定義
生態系統管理是在對生態系統組成、結構和功能過程加以充分理解的基礎上，制定適應性的管理（Adaptive management）策略，以恢復或維持生態系統整體性和可持續性。顧名思義，生態系統管理是屬於學科交叉的研究領域。它包括生態系統和管理兩個重要概念的集合。一方面，生態系統管理必須要有明確的目標，它是由決策者最後確定的，但同時又具有可適應性，即可以根據實際情況進行修改。這是指如何決策方面。另一方面，生態系統管理是通過制定政策、簽訂種種協定和具體的實踐活動而實施的。這是指如何管理方面。
生態系統管理的基礎是要求人類對於生態系統中各成分間的相互作用和各種生態過程有最好的理解。這就是說，只有充分地了解生態系統的結構和功能，包括種種生態過程，並根據這些規律性和社會情況來制定政策法令和選擇各種措施，才能把生態系統管理好。
不同機構與學者對生態系統管理的定義：
⑴美國政府機構
美國林業局
（1992～1994） 生態系統管理是一種基於生態系統知識的管理和評價方法，這種方法將生態系統結構、功能和過程，社會和經濟目標的可持續性融合在一起（Unger,1994）
美國內務部和土地管理局（1993） 生態系統管理要求考慮總體環境過程，利用生態學、社會學和管理學原理來管理生態系統的生產、恢復或維持生態系統整體性和長期性的功益和價值；它將人類、社會需求、經濟需求整合到生態系統中（USDOIBLM,1993）
美國EPA
（1995） 生態系統管理是指恢復和維持生態系統的健康、可持續性和生物多樣性，同時支撐可持續的經濟和社會（Lackey,1998）
⑵專業團體
美國森林學會（Society of American Foresters，SAF) 生態系統管理關注生態系統的狀態，目的在於保持土地生產力、基因保護、生物多樣性、景觀格局和生態過程的組合（SAF Task Force,1992）
美國生態學會（Ecological Society of America，ESA) 生態系統管理有明確的管理目標，並執行一定的政策和規劃，基於實踐和研究並根據實際情況作調整，基於對生態系統作用和過程的最佳理解，管理過程必須維持生態系統組成、結構和功能的可持續性（Christensen,1996）
美國東部森林健康評估研究組 對生態系統的社會價值、期望值、生態潛力和經濟的最佳整合性管理（李春英 等，2003）
⑶研究人員
Agee & Johnson （1988） 生態系統管理涉及到調控生態系統內部結構和功能，輸入和輸出，並獲得社會渴望的條件
Overbay （1992） 利用生態學、經濟學、社會學和管理學原理仔細地和專業地管理生態系統的生產、恢復，或長期維持生態系統的整體性和理想的條件、利用、產品、價值和服務
Goldstein （1992） 生態系統管理強調生態系統的自然流（如能流、物流等）、結構和循環，在這一過程中要摒棄傳統的保護單一元素（如某一種群或某一類生態系統）的方法
Wood （1994） 綜合利用生態學、經濟學和社會學原理管理生物學和物理學系統，以保證生態系統的可持續性、自然界多樣性和景觀的生產力
Grumbine （1994） 保護當地（頂極）生態系統長期的整體性，這種管理以頂極生態系統為主，要維持生態系統結構、功能的長期穩定性
Christensen（1996） 集中在根本功能複雜性和多重相互作用的管理，強調諸如集水區等大尺度的管理單位，熟悉生態系統過程動態的重要性或認識生態過程的尺度和土地管理價值取向間的不相稱性
Boyce & Haney （1997） 對生態系統合理經營管理以確保其持續性，生態持續性是指維持生態系統的長期發展趨勢或過程，並避免損害或衰退
Dale et al （1999） 生態系統管理是考慮了組成生態系統的所有生物體及生態過程、並基於對生態系統的最佳理解的土地利用決策和土地管理實踐過程，包括維持生態系統結構、功能的可持續性，認識生態系統的時空動態，生態系統功能依賴於生態系統的結構和多樣性，土地利用決策必須考慮整個生態系統
