主要職能
根據《縣政府辦公室關於印發海安縣水利局主要職責內設機構和人員編制規定的通知》(海政辦發〔2010〕118號)，縣水利局主要職能如下：(一)負責貫徹實施國家和省有關水行政方面的法律、法規和方針政策;制定全縣水利管理政策措施並監督實施，實行依法治水、依法管水。
(二)統一管理和保護全縣水資源(含空中水、地表水、地下水);組織編制水資源綜合規劃和全縣水中長期供求計畫、水量分配方案並監督實施;負責全縣計畫用水、節約用水工作，制定節約用水政策、編制節約用水規劃，制定有關標準，並監督實施;負責實施取水許可及水資源費徵收工作，指導和推動節水型社會建設工作。
(三)編制水資源保護規劃;組織實施水功能區管理，監測河道水量、水質，審定水域納污能力，提出限制排污總量的意見;指導飲水水源保護工作，負責全縣地下水開發利用管理和保護工作;與有關部門共同做好入河排污口設定審批並參與水環境整治和保護工作;指導農村飲水安全和鄉鎮供水工作。
(四)及時分析、了解、研究地形地貌、水系河流等自然條件狀況;掌握歷年的旱澇情況，制定全縣水利發展戰略、中長期規劃、區域綜合規劃和年度工作計畫，制定全縣水資源保護、防洪、節水、水土保持等專業規劃，並監督實施;組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作;指導全縣水土保持和水土流失綜合防治工作。
(五)承擔全縣防汛防旱指揮部的日常工作;組織、協調、監督、指導全縣防汛防旱工作(含城市防洪)，對骨幹河道和重要水利工程實施防汛防旱調度;負責流域性和區域性的重要水利工程管理。
(六)組織、指導水政監察和水行政執法工作;對各類臨河、跨河和河道岸線的利用建設履行審批，依法對水事活動進行監督和查處，協調全縣水事糾紛;組織對河道堤防占用補償費的徵收。
(七)組織實施重要水利工程建設和質量監督，編制、審查重點水利基本建設項目建議書;依法負責水利行業安全生產工作;組織對全縣水利工程水費的徵收。
(八)加強對基層水利服務體系人、財、物的領導與監督，切實執行“建設、管理、經營、開發、服務”的指導方針。
(九)承辦縣政府交辦的其他事項。
內設機構
根據《縣政府辦公室關於印發海安縣水利局主要職責內設機構和人員編制規定的通知》（海政辦發〔2010〕118號）， 縣水利局內設 5 個職能科室，均為股級建制：（一）辦公室（掛“人事科”、“監察審計室”、“黨委辦公室”牌子）
協助局領導組織機關日常工作，負責機關公文處理、信息、保衛、宣傳、檔案、保密、老幹部服務等工作；負責局機關及下屬單位的機構編制、組織人事、勞資管理、職稱申報、考核獎懲工作及機關內部規章制度建設；協助局領導負責局機關及下屬單位科員級幹部的培養、考察、選拔等業務工作；協助負責局機關及下屬單位的思想政治教育、黨建、工會、婦女、共青團、計畫生育等工作；負責局機關內務後勤、車輛管理；負責機關內部物資採購和保管；負責本系統監察審計工作。
（二）財務科
負責編制局機關部門預算並監督執行，負責做好局機關財務管理及日常收支結報工作；協助收繳有關規費，對本系統的各項行政性收費進行財務監督管理；負責本系統固定資產管理工作，確保國有資產保值增值；根據工程項目需要協調辦理撥款手續，檢查監督水利工程施工單位執行專款專用情況；對局屬事業單位、水利工程管理單位和各水利服務站實行報賬制，負責系統內各相關單位會計人員業務培訓、財務收支的審核及會計核算工作。
（三）水政水資源管理科（縣節約用水辦公室與其合署，掛“行政服務科”牌子）
