社會背景
民族危機
甲午農民戰爭19世紀末20世紀初，隨著第二次工業革命進行，歐美列強開始進入到帝國主義階段，對外侵略由軍事侵略為主轉變為以經濟侵略為主，由商品輸出為主轉變為以資本輸出為主，僅僅靠奪取原料產地和傾銷市場已遠遠不能滿足資本輸出的需要了，於是歐美列強提出並實施了瓜分世界、劃分勢力範圍的計畫，而它們的主 要目標就是它們在第一次工業革命中打敗並強迫開放國門的亞洲封建國家，而重點就在東亞地區的中國（大清帝國）、朝鮮等地。
歐美等列強認為雖然中國已被打敗，但由於清政府的實力仍存，並且通過“洋務運動”達到了一定的富國強兵的效果，在短時間內很難完全控制。因此實力更弱的朝鮮成了首要的受害者，列強加大了對朝鮮的侵略，將朝鮮變為其角逐場所。而在其中，猶以朝鮮近鄰日本的侵略最為嚴重。
日本自1868年明治維新以來，實力迅速發展，正交叉進行兩次工業革命，對外擴張的欲望十分強烈。而且日本自古以來便覬覦朝鮮半島，明治維新以後，日本不少人士都大力鼓吹“征韓論”。1876年，日本以武力打開朝鮮國門，強迫朝鮮政府簽訂不平等的《江華條約》，隨後列強紛至沓來，到1882年《朝美修好通商條約》的締結，朝鮮的門戶全面開放，從此引發了朝鮮深重的民族危機。
19世紀八九十年代，日本是朝鮮最大的掠奪者。1885年—1890年，朝日貿易額占了朝鮮對外貿易額的80%，日本投機商廉價收購朝鮮大米、大豆、棉花等農產品，然後運到日本高價出售，從中牟取暴利。同時，日本則在朝鮮市場上高價傾銷粗劣紡織品，獲取巨額利潤，日本資本家還控制了朝鮮的金融業、海運業、漁業。
這種掠奪性貿易引起朝鮮糧食奇缺和物價飛漲，使朝鮮人民的生活陷入極端困苦的境地。日本和歐美工業品（大部分歐美工業品由中國轉輸朝鮮）的傾銷，導致朝鮮的城鄉手工業開始解體，朝鮮農村階級分化的過程加劇，農民和手工業者紛紛破產。經過日本等國的盤剝，原本就十分貧困的朝鮮人民生活雪上加霜。朝鮮人民和外國（特別是日本）資本主義的民族矛盾愈發凸顯。
階級矛盾
在“數千年未有之變局”的嚴峻的國際形勢下，朝鮮封建地主階級卻沒有吸取在19世紀中葉清王朝和日本在與西方列強戰爭中被擊敗並被羞辱的教訓，依舊橫徵暴斂，不思進取，致使人民生活日益貧苦，不得不在水深火熱之中掙扎，當時朝鮮有一首廣為流傳的歌謠“金樽美酒千人血，玉盤佳肴萬姓膏。燭淚落時民淚落，歌聲高處怨聲高” ，正是這種現象的真實寫照。
19世紀後期，朝鮮以閔妃外戚集團為首的實際統治者更是貪污腐敗，奢靡無度，史載當時的朝鮮宮廷“長夜之宴無日或輟，倡優妓女演呈百戲，酒池肉林靡費巨萬”。 而各種賠款和外國貸款本息的償還、日益龐大的軍政開支、王室費用無止境的增加等等，也使朝鮮國庫空虛，赤字猛增。朝鮮政府不得不以賣官鬻爵來維持財政收入，就連科舉也成了交易市場。朝鮮統治者還勾結日本侵略者，成為了列強侵略朝鮮的幫凶。
