常設機構組成
湄公河委員會由三個常設機構組成：即理事會、聯合委員會和秘書處。理事會由每個成員國派一名級別不低於司長級官員組成，每年至少舉行兩次會議：秘書處負責為聯合委員會和理事會提供技術和行政服務，其工作在執行長（CEO）的領導下進行，而執行長的任免則由理事會決定。湄公河委員會各成員國還成立了本國負該國的湄公河開發和協調任務。新湄公河委員會自成立之日起，就邀請上游的兩個國家中國和緬甸加入該組織，並於1996年開始與兩國定期舉行對話會，迄今已舉行過6次對話會。
成立過程
下湄公河國家之間合作始於聯合防洪的願望。1947年，聯合國設立了亞洲和遠東經濟委員會（簡稱經委會），負責幫助其所屬區域內的國家開展戰後重建工作，寮國、高棉、泰國、南越相繼加入經委會。因為湄公河經常泛濫，對下游四國造成了巨大的損失，所以防治洪災便成了經委會下設機構一一防災控制局的首要目標和任務。
1952年，經委會在下湄公河流域進行勘察後發布一份調查報告，報告不再局限在防洪問題上，開始把湄公河的水資源利用擴大到水電開發、灌溉及航運等領域。下游四國均對此報告感興趣，但是囿於地區局勢不穩，他們在合作上並無實際行動。
1954年法國在印支半島的殖民統治結束，寮國、高棉獨立，越南南北分立，日內瓦公約簽署為東南亞半島的暫時和平創造了條件。在寮國、泰國、高棉和南越的支持下，經委會再次對下湄公河進行勘探，證實了湄公河所蘊含的開發潛力。1957年，經委會提出了“流域整體開發模式”的概念，它認為湄公河流域是一個動態有機的系統，最佳的開發利用方式應包括整個流域範圍。
1957年9月17日，由寮國、泰國、高棉和南越組成的下湄公河流域調查協調委員會(Committee for Coordination of Investigations of the Lower Mekong Basin)誕生。根據成立時所簽署的《湄公憲章》，湄公河下游調查協調委員會的宗旨是促進、推動、協調、監督下湄公河水資源開發項目的規劃和調查。
湄公河調查協調委員會的成立既有成員國在防洪減災、水資源開發上的共同夙願，又有亞洲和遠東經濟委員會等外部力量的推動，同時，印度支那戰爭的結束，也為委員會的成立提供了不可或缺的相對穩定的國際局勢。1977年，泰國、越南、寮國三國開始探討成立新的湄公河委員會的可能，1978年5月，三國簽署了共同宣言，正式建立了“臨時泥公河下游協調調查委員會”(Interim Committee for Coordination of Investigations of the Lower Mekong，簡稱IMC)。由於國內政局不穩，高棉未能參加臨時委員會。
1995年4月5日，下湄公河寮國、泰國、高棉、越南四國在泰國清萊簽署了《湄公河流域可持續發展合作協定》(Agreement on the Cooperation for the Sustainable Development of the Mekong River Basin)，簡稱《1995年協定》。成立新的下湄公河流域河流組織一一湄公河委員會(Mekong River Commission)，其目標為追求湄公河流域水資源的可持續發展、保護和管理，繼承並發揚“湄公河精神”。
中國與湄公河委員會
中國地處流域的最上游，而且是湄公河的發源地，在對流域水資源進行開發時基本不受其他沿岸國家的影響，對流域水資源的開發利用基本可以按照自己的需求單方面進行，正是這樣一種地位，使得中國可能缺乏與沿岸其他國家合作的意願和動力。因此，在1996年以前中國對湄委會一直採取不重視、不參與的態度。
1996 年，中國和緬甸成為湄委會的對話夥伴國。此後至今，中國一直與湄委會保持著良好的對話協商機制。2002年4月，中國水利部與湄公河委員會簽署了《關於中國水利部向湄委會秘書處提供瀾滄江—湄公河汛期水文資料的協定》。2008 年8 月，在寮國萬象舉行的中國、緬甸與湄公河委員會第13 次對話會議期間，中國水利部又與湄公河委員會續簽了該協定。湄委會執行長博德和有關國家代表表示，中國水利部提供的汛期水文數據對下游防洪減災發揮了重要作用，特別是在2008 年8 月上旬寮國、泰國湄公河流域發生大洪水期間，中方提供的數據對於下游有關國家防洪減災工作爭取了寶貴的時間。
湄委會自1995 年成立後，曾多次邀請中國加入該組織，而且隨著近年來湄公河國際合作與協調緊迫性的上升，這種情況越來越迫切。在2010 年泰國華欣召開的首屆湄公河委員會峰會上，湄委會再次力邀中國加入。
然而到目前為止，中國雖然多次強調在未來會繼續重視並保持同湄委會的良好關係，但還沒有正式表露過要加入湄委會的意向。2010 年4 月，宋濤在參加湄公河委員會首屆峰會時說，中國重視並與湄委會保持了良好的合作關係，今後將繼續本著“平等協商、加強合作、互利共贏、共同發展”的原則在多方面加強合作，與次區域國家一道，共商區域發展與合作大計，在多個領域與湄委會和下游國家繼續開展務實合作，並將與湄公河下游國家增進溝通、加強互信，共同客觀、公正地向公眾和媒體介紹瀾滄江—湄公河水資源開發利用的真實情況和合作成果。
