醫院醫療用房自1998年就實現了中央空調和集中供氧、吸引。2005年9月啟用的新醫療大樓由國際著名的澳大利亞MSJ建築師事務所設計，為山東省衛生行業的標誌性建築和魯西南最大、功能最齊全、全方位體現人性化服務的醫療大樓。大樓建築面積為6.57萬平方米，配有中央空調、中心供氧、中心吸引、護士呼叫、影像傳輸、物流傳送、空氣淨化、消防自動報警、自動噴淋和智慧型化自動控制系統等，設備先進的手術室、重症監護室、血液淨化中心以及部分病房的層流淨化及設施均達到國內先進水平，體現了以人為本的設計理念，能充分滿足人民民眾門診就醫、住院醫療的需求。
醫院擁有德國SIEMENS公司產雙源CT一台、美國GE公司產64排128層高檔螺旋CT機、德國SIEMENS公司產雙排CT和臨床研究型雙螺旋CT機各一台，德國SIEMENS公司產Avanto 高檔1.5T磁共振、PHILIPS公司產FD20型大平板DSA、GE公司Innova心臟血管造影機和德國SIEMENS公司產dTA型大平板DSA各一台、美國瓦里安高能雙光子直線加速器、美國GE公司數字鉬銠雙靶乳腺機、美國數字彩色都卜勒超聲診斷儀14台、美國GE公司四維超聲機一台、聚焦超聲刀、多功能監護系統百餘台、德國西門子300呼吸機、Drager呼吸機、美國紐邦呼吸機、日本和德國人工腎機、LaRen手術顯微鏡、STOCKER Ⅲ型和SARNS 7000體外循環機、手術超聲吸引刀、PRK、DR、ECT、TCD、血栓消融儀、大型全自動生化分析儀、數字胃腸機、各種專業腔鏡26套、大型高壓氧艙等具有世界先進水平的萬元以上醫療設備1297台(件)。
醫院醫療技術力量雄厚，瞄準國際醫療新技術，不斷開展技術攻關和創新，卓有成效地開展了一批在國內和省內具有領先水平的疑難病症診療項目，1999年5月27日成功開展了山東省首例同位異體心臟移植手術，2002年12月13日開展了魯西南首例肝臟移植手術，目前患者情況良好。
醫院在心血管、腦血管、脊柱、關節、泌尿外、胸外、肝膽、胃腸、糖尿病、眼科、婦產科、兒科、燒傷整形、手足外科、口腔、耳鼻喉、生殖醫學、腫瘤、急危重症病人搶救監護、人工腎等專業疾病的診療及影像病理診斷方面具有較高水平，卓有成效地開展了冠狀動脈搭橋術、複雜先心病矯治術、心臟瓣膜置換術、急診PTCA+支架植入術、冠脈內支架植入術、器官移植術（心臟、肝臟、腎臟和角膜）、前列腺電切術、三維適形高精度放療、大面積燒傷治療及整形、頸椎前路鋼板內固定術、全關節置換術、腦血管造影和腦動脈內支架置入術、腹腔鏡治療腹腔及婦科疾病、腦室鏡微創手術、布加氏綜合徵的介入治療、鼻竇鏡手術治療各種鼻竇疾病、外耳再造術、準分子雷射治療近視眼、斷指（肢）再植等高難度手術。重症監護室、心臟外科監護室和兒科監護室成功救治了大量急危重症患者。魯西南地區規模最大、設備最先進的生殖醫學中心的輔助生殖技術達到國內先進水平。心臟外科06年完成手術1629例，手術數量為全省首位，位居全國前列，手術種類、複雜程度及成功率達到國內先進水平；心臟內科06年完成各種心臟病介入手術1679例次，手術量和技術水平已處於全國先進水平。07年完成心臟外科手術1140例，心內介入手術1975例，手術數量、技術水平繼續保持全國前列、省內領先。
醫院除完成大量醫療工作外，科研工作取得顯著成績。近年來醫院共承擔各類縱向科研項目100餘項，其中國家自然科學基金項目2項，“十五”科技攻關課題3項，國家十一五科技支撐課題及衛生部科研基金資助課題各1項。完成科研成果鑑定78項，獲得各級科技獎勵59項。其中《單病種限價的實施及質量和效益的關係研究》山東省軟科學優秀科研成果三等獎；《程式化心電圖分析步驟及F L A S H課件創作與套用的研究》獲山東省高校科研優秀成果三等獎。發表學術論文2108篇，出版學術專著120餘部。其中《病種質量管理與病種付費方式》、《中國院長手冊》（第二版）等著作在全國引起較大影響。目前醫院有省級重點學科和省級重點實驗室各1個（神經內科和心血管疾病診治實驗室）、省衛生廳重點學科2個（神經內科和心血管疾病研究診療中心）、市級重點學科2個（呼吸內科和內分泌科）和校級重點學科3個。2007醫院指導的計畫內碩士生已增加到12名，同時還成功地與華中科技大學聯合舉辦了研究生課程班。近幾年醫院先後派出100餘人次到國外考察、研修、學術交流和援外醫療,先後有美國、英國、加拿大、德國、日本、澳大利亞、瑞典等國家的專家、學者、官員90餘人來院參觀、訪問、學術交流。
