歷史沿革
1979年，開始招收碩士研究生。
1982年，開始招收本科生。
1986年，批准為博士點並開始招收博士研究生。
1998年，建立博士後流動站。
2001年，本學科被評為國家重點學科。
2006年，再度被認定為國家重點學科。
2001年，清華大學醫學院成立後，生物醫學工程學科調整到醫學院，並成立了清華大學生物醫學工程系。
支撐
本系主要研究方向包括生物晶片、神經工程、生物醫學影像、微納醫學等。目前共有專職教師25人，其中中國工程院院士1人，IEEE Fellow 2人，長江學者特聘教授2人，傑出青年基金獲得者2人。
經過30年的不懈的努力，本學科已形成了完整的本科和研究生的教學體系，建立了先進的教學實驗室，開出了近20門高水平的專業基礎課和專業課，編寫並出版了20多部教材和專著，其中有3部教材被教育部推薦為“全國研究生教學用書”，2部被評為“北京市高等教育精品教材”。
本學科已有4門課程建成“清華大學精品課”。
本系培養的學生以紮實的基本功和過硬的學術作風得到國內外同行和業界的廣泛認可。畢業生中既有國際知名大學的教授，也有國內醫療儀器產業的領軍人物，更多的是國內教學、科研、國防及產業方面的優秀人才。我系畢業生徐航所創立和領導的深圳邁瑞公司在美國紐約證券交易所成功上市，成為中國最大的民營醫藥企業。
領域
本系主要研究方向是神經工程、醫學建模與影像、生物晶片、數位化醫療儀器、生物醫學信號檢測與處理等。
在醫學建模與影像、生物醫學信號檢測與處理、數位化醫療儀器等領域有長期的深入系統的研究，處於國內前列；在生物晶片、神經工程、分子影像等新興方向具有明顯特色，產生了HLA晶片，轉錄因子活性譜晶片，高信息傳輸率腦－機接口等一批具有國際影響的重要研究成果，處於國際前沿水平。
