採集
收藏在密封容器中的各類植物種“中國西南野生生物種質資源庫”（以下簡稱“種質資源庫”）從野外採集來的種子，需要儘快地運送到庫里，在乾燥的過程中清理枝條、果皮等雜物，除去空癟的種子，最後留下成熟健康飽滿的種子。這裡有種質保藏中心的專業管理人員，他們的工作是挑選出高質量的種子，與此同時，還需要核查到達庫里的種子、憑證標本和採集數據表，做到一一對應。
目前（2010年2月），種子庫已經收集保存各類野生生物種質資源8444種，共74641份，其中種子4781種，31199份。種子庫冷庫的設計總容量約為17萬份，項目計畫在十五年內達到1萬種，10萬份。
雖然昆明種質資源庫名字里有“西南”二字，但實際上，種質資源庫收集的範圍甚廣，除了西南地區和青藏高原這兩大生物多樣性極為豐富的地區，種質資源還來自全國其它地區；中國50個高校、科研機構等，都是他們合作採集的夥伴。合作採集的雙方會簽訂契約任務書並確定採集指南，昆明種質資源庫還會對採集人員進行採集技術培訓，確保高質量的採集。
保存
科研人員進行植物種子活性試驗一般來說，一份種子保存2萬粒是最理想的，但具體採集數量根據具體情況而定，對於珍惜瀕危植物，數量會小很多。並且，採集員採集的種子數量原則上不能超過在野外可以獲得總數量的20%，以不破壞其在自然中的生存。除去種子的採集和清理，種子的保存之道，是種子庫的精髓所在。
對於野外收集來的植物種子，要保持它的活力，需要在乾燥間進行乾燥。種子庫的乾燥間採用了國際常規種子庫的“雙15”環境（溫度15攝氏度，空氣相對濕度是15%）標準。乾燥過後的種子，裝入密封容器內，送進零下20度的冷庫。據悉，種子庫的密封容器，對種子的保存起到至關重要的作用。挪威赫赫有名的“世界末日”種子庫使用的，是一種名叫“勞斯萊斯種子庫袋”，這種由特殊金屬箔片和其他先進材料製成的特殊袋子，可以讓種子在乾燥和冷凍狀態下長久保存。即便種子庫製冷系統失效，這種袋子仍能確保種子的貯存溫度保持較低的水平。
這裡的冷庫採用“雙迴路”供電，起到雙保險的作用，種子的活力在這種環境下，得以長久保持。萬一一個迴路斷電了，還有另一迴路可以供電。即便兩個迴路都斷電，還設計有一個備用柴油發電機可以供電。就算是停止供電，地下室採用的保溫牆體也能起到長時間維持溫度的作用。
作用
在中國，農作物以外的植物種子保護工作尚在起步階段。而昆明種子庫內保存的種子，都是野生植物種子。目前（2010年2月），有關種子庫種子的利用，除了向國內科研機構免費提供作為實驗材料外，對於可能產生經濟價值的用途，國家還沒有明確的規範。
據負責人楊湘雲介紹說，野生植物，或許能在“2012”來臨之時 成為人類的救世主。在她看中，保存野生植物的種子潛力十足，而昆明種子庫的建成，使得開發野生植物種子的潛力，變得更有可能。野生植物種子一是可以用來進行科學研究，發掘野生植物不為人熟知的作用。比如說有些野生植物具有抗癌的作用，有些甚至可能可以治療愛滋病，二來，萬一現有農作物因為氣候變化等因素喪失生存條件，就可以選出與之相似的野生植物的基因，然後培育新的品種。
北京師範大學生命科學院教授周雲龍曾表示，由於人們對有價值的物種進行大規模地毀滅性開發以及受環境污染、氣候變化等因素的影響，中國現在每年有300多種自然物種趨於瀕危乃至消失。尤為嚴重的是，一種植物的消失，往往會導致另外10至30種生物的生存危機。
