一、定義
瀕危物種允許出口證明書（Export Permit for Endangered Wild Animals ），是指對納入《進出口野生動植物種商品目錄》管理範圍的野生動植物及其製品實施出口許可管理，國家瀕管辦及其授權辦事處簽發準予出口的許可證件。
瀕危物種允許出口證明書（以下簡稱“允許出口證明書”）包括“瀕危野生動植物種國際貿易公約允許出口證明書”（以下簡稱“出口公約證明書”，及“瀕危物種進出口管理辦公室野生動植物種允許出口證明書”（以下簡稱“出口非公約證明書”），監管證件代碼為“E”。
二、適用範圍
1．《進出口野生動植物種商品目錄》依據《野生動物保護法》、《野生植物保護條例》、《瀕危野生動植物種國際貿易公約》、《國家重點保護野生動物名錄》、《國家重點保護野生植物名錄》附錄所列物種，以及國務院野生動植物行政主管部門規定的有益的和有重要經濟、科學研究價值的野生動植物種的管理範圍制定。
2. 2010年納入《進出口野生動植物種商品目錄》（對應監管條件“E”）管理範圍的野生
動植物種，詳見國家瀕管辦、海關總署公告（2009年第3號）。
(1)《野生動物保護法》規定保護的野生動物是指珍貴、瀕危的陸生、水生野生動物和有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生野生動物。
(2)《野生植物保護條例》規定保護的野生植物是指原生地天然生長的珍貴植物和原生地天然生長並具有重要經濟、科學研究、文化價值的瀕危、稀有植物。
藥用野生植物和城市園林、自然保護區、風景名勝區內的野生植物的保護，同時適用有關法律、行政法規。
(3)珍貴動物是指列入《國家重點保護野生動物名錄》的國家一級、二級保護野生動物和列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄一、附錄二的野生動物，以及馴養繁殖的上述物種。
(4)珍稀植物是指列入《國家重點保護野生植物名錄》的國家一級、二級保護野生植物和列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄一、附錄二的野生植物，以及人工培植的列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄一、附錄二的植物。
(5)出口含有《進出口野生動植物種商品目錄》所列野生動植物成分的中成藥，《部分含野生動物藥材成分的中成藥名單》詳見《請協助做好含野生動物藥材成分中成藥出口管理工作的函》(林函護字[1990) 133號）附屬檔案。
(6)國家重點保護的和我國參加的國際公約限制出口的野生動物產品應包括其皮張、羽毛、掌骨、器官等。
(7)列入《進出口野生動植物種商品目錄》的動物及其產品，既包括野外來源的，也包括通過人工馴養或人工繁殖獲得的。列入《進出口野生動植物種商品目錄》屬於《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄的植物及其產品，既包括野生的，也包括人工培植的。
三、管理規定
1．自2008年8月1日起，對個人攜帶少量指定蘭花品種的人工培植活體標本從廣東境內口岸直接赴香港、澳門特別行政區實行標籤管理，攜帶人可持標籤按海關現行規定辦理海關手續，海關驗核標籤，按規定辦理通關手續。
2．以一般貿易、無償捐贈、免費提供、旅客攜帶、交換、郵寄及其他各種方式出口列入《進出口野生動植物種商品目錄》管理的野生動植物或其產品，屬於《瀕危野生動植物種國際貿易公約》規定的，海關驗核“出口公約證明書”副本，並按規定辦理通關手續，屬於我國規定的，驗核非公約證明書正本，“海關簽注”欄內註明實際出口數量、單位，加蓋“驗訖章”的公約證明書第三聯或“出口非公約證明書”第二聯交持證者返還簽證機關，並按規定辦理通關手續。
3．出口含野生動物藥材成分的中成藥，必須經當地省級野生動物行政主管部門同意，備函註明出口中成藥的品名、數量，所含野生動物藥材成分的名稱，該藥材成分所屬野生動物種類（中文名和拉丁學名）、動物來源、獲得時間等，報送國務院野生動物行政主管部門。經國務院野生動物行政主管部門或其授權的單位審查批准後，由國家瀕管辦或其授權的辦事處核發允許出口證明書。