1889年，由於日本的掠奪和天災頻仍，朝鮮部分地區實行“防谷令”，禁止把大豆和大米輸往日本。日本人卻以武力相威脅，強迫朝鮮政府立即廢除防谷令，並勒索大量賠款。朝鮮封建統治集團置朝鮮人民的利益於不顧，屈服於日本的壓力，立即廢除防谷令，並賠款11萬多元。朝鮮的中央政府既如此荒淫腐敗，地方官吏和農村土豪更是巧取豪奪，橫行霸道，貧富懸殊空前嚴重，朝鮮的社會矛盾就像乾柴一樣不斷累積。朝鮮統治者對內驕奢淫逸、對外妥協賣國的這些行為都極大地激化了地主階級和農民階級的階級矛盾。尖銳的階級矛盾是朝鮮甲午農民戰爭爆發的根本原因。
人民抗爭
由於以上情況，深受多重壓迫剝削的農民階級對統治階級的不滿與日俱增，起義反抗的意識日漸形成，正如當時俄國駐華公使喀西尼也向沙皇報告的那樣：“全朝鮮陷於沉重而日益增長的激憤情緒已有相當時日，這種激憤情緒極易轉變為公開的暴亂。” 後來甲午農民戰爭的一位領導者吳知泳也對當時朝鮮社會的狀況和人民的心態這樣描述道：“凡此種種，萬民塗炭，村村哭聲連天，人人怨聲載道，八道民心惶惶。兩班官吏以至富豪，既魚肉百姓，民惡能不以為敵？！彼之生存，全仗百姓，何故置吾民於死地？故百姓日夜盼國亡，有言必稱亡國，曰：‘此朝必亡，非亡不可，何不早亡？’”
與此同時，面對國家的日益崩壞和人民的深重苦難，一大批立志於拯救苦難的民眾的有識之士開始大量地湧現，朝鮮人民和這些仁人志士開始不斷進行救國救民的探索與鬥爭，比如1882年反抗閔妃集團的“壬午兵變”，以及1884年旨在促使朝鮮近代化的“甲申政變”等。1885年—1894年間，朝鮮官方記錄的較大規模的“民亂”就有38起。後來的甲午農民戰爭的領袖全琫準就是這樣一位試圖改造朝鮮的仁人志士。
領導人全琫準
全琫準像全琫準（1854年～1895年），是朝鮮西南部全羅道古阜郡人，自小生活在廣大人民民眾中的他，深刻地體會到朝鮮統治階級的腐朽統治對人民造成的巨大災難，認識到推翻朝鮮統治階級的腐朽統治的必要性，很早就萌發了反抗的意識。
全琫準的父親全彰赫對他影響猶大。全彰赫為人正直，秉性剛強，因為不滿郡守橫徵暴斂，率眾襲擊郡衙，不幸被捕犧牲。全琫準以父親全彰赫為榜樣，立志拯救苦難的民眾，最終促使他走上領導人民反抗地主階級腐朽統治的道路。
東學傳播
當時朝鮮流傳著融合儒教、佛教和道教思想的宗教——東學道，其主旨是提倡東方之學，與當時在朝鮮流行的西方的天主教相抗衡。另外，東學道還以“人乃天”為教條，反映出反封建的平等思想。東學道從1860年創立起就被朝鮮政府當作“左道”、“邪教”而嚴加禁止，卻在地下迅速傳播。東學道通過一系列的宗教宣傳，提出了“懲辦貪官污吏”、“斥倭斥洋”的口號，這很好地迎合了在貧苦的農民的鬥爭需要，因而在貧苦大眾中具有極大影響。
1864年，東學道的創始人崔濟愚被斬首示眾。此後崔時亨繼承教主之位，完善了東學道的教義體系和組織系統，並不斷在地下發展東學道勢力。而朝鮮政府則恣意迫害欺壓東學道徒，東學道徒常遭到逮捕，財產也被地方官員、吏胥掠奪和沒收以飽私囊，使政府和東學道之間的矛盾愈積愈深。
