主要職責：
負責環境保護方面的區劃、規劃編制和基礎能力建設。擬定環境功能區劃和環境保護規劃、投資、經費預決算、財務、國有資產管理、內部審計等方面的部門規章、制度，並監督執行。參與制定國民經濟與社會發展規劃和主體功能區規劃。組織編制綜合性環境功能區劃和環境保護規劃，審核專項環境功能區劃和環境保護規劃。組織實施環境保護目標責任制。組織審核城市總體規劃和其他部門規劃中的環境保護內容。負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排的意見，審批、申報國家規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目，並配合有關部門做好組織實施和監督工作。負責國家重大環境保護項目、能力建設項目、基本建設項目等的組織實施和監督管理工作。審核派出機構、直屬單位固定資產投資項目。組織實施國家環境監測網和全國環境信息網能力建設。組織協調相關固定資產投資項目竣工驗收。管理並監督基本建設、政府採購（招投標）工作。管理環保項目進出口減免稅工作。組織編報、審核匯總、批覆預決算。負責國庫集中支付、國有資產、住房制度改革等管理工作。承擔部機關財務管理、各項經費會計核算和資產管理工作。審核報批環境保護系統收費項目和標準。負責歸口聯繫西部開發、中部地區崛起、振興東北老工業基地、扶貧、治亂減負等工作。負責環境保護經濟體制改革工作。組織參與巨觀經濟形勢分析工作。組織編制利用外資計畫。負責績效考評和內部審計工作。
內設機構：
1、綜合處
承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；審核報批環境保護系統各類收費項目並監督執行；組織編制環境保護系統利用外資計畫；聯繫西部開發等專項相關工作；承擔環境保護經濟體制改革工作；組織參與巨觀經濟形勢分析工作。
2、規劃區劃處（簡稱規劃處）
參與制定國家主體功能區規劃；擬訂環境功能區劃、環境保護規劃方面的規章、制度，並監督執行；組織編制、評估、考核綜合性環境功能區劃和環境保護規劃；審核專項環境功能區劃和環境保護規劃；組織實施環境保護目標責任制。
3、預算處
擬訂預決算管理、經費管理等規章制度並監督執行；組織編報、審核匯總、批覆預決算；承擔各項經費使用的監督管理和績效考評工作；協調中央財政專項資金的申報審批工作；承擔國庫集中支付、銀行賬戶、非稅收入等管理工作。
4、投資處
提出和協調環境保護領域國家投資方向、規模和渠道；審批和申報國家規劃內相關項目及年度投資計畫；組織實施和監督管理國家重大環境保護項目、能力建設項目和基本建設項目；管理並監督政府採購工作。
5、財務處
擬訂部機關財務、資金管理內部控制、國有資產管理等規章、制度，並監督執行；承擔部機關財務、資產管理和各項經費的會計核算工作；承擔部機關、派出機構、直屬單位國有資產管理工作；承擔住房制度改革工作。
6、內部審計辦公室（簡稱內審室）
擬訂內部審計的規章、制度，並監督執行；聯繫審計署開展審計工作；承擔部機關及派出機構、直屬單位內部審計工作。