Maltby （1999） 生態系統管理是一種物理、化學和生物過程的控制，它們將生物體及其非生命環境及人類活動的調節連線在一起，以創造一個理想的生態系統狀態
特徵
⑴承認生態系統健康的重要性，包括：
①注重生態系統整體性；
②生態系統保護；
③明確關鍵生境和其他生境的關係；
④恢復受損生態系統。
⑵維持和促進生物多樣性，包括：
①可能條件下有利於地方或原生物種；
②重視與原始林（oldgrowth）有相似結構的老齡林（old forests）。
⑶更寬的空間尺度，包括：
①注重景觀水平的趨勢和條件；
②避免破碎化；
③保護管理活動周邊的水系。
⑷強調可持續，包括：
①更長的時間尺度；
②問題解決的整體性協調；
③考慮到後代的需求；
④協調政治、法規、文化等。
⑸人類範疇的合法性，包括：
①接受生產物質和非物質產品同樣重要的概念；
②利益與花費分擔的公平性；
③保護和促進自然資源的精神與美學範疇；
④同時接受與自然資源有關的責任和權利；
⑤承認一些人類社區依賴於資源；
⑥承認生態系統生產的全部物質產品。
內涵
⑴吸收先進的生態學理論指導實踐.充分利用系統生態學、景觀生態學、保護生物學等的先進思想和方法，突出表現在：
①重視生態系統的動態特徵和不同尺度間的聯繫，進行生態系統管理研究，應當重視研究的合理邊界及合適的規模水平；
②確保森林生態系統完整性，即維持森林生態系統的格局和過程，保護生物多樣性；③認識生態系統的複雜性，以謙虛的態度向自然學習，仿效自然干擾機制.
⑵實現可持續性.生態系統管理把長期的可持續性作為管理的先決條件和最終目的.Frankl（1994）建議：生態系統管理是“……管理生態系統以確保其可持續性”，即生態系統管理的焦點在於持續地提供人類需要的生態系統產品和服務，而確保生態系統的結構和過程可持續是提供生態系統服務的基礎.可持續從生態學角度看，反映一個生態系統動態地維持其結構和功能的協調發展，保持較高的生產力和生物多樣性；從社會經濟方面看，體現為持續地滿足與森林相關的基本人類需要及較高水平的社會與文化需要.
⑶重視社會科學在森林經營中的套用.
①承認人類社會是生態系統的有機組成，人類是生態系統一部分，在其中扮演調控者的角色；
②生態系統管理要求生態學家、社會經濟學家、政府官員、資源管理者和公眾通力合作，整合各方面的信息，並處理社會關於森林的價值選擇問題，通過立法、政策等手段促進可持續目標的實現.
⑷進行適應性管理.所謂適應性管理，是將民主原則、科學分析、教育、法規學習結合起來，在不確定性的環境中可持續地管理資源的過程（Holling,978; Lee,1993），它包括連續的調查、規劃、實施、評估、調控等一系列行動.由於生態系統具有動態特徵和不確定性因素，必須通過生態學研究和生系統監測，在不斷反饋中深化對生態系統的認識，
並據此及時調整管理策略，以保證生態系統功能的實現，從而達到可持續.
基本原則
⒈整體性原則
⒉動態性原則
⒊再生性原則
⒋循環利用性原則
⒌平衡性原則
⒍多樣性原則
主要途徑與技術
1生態風險評估
2適度干擾與恢復重建
3清潔生產
4廢物資源化管理
5生態工業園區
6實施標準化環境管理系列標準
7大力開展生態工程和生態建設
8加強自然保護的管理和研究，建立各種類型自然保護區
9推廣3s技術（RS遙感GIS地理信息系統GPS全球定位系統）
10環境管理信息系統（EMIS)
生態治理舉例
對雲南元謀幹熱河谷退化生態系統進行治理,選擇羅望子作為治理該區退化坡地的主栽樹種,建設了羅望子林人工植被系統。通過對該系統相關林木的生長,土壤、大氣等生態因子大量觀測數據的比較分析表明:在元謀幹熱河谷區,選擇羅望子作為主栽樹種建設羅望子林人工植被系統治理退化坡地的生態效應明顯。主要表現為:
(1)土壤退化得到明顯控制(土壤物理性狀獲得改善,土壤肥力得到提高);
(2)水土流失程度減輕;
(3)乾熱氣候得以調節,風速有所降低;
(4)植物缺水程度減輕,能夠正常健康生長。