1893年1月，數千東學道徒在全羅道參禮驛集會，展開了“教祖伸冤”運動。1893年3月，東學道徒麇集首都漢城（今韓國首爾），在王宮景福宮光化門前“伏閣抗訴”，並不斷舉行示威活動，要求政府為其教祖崔濟愚平反並承認東學道合法地位，以及驅逐在朝鮮的外國人（除中國人以外）。
1893年4月，上萬名東學道徒在忠清道報恩郡舉行大規模集會，公開揭起“斥倭洋倡義”的大旗，後來被朝鮮政府以軟硬兼施的方式強制解散。一浪高過一浪的群體性事件表明大規模武裝起義的爆發已醞釀成熟了。全琫準認識到這種思想能發揮巨大的鼓動作用，便於1874年（一說1890年）拜見了東學道教主崔時亨，並成為東學道信徒。加入東學道後，全琫準通過大量發展東學道的道眾，四處宣傳東學道的教義，為發動起義做了準備，到1894年領導起義時，全琫準已是東學道在古阜郡的接主（首領）。
戰爭經過
起義爆發
在國內階級矛盾和朝鮮民族危機的雙重作用以及東學道的傳播和全琫準等仁人志士的積極推動下，在朝鮮國內，起義的爆發就像一個缺乏導火線的炸彈，一旦導火線具備了勢必引起劇烈的爆發，而朝鮮的全羅道地方政府壓榨百姓的行為就是甲午農民戰爭的導火線。
全羅道古阜郡守趙秉甲是個有名的貪官，自上任後巧取豪奪，農民對他恨之入骨，不滿與反抗的情緒瀰漫，隨著全羅道古阜郡1893年12月的萬石洑水稅事件發生，一場轟轟烈烈的農民起義爆發了。古阜郡是朝鮮的主要產米區，水利灌溉至關重要。朝鮮有一種特有的水利設施，以木石或土沙築成，用來截水灌溉農田，叫做“洑”。洑分國有和民有兩種。萬石洑是國有洑，農民從萬石洑引水澆地，要繳納一定的水稅。此項水稅收入，按慣例只用於洑的管理及其他有關事業，並不上繳國庫。
1892年趙秉甲上任後，徵發數萬農民在原有舊洑的基礎上毫無必要地另建一座新洑——八旺洑。完工後，趙秉甲不但增加水稅，還將水稅收入攫為己有。百姓不服，找他論理，趙秉甲閉門不見。百姓向全羅道觀察使金文鉉申述，反遭逮捕。百姓忍無可忍，便揭竿而起了。於是朝鮮甲午農民戰爭在全羅道古阜郡爆發了。
甲午農民戰爭1894年2月15日（農曆甲午年正月十日），經過五天的準備，古阜、泰仁上千名農民在當地東學道首領全琫準、崔景善、金道三、鄭益瑞等人的率領下，蜂擁向衙門衝去。群情激憤的人們高舉著鳥槍、長矛、大刀、鐵叉、鋤頭、木棍，有人把平時供在廳堂里的祖傳寶劍也拿了出來。趙秉甲聞訊，嚇得屁滾尿流，趕緊逃走。起義軍占領郡衙後，懲辦貪官污吏，燒毀地契、奴婢賣身契，釋放獄中百姓，打開倉庫，把非法強征來的水稅米退還給農民。但這次暴動之後十多天起義農民就作鳥獸散。之後的古阜郡守朴源明和政府派來處理“民亂”的按核使李容泰對待農民更加苛暴，“一郡居民，痛入骨髓” ，議政府給國王的報告中也稱自李容泰到任後，情況不但沒有好轉，而且”亂民情跡，去益叵測矣”。 於是全琫準等人又於1894年4月25日（陰曆三月二十日）率領農民起義，占領白山，以其為大本營。起義軍搗毀官衙，開倉濟民，並於4月30日（陰曆三月二十五日）在白山舉行大會，提出了“弗殺人，弗傷物”、“忠孝雙全，濟世安民”、“逐滅倭夷，澄清聖道”、“驅兵入京，盡滅權貴”等四大綱領，還在檄文中表示要“拯百姓於塗炭，奠國基於磐石；內斬貪虐之官吏，外逐橫暴之強敵”，史稱“白山倡義”。 東學起義軍的主張贏得百姓們的支持，沿途參加東學軍的農民越來越多，起義隊伍很快發展到13000多人，武器也大有改善。不久，全琫準被推舉為總大將，自稱“綠豆將軍”，金德明為軍師，兩個大將孫華仲與金開南各領一軍，兵鋒直指全羅道首府全州。
