病因作用於機體使疾病發生以後，疾病便作為一個運動發展的過程不斷向前演變、推移，經過一定的時間或階段後，最終趨於結束，這便是發病學（Pathogenesis）所要研究的問題。
概述
疾病發展、經過的全過程應當包括它的最終的結局，即疾病的轉歸，包括恢復健康和死亡。本文則著重討論疾病發展經過中某些重要的問題——疾病時自穩調節的紊亂，疾病過程中的因果轉化和疾病過程中的損害和抗損害反應。
紊亂
正常機體主要在神經和體液的調節下，在不斷變動的內外環境因素作用下能夠維持各器官系統機能和代謝的正常進行，維持內環境的相對的動態穩定性，這就是自穩調節控制下的自穩態或稱內環境穩定（homeostasis）。正常機體的血壓、心率、體溫、代謝強度、腺體分泌，神經系統和免疫功能狀態以及內環境中各種有機物質和無機鹽類的濃度、體液的pH等等，往往有賴於兩類互相拮抗而又互相協調的自穩調節的影響而被控制在一個狹隘的正常波動範圍。這是整個機體的正常生命活動所必不可少的。
疾病發生髮展的基本環節就是病因通過其對機體的損害性作用而使體內自穩調節的某一個方面發生紊亂，而自穩調節任何一個方面的紊亂，不僅會使相應的機能或代謝活動發生障礙，而且往往會通過連鎖反應，牽動其他環節，使自穩調節的其他方面也相繼發生紊亂，從而引起更為廣泛而嚴重的生命活動障礙。以糖代謝和血糖水平的調節為例，交感神經興奮，腎上腺素，胰高血糖素，糖皮質激素，腺垂體生長激素等可分別間接或直接地通過促進肝糖原分解和糖的異生等環節使血糖升高,而迷走神經興奮和胰島素則可分別間接或直接地促進肝糖原合成，抑制糖的異生以及促進組織攝取利用糖而使血糖降低。正常血糖水平，有賴於上述兩方面因素相反相成的作用而得以維持。當某些病因因素使胰島素受損或使腺垂體功能亢進以致胰島素分泌不足或生長素分泌過多時，均可使糖代謝發生紊亂，血糖水平顯著增高，而糖代謝紊亂的進一步發展將導致脂類代謝自穩調節的紊亂，表現為脂肪酸的分解占優勢而發生酮症酸中毒，說明酸鹼平衡的自穩調節也繼之發生紊亂。
在自穩態的維持中，反饋調節起著重要作用。例如當糖皮質激素分泌過多時，可反饋地抑制下丘腦和腺垂體，從而使促腎上腎皮質激素釋放激素（corticotropoin-releasinghormone,CRH）和ACTH的分泌減少，這樣就可使糖皮質激素的分泌降至正常水平。反之，當血漿中糖皮質激素減少時，上述的反饋抑制作用就有所減弱，CRH和ACTH的分泌隨即增加而使糖皮質激素在血漿中又升至正常水平。這樣,上述反饋調節就能使正常人血漿和糖皮質激素濃度維持在一個相對恆定的水平。當反饋調節發生障礙時，自穩態就會發生紊亂而引起一系列異常變化。例如，腎上腺一性腺綜合徵（adrenogenitalsyndrome）患者可能因遺傳缺陷而致腎上腺皮質11－羥化酶缺乏，因而皮質醇（cortisol）和皮質酮（corticosterone）生成不足，故對CRH和ACTH的反饋抑制失效，腺垂體乃不斷分泌更多的ACTH，腎上腺皮質性激素的生成就因而增多，故患者血中和組織中ACTH，17－酮類醇、雄激素明顯增多，女性患者可出現男性化症狀。
因果轉化
在各種自穩調節的控制下，正常機體各器官系統的機能和代謝活動互相依賴，互相制約，體現了極為完善的協調關係。由此理解，當某一器官系統的一個部分受到病因的損害作用而發生機能代謝紊亂，自穩態不能維持時，就有可能通過連鎖反應而引起本器官系統其他部分或者其他器官系統機能代謝的變化。這就是疾病中的因果轉化，即原始病因使機體某一部分發生損害後，這種損害又可以作為發病學原因（pathogeneticcause）而引起另一些變化,而後者又可作為新的發病學原因而引起新的變化。如此，原因和結果交替不已，疾病就不斷發展起來。前述的糖尿病時糖代謝、脂類代謝和酸鹼平衡相繼發生紊亂，便是疾病時因果轉化的一個例子。又如，原始病因機械暴力短暫地作用於機體，可使組織受損，血管破裂而導致大出血，大出血使心輸出量減少和動脈血壓下降，血壓下降可反射性地使交感神經興奮，皮膚、腹腔內臟的小動脈、微動脈等乃因而收縮，這種血管收縮雖可引起外周組織缺氧，但卻可減少出血，在一定時間內又可維持動脈血壓於一定水平，故有利於心、腦的動脈血液供應。外周組織（主要是皮膚和腹腔內臟）持續的缺血缺氧將導致大量血液淤積在毛細血管和微靜脈內（參閱第十章），其結果是回心血量銳減，心輸出量進一步減少和動脈血壓進一步降低，組織缺氧就更嚴重，於是就有更多的血液淤積在循環中，回心血量又隨之而更加減少。可見，組織缺血缺氧，毛細血管和微靜脈內大量血液的淤積。回心血量減少，動脈血壓降低等幾個環節互為因果，循環不已，而每一次因果循環都能使病情更加惡化，故這種循環稱為惡性循環（viciouscircle）。實際上，嚴重外傷時機體內的因果轉化情況還要複雜得多，上面所述，僅僅是一個概略的輪廓而已。
