內容簡介
翻開《生物信息學與功能基因組學》，您將會情不自禁地沉浸於其中……《生物信息學與功能基因組學》內容全面，很好地將生物信息學與功能基因組學的理論和實踐套用結合起來，非常重視生物信息學的具體套用技巧。另外，《生物信息學與功能基因組學》還具有如下特色：作者權威。《生物信息學與功能基因組學》作者是霍普金斯醫學院教授，在國際上有很高的聲譽和權威性。實踐性強。每一章都有問題集、與生物信息學有關的web操作訓練以及相應的web連結，還列出了可以免費獲取的生物信息學軟體和作者推薦的讀物。範例典型。
編輯推薦
《生物信息學與功能基因組學》從頭到尾都用一個基因和它的蛋白產物作為例子進行講解。這個蛋白是視黃醇結合蛋白(retinol-binding protein，RBP)。圖文並茂。《生物信息學與功能基因組學》在論述的同時配以大量的圖片，直觀、形象、通俗易懂。
作者簡介
作者：(美)喬納森·佩夫斯納 譯者：孫之榮
目錄
第1篇 資料庫中的DNA、RNA和蛋白質序列的分析
第1章 緒言
1.1本書的結構
1.2生物信息學：藍圖
1.3一個貫穿本書的例子：視黃醇結合蛋白
1.4章節的組織
1.5對學生和教師的建議：Web練習和找基因
1.6重要的生物信息學網址
1.7推薦讀物
參考文獻
第2章 獲取序列數據和文獻信息
2.1生物學資料庫介紹
2.2GenBank：收錄幾乎所有已知的核酸和蛋白質序列的資料庫
2.2.1序列數據的總量
2.2.2GenBank中的物種數
2.2.3GenBank存儲的數據類型
2.2.5序列標籤位點(STS)
2.2.6基因組測序序列 (GSSs)
2.2.7高通量基因組序列 (HTGS)
2.3美國國家生物技術信息中心 (NCBI)
2.3.1NCBI的介紹：NCBI的主頁
2.3.2索引號碼：識別序列的標籤
2.3.3五種獲取DNA和蛋白質序列的方法
2.3.4如何進入序列數據的例子：HIV pol
2.3.5獲取生物醫學文獻
2.4展望
2.5常見問題
2.6網路資源
2.7討論題
2.8習題
2.9自測題
2.10推薦讀物
參考文獻
第3章 雙序列比對
3.1引言
3.1.1蛋白質比對：通常比DNA比對具有更豐富的信息
3.1.2同源性、相似性、一致性的概念
3.1.3間隙
3.1.4雙序列比對、同源和生命的進化
3.2Dayhoff模型：可接受點突變
3.2.1PAM1矩陣
3.2.2PAM250和其他PAM矩陣
3.2.3從突變機率矩陣到對數比值打分矩陣
3.2.4雙序列比對中PAM矩陣的實際有用性
3.2.5PAM矩陣的重要替代者：BLOSUM打分矩陣
3.2.6雙序列比對和檢測限度
3.3比對算法：全局和局部
3.3.1全局序列比對：Needleman?Wunsch算法
3.3.2局部序列比對：Smith?Waterman算法
3.3.3Smith?Waterman算法的快速、啟發式版本：FASTA和BLAST
3.3.4局部比對搜尋工具 (BLAST)
3.4雙序列比對的顯著性：一致性百分比
3.4.1雙序列比對統計顯著性檢驗
3.4.2全局比對的統計顯著性
3.4.3局部比對的統計顯著性
3.5展望
3.6常見問題
3.7網路資源
3.8問題討論
3.9問題
3.10自測題
3.11推薦讀物
參考文獻
第4章 局部比對搜尋基本工具BLAST
4.1引言
4.2BLAST搜尋步驟
4.2.1步驟1：選定感興趣的序列
4.2.2步驟2：選擇BLAST程式
4.2.3步驟3：選擇資料庫
4.2.4步驟4：選擇參數
4.3BLAST算法使用局部比對搜尋的策略
4.3.1BLAST算法組成部分：列表、掃描、延伸
4.3.2BLAST算法：局部比對搜尋的統計學和 E值
4.3.3用比特分數來說明原始分數的意義
4.3.4BLAST算法：E值與 P值間的關係
4.3.5BLAST中的空位比對
4.3.6將BLAST搜尋進行到底
4.4BLAST搜尋的一些策略
4.4.1一般性概念
4.4.2BLAST搜尋的原則
4.5多結構域蛋白 (HIV?1 pol) 的BLAST檢索
4.6BLAST檢索脂質運載蛋白：改變打分矩陣的作用
.........
第18章 人類疾病
18.1人類遺傳疾病：DNA變異的結果
18.2人類疾病的生物信息學展望
18.3Garrod對疾病的觀點
18.4疾病的種類
18.5疾病的分類
18.6單基因疾病
18.6.1OMIM：有關人類疾病的重要生物信息學資源
18.6.2其他重要的人類疾病資料庫
18.6.3突變資料庫
18.6.4單核苷酸多態性(SNPs)與疾病
18.7複雜疾病
18.8疾病中染色體異常性分析
18.9在模式生物中研究和尋找人類疾病基因
18.10人類疾病研究組織
18.11疾病基因的功能分類
18.12展望
18.13常見問題
18.14網路資源
18.15問題討論
18.16問題
18.17自測題
18.18推薦讀物
參考文獻
後記
參考文獻
附錄GCG軟體包：用於蛋白和DNA分析
術語表
自測題答案