東學軍紀律異常嚴明，規定不準吸菸，不得姦淫婦女，不能損壞農田，違者嚴厲懲處，對於兩班、吏胥、地主、土豪則十分嚴厲。當時日本東京《國民新聞》的報導中曾援引旅朝日本人的這樣一段話：“東學黨軍紀律之嚴正，實在令人佩服而外，無話可說。如有一個兵士奪了良民的財產或姦淫了婦女，立即捕來，當眾數說他的罪惡，處以死刑，警戒全軍。所以隊伍經常齊整，服從命令。猶如我所說的聽來或似過譽，實際情形確是如此。地方人民一則（對官軍）畏如蛇蠍，一則（對義軍）愛如父母，其間相去實如天淵。” 一位對東學軍持敵意的文人寫道：“賊（指東學軍）所至，毀廨宇、燒文簿、劫軍器、掠官財。守宰雖見獲，不輒殺，而拘鎖戮辱之。亦不殺吏胥，而施棍杖、周牢、股釵之刑。民間則索飯、索草鞋而已，不掠婦女財物，從者日眾。” 可見東學軍的軍紀確實非常嚴明。
1894年5月7日，全羅道觀察使金文鉉派250名全羅監營兵和1000多名僱傭的褓負商進攻白山，企圖將起義扼殺在搖籃中。東學軍在全琫準的指揮下成功擊退了官軍，迫使其退守全州城。
發展與高潮
不久，官軍被東學軍打敗的訊息傳到漢城，朝鮮統治者驚恐萬狀，一來是因為全羅道首府全州號稱“三南重鎮”，地理位置極為重要，二來是全州供奉有朝鮮太祖李成桂的祖廟慶基殿。朝鮮國王李熙（朝鮮高宗）急派壯衛營正領官洪啟薰為兩湖招討使，率800名京軍攜槍炮彈藥乘坐清朝北洋水師的平遠艦和朝鮮的蒼龍、漢陽兩火輪從海路開赴全州，又命200名京軍自漢城由陸路開赴全州。當時，北洋海軍的平遠艦正停泊仁川港，朝鮮政府向袁世凱交涉借用此艦，得到允許。5月8日，洪啟薰乘平遠艦自仁川出港，前忠清道報恩縣縣令李圭白為從事官。兵員、野炮兩門、機械及彈藥400箱，皆分載於平遠艦及蒼龍、漢陽兩火輪上。 10日，洪啟薰從群山浦上岸，19日，抵全州，會合由陸路開來的京軍，再加以全州監營新募的軍隊，即向南進發。
先是，金文鉉見大批京軍來援，以為東學軍即將崩潰，便搶先發動進攻，卻沒占什麼便宜。1894年5月10日拂曉，東學軍趁天還未亮，便在黃土峴組織一場襲擊，官軍大敗，死傷800餘人，領兵官李璟鎬被擊斃。東學軍在黃土峴戰鬥中繳獲槍枝600多桿，武器裝備得到改善，士氣也大大提高。
甲午農民戰爭第一階段形勢圖洪啟薰在南下途中先向東學軍發出招降書，威脅利誘。但全琫準不但拒絕投降，還率軍偷襲靈光縣，生擒守城軍官黃萬基。洪啟薰一看招降不成，決心用武力鎮壓。他的部隊經過了美國教官的訓練，是當時朝鮮唯一配備西方新式武器的軍隊。然而此時洪啟薰率領南下的800名京軍，一路上士氣低落，軍心渙散，開小差不斷，到1894年5月19日抵達全州城時，只剩下470餘人。洪啟薰感到東學軍聲勢浩大，便密奏國王，建議借外國兵鎮壓。朝鮮高宗害怕引狼入室，不敢輕易借兵，只派黃憲周督帶300名壯衛營士兵與200名江華火槍兵支援。援兵還未到達，兩軍已在長城郡月坪洞交火了。原來洪啟薰到達全州後，全琫準採取避實就虛的戰術，不與官軍正面交鋒，拖著官軍從靈光到興德，從興德到鹹平，然後轉進長城郡。東學軍在城南月坪洞紮營。官軍長途追擊，疲於奔命，士氣更為低落。