醫院作為濟寧醫學院的臨床學院，堅持醫、教、研並重，不斷加大對教學師資力量的投入，教學條件不斷改善，醫院每年承擔濟寧醫學院臨床、預防、精神衛生、護理專業及成人教育7000餘學時的臨床理論課教學和見習教學，承擔各專業實習生800餘人。近年來，先後通過了國家教育部“本科教學評價”和山東省衛生廳“高等醫學院校附屬醫院臨床教學評估”，教學水平和質量均名列前茅。醫院在心臟外科、心血管內科、神經內科、內分泌、醫學影像等專業與天津醫科大學聯合培養研究生。
醫院堅持以病人為中心，以質量為核心，視醫療質量安全為醫院的生命線，全方位開展了以方便、快捷、優質、價廉為主題的承諾服務，採取了各種便民利民服務措施，為患者提供人性化服務，堅持“一滿意、四規範”（滿意在衛生、規範用藥、規範檢查、規範收費、規範行為），重拳出擊，堅決治理“紅包”、“回扣”等行業不正之風，尤其是從2004年初開始，為緩解看病貴、看病難問題，率先大面積推出單病種限價服務，公開向社會承諾對128種疾病實行單病種限價，限價病種總體費用平均降幅達33%，2004－2008年為限價患者節省費用2855.3餘萬元。這項工作對促進合理用藥、合理檢查，改善行業風氣，提高醫院管理水平起到了很大的推動作用，在社會上引起強烈反響，受到衛生部和省衛生廳的高度重視和社會各界的廣泛讚譽，新華社、中央電視台、《人民日報》、《健康報》等多家新聞媒體進行了深入報導。2005年10月16日，中央領導在濟寧市調研期間，聽取了醫院單病種限價工作的匯報，給予高度評價。2004年醫院實行單病種限價被評入“濟寧市十大新聞”和“情義山東”十大好事。2005年11月1日，中央電視台《焦點訪談》播出了我院實施單病種限價的節目，之後又連續播發有關報導，來訪多次。我院積極投身於各項社會公益事業，2005年與山東電視台、山東省慈善總會共同發起了“愛心醫療救助工程”，為24個省市自治區的100名特困家庭先心病患兒免費施行手術。山東衛視現場直播了第100例免費救助先心病兒童的手術過程，在社會上引起強烈的反響。2006年、2007年、2008年圓滿完成了第二批、第三批、第四批免費心臟手術，2009年還將繼續開展第五批“愛心手術”。目前醫院已經成功地為來自全國各地的400例先心病患兒免費實施心臟手術，成功率100%。認真開展惠民醫療工作，繼續做好“國際微笑列車”項目定點醫院和復明工程工作，到目前為止，共為800餘例唇齶裂患者免費實施了手術，為550餘名白內障患者實施白內障復明手術，使這些白內障患者重見光明，贏得了良好的社會聲譽，受到“微笑列車”上海總部和省慈善總會等上級主管部門的好評。
全院職工在“團結、嚴謹、求實、進取”醫院精神的鼓舞下，開拓創新，奮發圖強，“三個文明”建設取得累累碩果。近年來，先後被山東省和濟寧市精神文明建設委員會確定為全省、全市文明行業示範點；連續11年被評為省、市級文明單位；被山東省衛生廳評為全省文明服務示範醫院；獲全省衛生系統“職業道德建設先進單位”、濟寧市“最佳服務視窗”“職業道德建設十佳集體”等榮譽稱號；2004年被中華醫院管理學會評為“全國首批百姓放心示範醫院”；2005年，醫院榮獲山東省富民興魯勞動獎狀，被山東省人事廳、衛生廳聯合授予全省衛生系統先進集體榮譽稱號；2006年被評為“全省醫德醫風示範醫院”；2007年被國家人事部、衛生部、國家中醫藥管理局聯合授予“全國衛生系統先進集體”榮譽稱號；被省慈善總會評為“山東省熱心慈善事業先進單位”；被省人事廳評為“全省人事宣傳工作先進集體”。鑒於醫院取得的成績，濟寧醫學院黨委、中共濟寧市委、濟寧市政府、山東省衛生廳先後發出了向濟醫附院學習的決定。院長武廣華被評為全國優秀院長、全國衛生系統先進工作者，榮獲山東省富民興魯勞動獎章，2004年因在單病種限價工作中做出的突出成績，被山東電視台評為“2004情義山東十大新聞人物”，並被譽為“讓民眾看得起病的院長”，2005年被山東電視台評為“山東年度新聞人物”，2006年榮獲CCTV“3.15”傑出貢獻獎，成為我省獲得該獎項的第一人。2006年被評為山東省醫院管理突出貢獻獎，2007年1月被評為首屆“感動山東”十佳人物，被山東省衛生廳評為“山東省醫政管理工作先進個人”，並記三等功，被評為“全省誠實守信模範”，被《中國醫院院長》雜誌評為2006－2007年度中國醫院院長領導力“卓越貢獻獎”，2008年1月27日武廣華院長當選第十一屆全國人大代表。院黨委被中組部評為“全國先進基層黨組織”。
“一切為了病人”是濟寧醫學院附屬醫院對患者永遠的承諾，醫院將以精湛的醫療技術、優質高效的服務、規範合理的收費為患者提供滿意、放心的服務，無愧於“全國百姓放心示範醫院”的光榮稱號。