4．出口珍稀野禽、野味（整體或分割部分）及觀賞野生動物（含標本），需經林業主管部門批准，由國家瀕管辦或其授權的辦事處核發“允許出口證明書”。
5．因科學研究、文化交流等需要出口國家珍貴樹種、樹苗（含根、莖、葉、花、果實、種子及其產品、製成品等），海關驗核“允許出口證明書”，並按規定辦理通關手續。
6．出口紅松子（仁）、松茸，嚴格按“允許出口證明書”規定的出口口岸辦理驗放手續。出口其他松子（仁）也實行允許出口證明書管理。
7．所有紅豆杉及其部分和產品（含紫杉醇）實行“允許出口證明書{管理。出口喜馬拉雅紅豆杉（亦稱雲南紅豆杉）及其部分和產品的（包括加工貿易方式），海關驗核公約證明書，並按規定辦理有關驗放手續；出口其他種紅豆杉及其部分和產品的（包括加工貿易方式），海關驗核”出口非公約證明書“，並按規定辦理有關驗放手續。
從保稅區、出口加工區、保稅倉庫、出口監管倉庫等海關特殊監管區域或保稅場所出境時，海關按本條第一款規定驗核“允許出口證明書”，並按規定辦理通關手續。
8．“允許出口證明書”有效期不能超過自簽發之日起的6個月。
9．“允許出口證明書”實行“一批一證”制度。
10.出口列入《進出口野生動植物種商品目錄》中適用允許出口證明書管理的《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄及國家重點保護野生動植物以外的其他列入《進出口野生動植物種商品目錄》的野生動植物及相關貨物或物品，適用“物種證明”管理。
(1)“物種證明”分為一次使用和多次使用兩種。
①一次使用的“物種證明”有效期自簽發之日起不得超過6個月；
②多次使用的“物種證明”只適用於同一物種同一貨物類型在同一報關口岸多次（進）出的野生動植物。多次使用的“物種證明”有效期截止至發證當年12月31日。
(2) 一次性使用的“物種證明”，海關應在正本“海關簽注”欄內簽注並隨報關單存檔。
多次使用的“物種證明”，海關驗核正本並將複印件隨報關單存檔。本年度最後一次使用時，經營者應將正本交由海關隨最後一份報關單存檔。
(3)被許可人必須按照“物種證明”規定的口岸、方式、時限、物種、數量和貨物類型等出口野生動植物，對於超越“物種證明”中任何一項許可範圍的申報行為，海關均不予受理。
(4)海關對經營者出口列入《進出口野生動植物種商品目錄》所列商品編碼的貨物或物品、對含野生動植物成分的紡織品是否瀕危野生動植物種提出疑問的，經營者應按海關的要求，向國家瀕管辦或其辦事處申辦“物種證明”，經營者未能出具“允許出口證明書”或“物種證明”的，海關不予辦理有關手續。
對進出境貨物或物品包裝或說明中標註含有商品目錄所列野生動植物成分的，經營者應主動、如實地向海關申報，海關按實際含有該野生動植物的商品進行監管。含野生動植物成分的紡織品也適用“物種證明”管理。
11．《進出口野生動植物種商品目錄》“監管條件”欄加有“☆”的商品編碼，應查閱說明欄目提示的附表。該商品目錄“物種歸類表”欄帶有“#”的，查閱對應的“注釋表”。
12．“允許出口證明書”在報關單“隨附單據”代碼欄填報監管證件代碼“E”，在編號欄填報相應的“允許出口證明書”證號。
13.凡出口列入《進出口野生動植物種商品目錄》的野生動植物及相關貨物或物品，海關必須驗核“允許出口證明書”或“物種證明”。國家瀕管辦及其辦事處出具給企業的“不予受理通知書”等類似材料僅供海關判斷出口商品是否屬於管制範圍參考之用，不作為海關驗放依據。
14.自2010年10月1日，“野生動植物允許進出口證明書”和“非《進出口野生動植物種商品目錄》物種證明”兩項行政許可證書的簽署人進行調整。自實施之日起，《關於變更野生動植物允許進出口證明書籤署人的通知》（瀕辦字〔2001〕70號），《政法司關於轉發國家瀕管辦〈管家瀕管辦關於變更證書籤署人的函〉的通知》（政法函〔2008〕21號）、《關於變更證書籤署人的函》（瀕辦字〔2008〕5號）等檔案及《關於更換野生動植物允許進出口證明書的通知》（瀕辦字〔2000〕20號）、《關於國家瀕管辦啟用行政許可專用章等有關事宜的通知》（瀕辦字〔2005〕85號）中有關簽署人名單及其簽字（簽章）樣式同時廢止。在10月1日前原瀕辦字〔2008〕5號）檔案所列、但現變更的簽署人已經簽發的“野生動植物允許進出口證明書”和“非《進出口野生動植物種商品目錄》物種證明”，在有效期內可繼續使用。