1894年5月27日，洪啟薰率軍追至月坪洞，只見叢林密布，鬱鬱蔥蔥。洪啟薰害怕埋伏，便先派小部隊試探虛實，自己躲在後面觀察動靜。官軍哆哆嗦嗦地走進樹林，只聽喊殺聲起，嚇得回頭就跑。洪啟薰一看，從林中衝出的東學軍老的老、小的小，大多拿著大刀、長矛。他頓時壯起膽來，跳起來大叫：“衝上去！”官軍無奈，只得掉頭衝鋒。東學軍卻仿佛不堪一擊，紛紛逃散。這一下洪啟薰意氣風發，指揮官軍全力追擊。不料，洪啟薰中了計。原來全琫準早已知道官軍武器精良的優勢，便決定將主力部隊埋伏在黃龍江一帶，另派小股軍隊誘敵深入。官軍追入樹林後，行至黃龍村，無數埋伏已久的東學軍從四面八方沖了出來，頓時殺聲震天。官軍猝不及防，大敗而逃，武器扔得滿地都是。官軍傷亡200餘名，洪啟薰抱頭鼠竄。長城郡會戰，東學軍大獲全勝。
東學軍乘勝進軍全羅道首府——全州城。5月31日，東學軍占領完山，逼近全州，以繳獲的野炮向全州城內轟擊。此時，全州的軍隊全部被洪啟薰調走，城內無兵駐守。觀察使金文鉉棄城而逃。6月1日（陰曆四月二十八日）全琫準率軍入城，沒收官衙及土豪財富分給貧民，並嚴禁傷害百姓，受到百姓的熱烈歡迎。當時一名叫金允植的政府官員曾這樣記述東學軍的軍紀：“每於對敵之時，兵不血刃而勝，首功；雖不得以而戰，切勿傷命為貴。每於行陣所過之處，勿害人物，孝悌忠信之人所居之村，十里內勿為屯住。” 全琫準占領全州後，忠清道和慶尚道的東學道徒群起回響，東學軍控制了朝鮮南部三道。不久全朝鮮各地的東學道徒和農民也紛紛揭竿而起，東學軍規模空前盛大，已席捲了朝鮮全國五分之三的土地、擁有十多萬武裝力量了。
全州媾和
全州媾和後執綱所情景圖東學軍占領全州後，洪啟薰曾多次猛烈炮擊全州城，東學軍雖然遭到嚴重損失，但也抵擋了官軍的攻擊，戰事陷入膠著狀態。面對聲勢浩大的農民起義，朝鮮政府無力鎮壓。根據兵曹判書閔泳駿的建議，國王高宗一面急忙向宗主國清朝求援，於是清政府派遣葉志超和聶士成率2000將士於1894年6月8日左右陸續在忠清道牙山登入，準備鎮壓東學黨起義；一面將金文鉉、趙秉甲、李容泰等人革職查辦，任命嚴世永為三南廉察使，金鶴鎮為全羅道觀察使，向東學軍求和。
東學軍領袖全琫準等人鑒於繼續對抗會引起外國武裝干涉，便放棄了“驅兵入京”的計畫，同意和朝鮮政府談判，“相議官民相和之策”。 嚴世永、洪啟薰等人被迫答應東學軍提出的12條改革方案，其中包括嚴懲貪婪暴虐的官吏、兩班和富豪，取消封建等級制度，廢除苛捐雜稅和公私債務，廢除奴婢和賤民制度，嚴懲私通日本者，平均分配土地等，史稱全州和議。 同時，政府還“許置執綱於各郡”。 6月11日，東學軍撤出全州。東學軍在其控制區內的53個郡縣建立 執綱所，作為自己的政權機構，以貫徹執行全州和議的12項改革方案，管理當地一切事務。史載“ 於是東徒割據各邑，設執綱所於公廨，置書記、省察、執事、童蒙之名色，宛成一官廳，日以討索民財為事。所謂邑宰只有名位，不得行政，甚者逐送邑宰”。 全州和議達成標誌著甲午農民戰爭第一階段結束。