依法保護全縣水、水域、水工程和其它有關設施，對水事活動進行審查、監督和檢查；具體負責全縣水資源統一管理、保護和監督工作；編制水資源綜合規劃；組織實施水功能區管理，編制全縣河道納污能力分析報告，提出限制排污總量的意見，與有關部門共同做好入河排污口設定審批；負責全縣計畫用水、節約用水工作，擬定節約用水政策、編制節約用水規劃，制定有關標準，並監督實施；負責取水許可及水資源費等有關規費的徵收工作；組織指導和推動節水型社會建設工作；指導飲水水源保護工作，指導全縣地下水開發利用管理和保護工作；對各類臨河、跨河和河道岸線的利用建設履行審批。
（四）水利規劃建設科
制定全縣水利發展中長期規劃、區域綜合規劃和年度工作計畫，並監督實施；編制水土保持規劃和年度工作計畫並指導實施；組織水土流失的監測、水土保持規劃編制和綜合防治工作；指導全縣農田水利工程建設；負責水利科學技術推廣，指導農村飲水安全和鄉鎮供水工作，負責農村水利服務體系建設工作。
（五）水利工程管理科（防汛防旱科與其合署）
對全縣各主要河道和重要水利工程設施實施管理，組織縣屬水利工程年度養護項目的編制和上報，並監督管理工程項目的實施，負責水利行業安全生產工作；組織對河道、堤防占用補償費的徵收。 組織協調全縣防汛防旱工作，承擔縣防汛防旱指揮部的日常工作，編制全縣防汛防旱規劃預案（含城市防洪），擬定全縣防汛防旱工作意見，對全縣主要河道、重要水利工程實施水情調度，組織全縣水利工程和重點地區的汛前、汛後檢查，按時編制水利工程汛前應急和汛後維修計畫，並組織監督實施。
另按有關規定設定紀檢組，作為縣紀委的派駐機構，相關事項按有關規定執行。
直屬單位
1、縣防汛防旱指揮部辦公室(與縣水利局工程管理科合署，管理型事業單位)。組織協調全縣防汛抗旱工作，承擔縣防汛防旱指揮部的日常工作，編制全縣防洪防台規劃（預案），擬定全縣防汛防旱工作意見，對全縣主要河道、重要水利工程實施管理和水情調度；組織全縣重點水利工程和重點地區的防汛檢查；
2、縣水政監察大隊（縣河道管理辦公室與其合署，管理型事業單位）
縣水政監察大隊系縣水利局具體施行依法治水和依法管水的專職執行部門，參予水行政執法、水資源管理，實施徵收水資源費等有關規費；具體負責全縣農村河道環境整治和長效管理工作。
3、縣供排水管理所（管理型事業單位）
已建水利工程運行管理，已建水利工程國有資產管理，水利工程水費徵收、使用和管理。
4、海安縣水利局北凌新閘管理所（公益型事業單位）
北凌新閘管理所位於如東縣拼北墾區外側，系在北凌閘（老）淤死後,於1980年新建，為節制閘型水閘。該閘的主要職能是擔負我縣河東地區北凌河流域322. 9平方公里的排澇、排鹹和常年沖淤保港。是我縣唯一的出海口，也是全縣防汛抗台的最前哨和省掛號防汛重點單位，
5、海安縣堤防管理所（公益型事業單位）
堤防管理所位於老壩港墾區東側，系在1985年海灘圍墾後,專門負責管理和維護海堤安全，防止海水入侵而建立的機構。
6、海安縣水利局丁堡閘管理所（公益型事業單位）
丁堡閘管理所位於丁堡河北端海安東台交界處，為節制型水閘，該閘為50年代末興建，原為南通專區級管理，60年代末移交我縣。其主要作用是向東台方塘河以南地區輸送灌溉用水，並防止鹹水南侵。
7、海安縣水利局焦港北閘管理所（公益型事業單位）
焦港北閘管理所位於我縣焦港河最北端（該河系我縣主要引江河之一），為套閘型水閘，該閘興建於1977年，主要為溝通南通地區和里下河地區高低水系之間的交通運輸，同時兼管新老通揚河之間32座控制閘涵的防汛工作。
8、海安縣賁家集水利樞紐工程管理所（公益型事業單位）
為解決大公、北凌、海安農場、種畜場等72平方公里的洪澇威脅經省計委、省水利廳立項批准於1994底投入4000多萬元年開始興建了賁家集提水二站樞紐工程，工程於2001年通過驗收。賁家集提水站位於我縣古賁鄉境內的通榆河邊，興建於1970年，主要功能是通過紅星河為北凌河以北9.2萬畝農田提淡擠鹹，改善水質，灌溉抗旱補給水源，併兼有分擔里下河地區排澇，為北凌新閘沖淤保港提供水源任務，同時兼管紅星河沿線、北凌河沿線28座閘涵。
