魏太安元年（455）十一月，源賀改封為隴西王，出任冀州（今河北省）刺史，為征南將軍。在赴任之前，他又上書道；“臣聞人之所寶，莫寶於生命；德之厚者，莫厚於宥死。然犯死之罪，難盡以恕，權其輕重,有可矜恤。今勁寇遊魂於北，狡賊負險於南，其在疆場，猶須戍防。臣愚以為自非大逆，赤手殺人之罪，其做贓及盜與過誤之愆應入死者，皆可原命，謫守邊境。是則已斷之意，更受生成之恩；徭役之家，漸蒙休息之惠，刑措之化，庶幾在茲。”意思是說；他認為不是非殺不可之人，有罪者皆可以免死而讓他們戍守邊境，立功贖罪，既有益於個人,也有益於國家。高宗又很高興地採納了這一建議。之後許多定死罪者恕死徙邊，為國出力。這兩次改革，免死的何止是萬千。源賀寬刑仁政功德之大，真是莫可估量。
後來高宗對群臣說；“昔源賀勸朕，宥諸死刑，徙充北籓諸戍。自爾至今，一歲所活，殊為不少。濟命之理既多，邊戍之兵有益。苟人人如賀，朕臨天下，復何憂哉！”群臣鹹曰：“非忠臣不能進此計，非聖明不能納此言。”
源賀到了冀州以後，“鞫獄以情，，徭役簡省，清約寬裕，甚得人心。”但是，源賀的行為遭到了他人的忌恨。有一個叫石華的人在源賀下屬撈不到便宜，便誣告說源賀和和尚道可欲圖勾結謀反。有司將此情況上奏給高宗，高宗根本就不相信，說；“賀誠心事國，朕為卿等保之，無此明矣。"乃精加訊檢。之後搞清了事實，石華一誣告罪受到了應有的懲罰。高宗一面派人慰勉源賀”卿以忠誠穎至，著白先朝，以丹青之潔而受蒼蠅之汗。朕登極研檢，已加極法，故遣宣意。其善綏所蒞，勿以囂謗之言致損慮也。”一面對群臣說；“以賀之忠誠，尚致其誣，不若是者，可無慎乎！"時考殿最，賀治為第一，賜衣馬器物，班宣天下。意思說：“不久，考察全國官員的政績，源賀被評為第一，高宗賜給源賀衣馬器物，並大加表彰宣傳。源賀上表請求回朝，朝議以後源賀得民情，無人可代，遂不許其請，源賀在冀州任職七年，政績卓著。
魏獻文帝天安元年（466）三月，源賀被召拜太尉，位極一品。皇興四年（470）八月，漠北柔然來犯北魏邊境，獻文帝御駕親征征討，大破敵軍，並都督諸軍屯於漠南。次年八月，獻文帝不想作皇帝，準備將其位讓給叔父京兆拓跋子推,乃派人馳往漠南，向源賀徵求意見。源賀按照傳統的父終子及的禮儀堅決表示不可，意識馳驛入長安，向獻文帝正色諫阻，最後獻文帝聽取源賀意見，將位傳給兒子元宏。於是元宏登極稱帝，改元延興，是為孝文帝。從這些事實可以看出，源賀在朝野是何等的有威信。
四月，居牧於河西走廊的敕勒部由於不堪忍受壓迫，舉旗反魏，殺死北魏殿中尚書胡莫寒和高平鎮將假奚陵，魏派大將鎮壓，卻遭摻敗。於是在十月，派太尉，隴西王源賀又率兵征討，大破叛軍，降其部落2000餘，接著倍道兼行，追擊叛酋郁朱於到抱罕（今臨夏），斬首3000餘級。前後斬首5萬餘級，奪得人口1萬餘，雜畜3萬餘頭，並將其餘部遷徙到冀州，定州，相州，等地為營戶。一舉擊滅敕勒族，稱得起是勢如破竹，摧枯拉朽.