再起與失敗
日本政府早就密切注視朝鮮局勢的發展，等待出兵朝鮮的時機，然後製造挑起中日戰端的藉口。如今，這樣的時機終於來到了。在全州和議達成後，日本右翼間諜組織“天佑俠”便潛入東學軍內部，藉此刺探情報，鼓動東學黨再次起義，以挑動中日衝突，不過沒有得逞。而在清政府出兵朝鮮鎮壓東學黨起義的同時，一萬多名日軍以保護僑民和使館為藉口不請自來，陸續從仁川港登入。1894年7月23日，日軍突襲漢城王宮，挾持高宗和閔妃，扶植了以興宣大院君為首的親日傀儡政府；7月25日，日本未經宣戰就突然襲擊豐島海面的清軍運兵船，挑起了甲午中日戰爭。9月底，清軍退回鴨綠江，日本完全控制了朝鮮。
面對日本人粗暴干涉朝鮮內政，各地東學軍開始躍躍欲試，試圖重新起義。1894年10月8日（陰曆九月十日），全琫準將10萬名東學軍集結在參禮驛再次起義，史稱“參禮起包”。東學軍的再起首先是由於日本對朝鮮的侵略，全琫準被捕後日本領事內田定槌問他：“更起包何故？”全琫準回答：“其後聞則貴國稱以開化，自初無一言半辭傳布民間，且無檄書，率兵入都城，夜半擊破王宮，驚動主上雲。故草野士民等忠君愛國之心，不勝慷慨，糾合義旅，與日人接戰。” 後來又問：“然則日兵與各國人留住京城者欲盡驅逐耶？”全琫準回答：“不然。各國人但通商而已，日人則率兵留陣京城，故疑訝侵掠我國境土也。” 可見東學黨第二次起義的矛頭直指日本。除此之外，東學軍的再起與當時朝鮮的執政者興宣大院君密切相關，他不甘心做日本的傀儡，表面上以“汝等若幡然感悟，釋兵歸田，斷無一毫加罪之理……如或不遵告戒，恣行犯法，蜂聚蟻屯，觀望不解，是自取大禍” 等言辭曉諭東學黨解散，而暗中在9月下旬命三南招募使李建永向東學黨傳達其密旨稱：“方今倭寇犯闕，禍及宗社，命在朝夕，事機到此，爾若不來，迫頭禍患是若奈何？”要求其立刻起兵，驅逐日本人及親日派。 全琫準透過姻親宋喜玉等了解大院君的想法，曾將該密旨輪示部下，並附上“自大內有密教，送招募使李建永到此邊同義。而此說泄於倭，則禍及玉體，慎之，秘密”的一行字。 此外大院君還曾派密使鄭寅德、朴東鎮、朴世綱等人在東學軍各部中活動，大院君及其黨羽相信“東學以上奉國太公（大院君）之說倡起者也，若使揮動幾十萬眾，卷土而來，真所謂人眾勝天。日兵雖動，亦無奈何也” ，因此東學軍的再起與大院君不無關係。
