2004年12月，新疆維吾爾自治區黨委、人民政府做出了在不涉及烏魯木齊市、昌吉州行政區劃調整的前提下，首先組建中共烏魯木齊昌吉黨委，簡稱烏昌黨委，但烏魯木齊市委還依然存在，昌吉州黨委也依然存在。烏昌黨委下設烏昌黨委秘書處，作為烏昌黨委的日常工作機構。
2006年、2007年烏魯木齊財政局和昌吉財政局合併成立了烏昌財政局。
2007年8月1日，昌吉回族自治州米泉市併入烏魯木齊市，撤銷米泉市和烏魯木齊市東山區，設立烏魯木齊市米東區。行政區劃調整以後，烏魯木齊市行政區域面積由10900.77平方公里增加到14216.3平方公里，昌吉回族自治州行政區域面積由76975.94平方千米減至73660.41平方千米。10月，烏魯木齊市政府決定將原東山區蘆草溝鄉的葛家溝村、石仁子溝村和澇壩溝村整建制劃歸水磨溝區管轄；水磨溝區面積增加了186平方千米。
2008年7月，烏魯木齊市和昌吉州的發展改革委員會、旅遊局、規劃局以及勞動和社會保障局、環保局等五個局全部合併。
同時，整個烏昌地區在通訊、交通、規劃等方面實現統一。一些條管單位（工商、稅務、銀行、土地等）也在合併之中，為烏昌一體化打下了堅實的組織基礎。
從2008年開始，在烏昌兩地已實行的財政預算單位的人員工資、公用經費標準及部分職工福利基本一致的基礎上，全面實現烏昌財政政策標準一致。從2009年預算年度開始，先在烏昌兩地直屬部門和預算單位中實現一致，2010年烏昌兩地各縣（市、區）全部實現一致。
2011年1月18日通過的《新疆維吾爾自治區國民經濟和社會發展第十二個五年規劃綱要》明確提出：烏昌都市區要積極推進烏魯木齊、昌吉、阜康、五家渠四市同城化發展，充分發揮其對全區新型城鎮化發展的帶動和輻射作用，把烏魯木齊建設成為中國西部中心城市、面向中亞西亞的現代化國際商貿中心、各民族和諧宜居城市、天山綠洲生態園林城市、西部綜合交通樞紐，引領新疆發展的繁榮之區、和諧之區、首善之區。