認識疾病發展過程中的因素轉化以及在某些疾病某些情況下可能出現的惡性循環，對於正確地治療疾病和防止疾病的惡化，具有重要意義。在上述的嚴重外傷發展過程中，如能及時採取有效的止血措施和輸血輸液，就可以阻斷上述連鎖反應的發展，從而防止病情的惡化。如果惡性循環已經出現，則可通過輸血補液，正確使用血管活性藥物，糾正酸中毒等措施來打斷惡性循環，使病情向著有利於機體的方向發展。
隨著因果轉化的不斷向前推移，一些疾病就可以呈現出比較明顯的階段性。例如，在上述的嚴重外傷引起出血性休克的過程中，機體可經歷休克初期（微循環缺血期）、休克期（微循環淤血期）和休克期晚期（難治期）第三期；嚴重大面積燒傷患者往往要經歷休克，感染，腎功能不全等幾個階段；各種傳染病則一般要經歷潛伏期，前驅期，顯明期和轉歸期等幾個階段；在傷寒病歷時數周的顯明期中，患者的臨床表現。迴腸病變和免疫反應等等，每周都不相同。具體分析疾病各階段中的因果轉化和可能出現的惡性循環，顯然是正確處理疾病的重要基礎。
抗損害反應
分析許多疾病中因果轉化的連鎖反應，可以看出其中兩類變化：其一是原始病因引起的以及在以後連鎖反應中繼發出現的損害性變化，其二則是對抗這些損害的各種反應，包括各種生理性防禦適應性反應和代償作用。損害和抗損害反應之間相互依存又相互鬥爭的複雜關係是推動很多疾病不斷發展演變，推動因果連鎖反應不斷向前推移的能基本動力。前述的機械暴力作用於機體例子中，組織破壞、血管破裂、出血、缺氧等屬於損害性變化。而動脈壓的初步下降所致的反射性交感神經興奮以及因而發生的血管收縮，由於可減少出血並在一定時間內有助於維持動脈血壓於一定水平從而有利於心、腦的動脈血液供應，故屬抗損害反應。此外，同時發生的率加快、心縮加強可以增加心輸出量，血液凝固過程加速又有利於止血，因而也屬抗損害反應。如果損害較輕，則通過上述抗損害反應和適當的及時治療，機體便可恢復健康；如損害嚴重，抗損害反應不足以抗衡損害性變化，又無適當的治療，則病人可因創傷性或失血性休克而死亡。可見，損害和抗損害反應之間的對比往往影響著疾病的發展方向和轉歸。應當注意的是有些變化可以既有抗損害意義又有損害作用；而且，隨著條件的改變和時間的推移，原來以抗損害為主的變化可以轉化為損害性變化。例如，上述的創傷時的血管收縮有抗損害意義，但血管收縮同時也有使外周組織缺氧的損害作用，而持續的組織缺血缺氧，將導致微循環障礙而使回心血量銳減，這就說明原來有抗損害意義的血管收縮，此時已轉化成為對機體有嚴重損害作用的變化。正確區分疾病過程中的損害性變化和抗損害性反應，有重要的實踐意義。在臨床實踐中，原則上應當儘可能支持和保持抗損害性反應而排除或減輕損害性變化，但當抗損害性反應轉化為損害性變化時，就應當排除或減輕這種變化。目前，休克治療中常套用血管擴張藥來改善組織的動脈血液灌流以減輕或消除組織缺氧，並且獲得較好效果，其理論基礎就在於此。
對不同損害所發生的抗損害反應往往各有特點。例如，創傷時的反應已如上述，而在炎症性疾病時，機體的局部反應往往是滲出和增生，全身反應則可有發熱、白細胞數目的變化等。然而，不同的損害也可引起某些共同的反應。例如，各種強烈因素如麻醉、感染，中毒、出血、創傷、燒傷、休克、過冷等，都能引起機體的應激反應（stressreaction），即通過下丘腦一腺垂體引起腎上腺皮質激素大量分泌，從而使機體的防禦適應能力在短期內有所加強。這是常見於各種急性危重疾病的一種非特異性損害反應，對機體適應各種強烈因素的刺激起著重要作用。
疾病時抗損害反應的一個重要方面是各種代償和適應反應。例如一側腎功能完全喪失後對側健康腎可加強活動而維持正常的泌尿功能；組織缺氧時，糖酵解過程加強，氧合血紅蛋白釋放氧的能力和組織利用氧的能力增強；某些組織和細胞壞死後發生的再生等等。
疾病時機體內發生的反應，主要是對抗損害的，但又不是所有疾病時的所有反應都針對損害的。例如，在許多致病微生物引起的疾病，機體的反應不是僅僅針對微生物所造成的損害，而十分重要的正是機體的免疫反應也是針對微生物本身和／或其他代謝產物的。
損害和抗損害的鬥爭，誠然是許多疾病時的一個重要問題。但是，在紅綠色盲、唇裂、齶裂、多指症、先天愚型、睪丸女性化（testicularfeminization）、先天性睪丸發育不全（Klinefelter’ssyndrome）以及由遺傳缺陷所引起的種種嚴重畸形的患者，有明顯的機能、代謝和形態結構上的異常變化,但在他們身上似還很難找出令人信服的損害與抗損害反應的鬥爭；即使有這種鬥爭，但能否作為決定疾病發展方向的主要矛盾，亦尚屬疑問。