“參禮起包”後，全琫準打出“輔國安民”的旗號，決定興師北上，直搗漢城，推翻親日傀儡政府，驅逐日本侵略者。甲午農民戰爭進入第二階段。1894年10月15日，全琫準首戰告捷，攻占忠清道論山，並在這裡用諺文傳檄四方。然而就在此時，東學道上層領導集團發生分裂，其中以東學道教主崔時亨為首的“北接”系便說全琫準等“南接”人士“借道釀亂”，指責他們是“國家之罪人，師門之逆賊” ，在東學軍中散布投降主義和不抵抗思想，對東學軍產生了非常消極的影響。經過全琫準與崔時亨等人的談判，南接和北接終於達成一致舉兵的意見。直到11月18日，東學軍才正式開始北進漢城的軍事行動。
全琫準等起義領袖被朝鮮政府梟首示眾鎮壓東學軍本來就是日本出兵朝鮮的目標之一。日本駐朝公使井上馨在11月10日的報告中說：“東學黨曾切斷我軍用電線，襲擊兵站部，並虐殺了商人和人夫等”，而且“朝鮮兵究竟是無用之物……遇賊後反而逃走，不能起任何作用” ，因此日本決定出兵剿滅東學軍。此時日軍已攻入中國遼東半島，清軍節節敗退，11月22日，日軍攻破要塞旅順，便可騰出手來鎮壓東學軍。日本派後備步兵獨立第十九大隊長南小四郎少佐率領1000名士兵（一個大隊）前往鎮壓起義，朝鮮政府也起用申正熙為兩湖巡撫使，率李斗璜、成夏泳等部共3200名官軍配合日軍圍剿東學軍。11月底到12月初，十萬東學軍與日軍和官軍在忠清道首府公州激戰6天6夜，日軍和官軍擁有裝備和訓練上的絕對優勢，東學軍則人數眾多，戰鬥勇敢，因此公州會戰異常激烈。儘管東學軍在利仁驛等地挫敗了日軍和官軍的一些進攻，但雙方實力懸殊，未能攻下公州。在1894年12月5日的牛金峙戰役中，日軍憑藉機關槍等優勢武器打敗東學軍。東學軍損失大半，向南撤退。全羅道各地的官僚地主紛紛組成“民包軍”、“守城軍”，與日軍和官軍合力圍殲東學軍。與此同時，黃海道和忠清道的東學軍也相繼失敗和解散。
1894年12月28日，全琫準在全羅道淳昌為叛徒金敬天出賣而被俘，被押解到漢城受訊。他面對日本人和朝鮮官吏的威逼利誘，寧死不屈，公然在法庭上控訴日本暴行，終於在1895年4月23日與孫華仲、金德明、崔景善、成斗漢等農民領袖一起英勇就義。轟轟烈烈的甲午農民戰爭也在朝鮮內外反動勢力的猛撲下失敗了。
甲午農民戰爭後，東學道徒遭到大規模的屠殺和迫害，據估計有30—40萬起義者及其眷屬被朝鮮統治者和日本軍殺害。 其中日軍大本營在1894年10月27日下達了對東學黨“無條件殺戮”的命令，不僅是起義者，只要是遇見持有東學經傳或名帖的人就將其殺害，至少有5萬人被日軍以“討平東徒”為名而被屠殺。 其後東學道殘餘勢力發生分化，李容九等起義者放棄了“斥倭斥洋”的理念，轉而與日本人妥協，甚至成立了臭名昭著的“一進會”，徹底投靠日本。更多的東學軍繼續加入義兵運動及其他反日運動，為國家獨立與日本長期進行艱苦卓絕的鬥爭。
影響意義
朝鮮甲午農民戰爭是在東學道宗教旗幟下進行的反帝反封建的農民起義。它是朝鮮半島歷史上規模最大的一次農民戰爭，揭開了朝鮮民族民主革命的序幕。甲午農民戰爭沉重打擊了朝鮮王朝的封建統治，加速其滅亡；這次起義將“逐滅倭夷”作為綱領之一，因此是朝鮮歷史上第一次大規模反抗外來侵略者的民眾運動，促進了朝鮮民族意識的覺醒。之後不少在朝鮮近現代史上叱吒風雲的人物，如孫秉熙、金九等，都參與過這次愛國運動。
