘管後來段祺瑞又曾出山擔任“執政”，不過是有職無權。在北洋三大派系中，皖系最先興盛，亦最早衰敗。
作為段祺瑞的心腹謀士，皖系的核心人物，徐樹錚的所作所為與皖系的興衰有著直接的極大的關聯。從某種意義上說，皖系興則在徐，敗亦在徐。 一、徐段邂逅。徐樹錚字又錚，安徽蕭縣人。1901年赴濟南擬投袁世凱，投袁不成，卻意外碰到了段祺瑞，段“約與長談，深相契，遂延攬焉”，聘為書記官。1905年由段支持赴日本留學軍事，1910年學成歸國任江北軍事參議，實為江北提督段祺瑞的總參謀，武昌起義爆發後不久，段祺瑞署湖廣總督，統率第一軍，委徐樹錚為總參謀。
時南北且戰且和，相持不下，段奉袁世凱之命聯合北洋軍官50人通電擁護共和，電文云：“立定共和政體，以觀內閣及國務大臣等，暫時代表政府……再行召集國會，組織共和政府。”
這份轟動一時的電文便是徐樹錚草擬的，它對促使清帝退位，為段祺瑞撈取政治資本起了不可低估的作用。以後段為北京政府陸軍總長，徐則任陸軍次長；段為國務總理，徐則任國務秘書；段為參戰督辦，徐則任西北邊防軍（前身為參戰軍）司令，可見二人一榮俱榮，步步相攜，段視徐為肱股，徐奉段為至尊。
撲滅了“二次革命”後，袁世凱利令智昏，意欲帝制自為。段祺瑞從一開始就不附和，所以袁段的關係鬧得很僵。徐樹錚是段最親信的人，陸軍部事務基本上由其全權代理，故袁很討厭徐，幾次想把徐調離陸軍部，段都拒不照辦。
1915年5月，段經與徐樹錚等心腹密商後，決定“借病退養”，消極對抗。
後形勢有變，護國軍興，袁很希望段能出山助一臂之力，段委他人與徐商量對策，徐建議段稱病不出。段果然一直歸隱不出，隨著袁世凱一命嗚呼，中國的政治格局發生了很大的變化，各大軍閥派系勢均力敵，爭權奪利，徐對段的影響，對皖系的作用也愈來愈大。二、奔走策劃不遺餘力出於獨攬大權的政治需要，段祺瑞二任總理後拒絕恢復《臨時約法》。1917年7月，孫中山發動了“護法運動”，矛頭直指段祺瑞，段以此為由，推行其武力統一政策。
1917年11月，因對南方作戰陷入僵局，段祺瑞宣布辭去國務總理職務。11月18日，直系將領曹錕和長江三督聯名發電，主張停止內戰。可是不久曹錕便聲明，電文未經本人同意，故不能負責。曹錕在北洋派中實力最大，地盤又最接近北京，他的態度很有影響。徐樹錚見有隙可鑽，立刻跑到天津對曹大肆誘惑，表示曹如傾向主戰派，以後改選時一定捧他為副總統。曹果然於21日單獨宣布，主張以南軍退出長沙為南北議和的條件，初看起來是一折衷方案，實際上是另一種形式的主戰論。
段的野心、徐的跋扈，終於使直皖矛盾公開化，由於自感實力不足，於是段派徐到奉天勸調奉軍入關，以壯聲勢。徐樹錚十分清楚，要把“東北王”請進關內，不給一點好處是不行的。正巧陸軍部向日本政府購買的軍械有一批將在秦皇島上岸，徐便自作主張將這批軍械留下來，作為送給奉軍的見面禮。由於做得十分巧妙，不僅馮國璋抓不住把柄，連段祺瑞知道了也不能多說什麼。
