發現
正模標本（編號MCN PV2355）是一個保存良好的部分身體骨骼。副模標本（編號MCN PV2356）則是一個接近完整的左後肢，關節仍呈連線狀態。這兩個化石都發現於巴西南里約格蘭德州，位於著名的Paleorrota地質公園內，都是在名為“Pr-Guaíba Project”的挖掘化石計畫而發現。在瓜巴龍被命名後，近年在Paleorrota地質公園的另一個挖掘地點，發現另外兩個標本。編號UFRGS PV0725T標本是一個身體骨骼，缺少頸部、一個前肢、兩個腳掌。編號MCN PV 10112標本仍位在石塊中，還沒有經過去除石塊的手續。這些化石都發現於Caturrita組地層的下部，地質年代相當於2億1650萬到2億1200萬年前，相當於三疊紀晚期的早諾利階。
近年新發現的編號UFRGS PV0725T標本，缺少大部分頸椎，但根據僅存的基部頸椎，顯示這個個體在死亡前，頸部是朝向左方彎曲的。而根據化石的其他部位，後肢捲曲於身體下方，前肢擺向身體側方，這個姿勢很類似現代鳥類。在發現這個化石以前，只有手盜龍類化石層發現這種鳥類睡眠姿勢。研究人員推測，瓜巴龍可能採取這種姿勢睡眠，以保持體溫，如同現代鳥類。
詞源
在1999年，阿根廷古生物學家約瑟·波拿巴（José Bonaparte）等人將正模標本、副模標本敘述、命名。模式種是坎德拉里瓜巴龍（Guaibasaurus candelariensis），屬名里的Guaíba，是南里約格蘭德州的地名，也是“Pr-Guaíba Project”挖掘計畫的名稱來源；種名則是以鄰近的Candelária市為名。
演化與分類關係
在1999年的命名研究里，約瑟·波拿巴等人提出瓜巴龍是個原始獸腳類恐龍，並歸類於獨自的瓜巴龍科。在2007年，約瑟·波拿巴等人發現農神龍非常類似瓜巴龍，而農神龍也生存於相近時代的巴西。約瑟·波拿巴等人將瓜巴龍、農神龍都歸類於瓜巴龍科，並將瓜巴龍科改歸類為原始蜥腳形亞目恐龍，或者與蜥腳形亞目、獸腳亞目的最近共同祖先是近親。約瑟·波拿巴等人也提出，瓜巴龍、農神龍的外形比較類似獸腳類恐龍，而較不類似蜥腳形恐龍。發現新化石後，近年研究多傾向於瓜巴龍科是群非常原始的蜥腳形類恐龍。但瓜巴龍本身的分類位置仍有爭議，有些研究認為是原始獸腳類恐龍，其他研究則認為是原始蜥腳形恐龍。