矗立在韓國牛金峙的東學革命軍慰靈塔這次農民起義爆發的根本原因與歷史上歷次農民起義相同，都是因為地主階級和農民階級的階級矛盾的激化而引起的。但由於農民階級的局限性，東學軍在戰略上孤立、分散，在思想上、行動上的猶豫、散漫，導致多次貽誤戰機；東學軍一直依賴宗教的外衣，不停地念誦十三字咒語“侍天主造化定、永世不忘萬事知”以祈求天助，甚至相信貼上符咒便可以刀槍不入；全琫準雖然提出了“盡滅權貴”的口號，矛頭卻並未直指朝鮮王朝的最高統治者和封建專制制度，還在檄文中稱：“我聖上仁孝慈愛，神明聖睿”，並對國王生父興宣大院君抱有幻想，而將所有責任歸咎於外戚奸臣、貪官污吏；雖然要求“土地平均分作”，但從未提出明確的土地改革綱領，在其實踐中最多只是革除苛捐雜稅而已；大量動機不純的兩班和儒生加入起義隊伍，使之魚龍混雜，並且最先投降官軍，配合其鎮壓起義；東學道教義雖然與儒學相悖，但其核心思想並未脫離儒家思想的忠孝觀念；其綱領也帶有籠統排外的色彩。這些都是甲午農民戰爭的失敗原因和舊式農民戰爭的屬性的體現。
但是甲午農民戰爭也不是全然的舊式農民戰爭，在資本全球擴張的時代，它也同時帶有了鮮明的時代特徵，在帝國主義的瓜分侵略下，嚴重的民族危機是加速這次農民戰爭爆發的重要因素。由於這次農民起義的爆發摻雜了新舊農民戰爭的不同因素，它的影響和作用也就具有兩方面：一方面沉重打擊了封建國家的統治，另一方面也間接打擊了帝國主義在朝鮮的勢力。這次農民戰爭與越南黃花探領導的農民游擊戰爭及中國的義和團運動，構成了19 世紀末20 世紀初亞洲各國人民反帝反封建鬥爭的主要內容。
歷史評價
在當時，朝鮮封建地主階級將東學軍視作歷史上的黃巾軍、白蓮教等“異端”，蔑稱為“東徒”、“東匪”，稱這次起義為“東學亂”、“東學黨之亂”，清朝和日本的官方檔案也沿襲這一說法。但隨著時間的推移，這次起義的光輝與進步的歷史意義逐漸為人們承認，所以現今朝鮮和日本稱這次起義為 甲午農民戰爭（갑오농민전쟁），韓國稱這次起義為 東學農民運動（동학농민운동）或 東學革命（동학혁명），中國則多稱為 東學黨起義。甲午農民戰爭所也因其體現的反帝反封建的愛國主義精神而受到朝鮮半島人民的永久稱頌與紀念。
甲午農民戰爭爆發110周年之際，即2004年2月，韓國國會通過了《東學農民革命參與者名譽恢復特別法》，並專門成立了“東學農民革命參與者名譽恢複審議委員會”，隸屬國務總理，下設“登錄審查”、“名譽恢復推進”和“紀念產業”等三個事務課，正式為東學軍的領導者和參與者恢復了名譽，並由國家出面將甲午農民戰爭發揚光大。
韓國國史教科書直到1965年仍將甲午農民戰爭稱為“東學亂”，但1970年後就改以“東學農民運動”或“東學革命” ，並在其歷史教科書中用大量篇幅加以敘述。一些歷史學家對此表示批評，指出現行教科書“給人一種韓國近代史仿佛以東學運動為中心展開的印象”，認為“在‘民族’和‘民眾’的名義下灌輸特定觀念，教導對亡國的自我陶醉合理化，這樣的歷史教育只能使正在成長的一代變成‘瞎眼的世界人’。”