源賀凱鏇後，以年老辭職，孝文帝不許，命其親自出漠南，都督三道諸軍御邊。按當時北魏的軍事慣例，每年秋冬時，派軍三道並行北上，以防柔然等乘秋熟時犯邊，至仲春時撤回。源賀認為，這種秋出春回並不是長久御邊之計，而且也浪費人力物力，於是建議，從各州鎮召募勇敢之士3萬人，不但免其徭役，而且厚家賑恤，將這些人分為三部，派大將統領，出塞長期屯田戍邊，在那裡築城三座；每座1萬人，“給強弩三百張，武衛三百乘，弩一副給牛六頭，武衛一乘給牛二頭”，並且多儲造馬槍及各種器械。冬則講武，春則中植，並戍並耕，同時在防線南邊設三處倉庫，平時從附近州買糧充實，以備戰時急用。這樣，足食足兵，既可防止不虞，又可不必年年興師動眾。這本來是很有遠見的秒策，可惜其時北魏由盛轉衰，孝文帝等沒有採納。
源賀在漠南數年，年紀已高，逐幾次上書孝文帝，稱年高病篤，乞還骸骨。因其事情詞懇切，允許還朝休息。但朝中有大事，都向源賀徵求意見。太和元年（477）二月，源賀病重，孝文帝送其到溫湯（今陝西臨潼）治療。孝文帝曾多次命人探看病情，派太醫去治疾。終因病情加重，送回長安。
太和三年（479）秋，源賀自度在世不多時了，邊遺訓諸子；“吾頃以老患辭事，不悟天慈降恩，爵逮於汝。汝其毋傲吝，毋荒怠，毋奢越，毋嫉妒；疑思問，言思審，行思恭，服思度；遏惡揚善，親賢遠佞；目觀必真，耳屬必正；誠勤以事君，清約以行己。吾終之後，所葬時服單櫝，足申孝心，芻靈明器，一無用也。"這正式一篇字字擲地有聲的遺囑，勤奮國事，廉潔淡泊的情懷溢於字裡行間，聞者無不感動。
同年九月庚申日，一代名臣源賀逝世，享年七十三歲。孝文帝贈侍中、太尉、隴西王印綬，謚曰宣，賻雜彩五百匹，賜轀輬車及命服、溫明秘器，陪葬於金陵。
源賀生前曾依照古今兵法以及先儒舊說，略采至要，撰寫軍事著作《十二陣圖》一書，受到魏獻文帝的好評。
源賀後代的確遵循遺訓，為國貢獻甚多，因此屢屢榮顯於北魏隋，唐數朝。源賀長子源延，官侍御中散，賜爵武城子，卒，
贈涼州刺史、廣武侯，謚曰簡；次子源懷，官至驃騎大將軍，卒謚惠公。源懷子源紹，曾為隴西郡開國公。另一子源子雍封樂平縣開國公，卒賜車騎大將軍，諡號莊穆。其餘諸子皆居要職，源子雍之子源延伯因功進爵浮陽伯。源子雍之弟源子恭官贈驃騎大將軍，尚書左僕射，司空公等，諡文獻。源子雍的另一個弟源纂因功官至太府小卿，卒贈散騎常侍，征北將軍，贈臨潁縣伯。源子恭之子源彪入齊朝而官至儀同大將軍。源彪之子源師入隋官至刑部侍郎。源纂之子源雄入隋亦以功進上大將軍，上柱國。直至唐代，源代仍為朝延顯族，如源乾曜，源光裕，源郁，源休等皆官要職。源氏家族在正史有傳的就多達20餘人。所以《北史》作者贊道：“源賀堂堂，非徙武節。觀其翼佐文成（拓跋浚），廷抑禪讓，殆乎社稷之臣。懷於略兼舉，出內馳譽，繼跡賢孝，不墮先業。子雍立功夏方，身亡冀野。彪著名齊朝。師，雄官成隋代，美矣。”