張作霖本來就很想干預中原政局，有了現成的禮物，自然願意傾向皖系。1918年3月12日，奉軍設總司令部于軍糧城，張作霖自任總司會，委徐為副司令，“總司令一切職權，完全由副司令代行”。奉軍入關，對馮國璋構成極大的威脅，他只好親自請段祺瑞重新組閣。段內閣的復活表明皖系在同直系的爭鬥中取得了極大的勝利，其中徐樹錚立了大功。
但是，奉軍入關並非真正要到前線同南方軍作戰，當徐樹錚不停地奔走於京、漢兩地，計畫將前線部隊全都換成奉軍共6個混成旅時，張作霖立刻感到不能容忍了，他以邊防吃緊為由，調回已經開到湘東的奉軍。
依靠他人軍隊絕非長久之計，關於這一點，段祺瑞早有意識。1917年底段被任命為參戰督辦，即著手編練參戰軍，1919年1月參戰軍正式成立，共編成三個師。很明顯，段以參戰為名，在建立自己的嫡系部隊。由於第一次世界大戰結束，參戰軍之名已不適宜，於是改稱邊防軍，徐樹錚則選擇了西北地區作為發展邊防軍的根據地。
1919年6月，北洋政府正式任命徐樹錚為西北籌邊使兼西北邊防軍司令。徐就職不久，外蒙少數民族分裂分子掀起“自治”風潮，北洋政府將庫倫都護使陳毅改授豫威將軍，由徐樹錚督辦外蒙善後事宜，皖系勢力逐步深入外蒙。重兵戍邊，措施得力，客觀上維護了祖國的統一，制止了民族分裂，在捍衛國家和民族主權及領土完整方面，徐是有一定貢獻的，由此，既加強了邊防軍的實戰能力，又提高了皖系及徐個人的政治聲望。
由於徐樹錚出謀劃策和積極奔走，皖系的權勢日益增大，達到了全盛時期。
三、樹敵過多身敗名裂造成皖系迅速衰敗的原因主要是北洋派內部的矛盾，而這些矛盾的發生和激化，都與徐樹錚有關。
直皖交惡的真正導火線是陸建章命案。陸是直系元老之一，曾任陝西督軍，也是現任將軍。1918年6月，督軍團聚會天津，討論戰和問題。為了扭轉不利於主和派的局面，馮國璋暗中指示陸建章前來說服直系曹錕與長江三督領銜者李純加強合作。陸到天津不久，就被徐樹錚騙至奉軍駐津司令部擅自槍殺了。
這是徐樹錚跋扈性格的集中反映，也是皖系激進派向直系挑戰的公開信號。徐企圖以既成事實鎮住主和派，不料適得其反，引起了直系乃至局外人的普遍不滿。
徐樹錚的個性和為人決定了他樹敵太多的致命弱點，關於這個方面，在和張作霖的關係上表現得尤為突出。本來，為了壓倒直系，皖系對奉系一直採取拉攏政策，徐更是聯絡奉軍的先鋒，但奉軍入關不久，徐張之間就產生了齟齬。
天津會議結束後，張作霖查出從段內閣復出起，徐樹錚一共代領到奉軍軍費515萬元，而奉軍實收僅180餘萬元，其餘部分都用在編練參戰軍和新國會選舉上。張一怒之下，撤銷了徐奉軍副司令的職務。
在一次宴會上，徐似醉非醉地對張說：“大哥汝現在既有地盤，又有兵力，汝不要逞強。我現在兵力單薄，不能征服；我如實在不行，將來總有一天帶日本兵打汝”，一時滿座失色。張冷靜老練地答道：“老弟何至於此，我的兵不就是你的兵嗎。乾杯！乾杯！”尷尬的局面總算應付過去了，但徐張的積怨越來越深。徐樹錚在西北地區大肆擴大勢力，其所作所為與張作霖的“大滿蒙主義”發生了尖銳的衝突。張怎么可能任由西北王騎在他東北王頭上作威作福而視若無睹呢？儘管雙方為了某種共同利益暫時走到一起，但最終還是分道揚鑣。徐樹錚一直伺機除掉張作霖，直皖大戰前夕，徐想借段祺瑞在團河會見張作霖之機動手，後因張反對會見而未成。徐又打算趁張返回奉天途經廊坊時突施狙擊，張得到兒女親家靳雲鵬的密報，火速微服赴津，才免遭毒手。徐一計不成，又生一計，派暗殺團潛入奉天，但陰謀很快就敗露了。
徐樹錚一而再、再而三的暗算激怒了張作霖，張終於撕下了“中立”的外衣。直皖戰爭皖系之所以如此不堪一擊，很大程度是因為奉軍加入了直系陣營，致使雙方力量頓時發生傾斜，段祺瑞萬萬沒想到，當初不惜一切代價引張作霖入關，為的是增加戰勝直系的砝碼，卻落得引火燒身的可悲結局。
如果說樹敵過多表現在對待其他勢力，還不至於此，事實上徐樹錚的行為也引起了皖系內部的分化，很大程度上削弱了自身的力量。徐樹錚的所作所為加速了反對皖系勢力的聯盟，發展到1919年秋冬之際，一個以直、蘇、鄂、贛為主加上東北三省總計七省的反皖同盟形成了。1920年，直皖戰爭爆發。直皖戰爭把段祺瑞苦心經營起來的西北軍和邊防軍輸得精光，皖系從此一蹶不振。
直皖戰爭後，徐樹錚作為“十大禍首”遭到北洋政府的通緝而逃到日本。段祺瑞復出擔任“執政”後，徐又回國參加政治活動，他忽略了一點，馮玉祥一直對他懷恨在心，因為當年他曾將馮的舅父陸建章擅自槍殺。1925年12月29日，徐途經廊坊時被馮部逮捕槍殺。
軍閥頭目
段祺瑞（1865年3月6日-1936年11月2日），字芝泉，晚號正道老人，安徽合肥人。一生中曾六次主政（1913年5月1日至7月31日代理國務總理；1916年4月22日至6月28日任政事堂國務卿；1916年6月29日至1917年5月23日、1917年7月17日至12月22日、1918年3月23日至10月10日三次出任國務總理；1924年11月24日至1926年4月20日任中華民國臨時執政。）自1912年3月至1915年8月，段祺瑞在北京政府內閣中連任7屆陸軍總長。其間由擁袁轉而反袁、反洪憲帝制。在反對袁世凱的鬥爭中，段祺瑞的辭職、不合作和暗中抵制發揮了不可忽視的作用。
皖系軍閥段祺瑞親日，但在日本人把侵略戰火燒進國門後，企圖拉他出山，組織一個與南京國民政府相對立的完全效忠於日本人的傀儡政權，段祺瑞沒有答應。1933年1月19日，國民政府專使錢永銘持蔣介石的親筆信函到天津，請段“南下頤養”，段祺瑞隨即到上海定居。
三大軍閥
| 軍閥割據時期的三大軍閥是指：張作霖的奉系軍閥、段祺瑞的皖系軍閥、吳佩孚的直系軍閥。 | ||
| 奉系軍閥 | 張作霖 | 北洋軍閥派系之一﹐因其首領張作霖系奉天（今遼寧省）人而得名。主要人物有吳俊升﹑張作相﹑孫烈臣﹑張景惠﹑湯玉麟、楊宇霆﹑張宗昌、韓麟春、姜登選等。 |
| 皖系軍閥 | 段祺瑞 | 北洋軍閥派系之一。以其首領段祺瑞為安徽（簡稱皖）人而得名。主要人物有徐樹錚﹑靳雲鵬﹑段芝貴﹑傅良佐﹑倪嗣沖等。 |
| 直系軍閥 | 吳佩孚 | 北洋軍閥派系之一，曾長期控制北京政權代表人物為馮國璋、曹錕、吳佩孚、孫傳芳等人。1917年7月張勛復辟失敗後，馮國璋到北京繼任總統，其部下曹錕、李純、陳光遠、王占元分別任直隸、江蘇、江西、湖北等省督軍，構成了直系的基本勢力。 |
