職責調整
（一）取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
（二）取消歸口管理全市水利經濟工作。
（三）將原市農業機械管理局承擔的機電排灌職責劃入市水利局。
（四）加強水資源的統一管理和監督工作，加強水資源的節約、保護和合理配置，保障城鄉供水安全，促進水資源的可持續利用。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關水利方面的方針政策和法律法規，制定全市水利管理政策措施並監督實施。
（二）組織擬訂全市水利現代化建設總體規劃、水利中長期發展規劃和年度計畫，組織編制區域水利綜合規劃和防洪、水資源保護、水土保持、河道整治等專業規劃，並監督實施。組織對有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪的論證工作。
（三）負責市水利建設資金的計畫、使用、管理及內部審計監督。研究提出有關水利的價格、收費、稅收、信貸、財務等方面的意見和建議。指導市水利國有資產的監督管理工作。
（四）統一管理和保護全市水資源。組織擬訂全市水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施。擬訂節約用水政策，編制節約用水規劃及有關標準，指導和推動節水型社會建設工作。
（五）編制水資源保護規劃。組織水功能區的劃分和監督實施，監測江河的水量、水質，審定水域納污能力，提出限制排污總量的意見。指導飲用水水源保護工作，指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作。指導入河排污口設定並參與水環境保護。
（六）組織、指導水政監察和水行政執法工作，查處重大涉水違法事件，協調水事糾紛。負責長江河道采砂管理和監督檢查工作。
（七）組織實施重要水利工程建設和質量監督。指導水利建設市場的監督管理，編制、審查重點水利基本建設項目建議書和可行性報告。依法負責水利行業安全生產工作。
（八）指導全市各類水利設施、水域及其岸線的管理與保護。負責管理區域性的重要水利工程。對全市水利工程實行行業管理。
（九）負責防治水旱災害，組織、協調、監督、指揮全市防汛防旱工作。負責城市防洪工作，對骨幹河道和重要水利工程實施防汛防旱調度及引江調水工作。
（十）指導全市農村水利工作。組織協調農田水利基本建設，指導農村飲水安全、鄉鎮供水、河道疏浚整治、節水灌溉、機電排灌等工程建設與管理工作。指導全市農村水利服務體系建設。指導全市水土保持和水土流失綜合防治工作。
（十一）負責水利科技工作。組織水利科學技術的研究和推廣。指導水利信息化工作。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市水利局設6個內設機構：
（一）辦公室
負責機關公文處理、信息宣傳、督查督辦、政務公開、機要保密、建議提案、史志年鑑、信訪、檔案和固定資產管理工作；負責思想政治和宣傳教育工作；負責機關和所屬單位的機構編制、組織人事、勞動工資、教育培訓、隊伍建設及機關內部規章制度建設；組織指導全市水利專業技術職務評聘及專家工作；指導全市水利系統安全生產工作；負責機關離退休幹部管理服務工作。
（二）財務審計處
指導水利系統財務會計和內部審計工作；負責編制市級水利部門預算並監督執行；研究提出有關水利的價格、收費、稅收及籌資等方面建議；負責市級水利資金的計畫、使用、管理及監督；指導市水利系統國有資產的監督管理工作；指導直屬單位的財務管理工作；負責直屬單位內部審計工作。
（三）水資源處（政策法規處）
負責水利規範性檔案的擬訂、備案並監督實施；指導水利行政許可和水行政執法工作；承辦局行政複議、行政訴訟和行政賠償工作；負責重大水事糾紛的調處；負責全市水資源統一管理、保護和監督工作；組織實施取水許可、水資源論證、排污口設定論證和水資源有償使用制度；組織開展水資源調查、評價和水功能區監測工作；組織擬訂全市水資源中長期供求計畫、年度取水總量控制計畫和水量分配方案並監督實施；組織監測地表水和地下水水質、水量，發布全市水資源公報和水功能區水質監測報告；核定水域納污能力，提出限制排污總量建議；指導入河排污口設定工作；負責計畫用水並監督節約用水工作；指導水生態保護與修復工作；負責地下水的管理和保護，指導地下水開發利用。
（四）規劃與建設處
擬訂全市水利發展規劃，組織編制區域水利綜合規劃、專業規劃、專項規劃並監督實施；負責水工程建設規劃同意書制度的實施；組織審查大中型水利建設項目建議書、可行性研究報告；指導全市水利基本建設管理工作；負責全市規模以上水利工程建設項目招標、投標活動的監督管理工作；指導全市水利行業施工、監理、勘測、設計、諮詢等行業管理工作；負責水利綜合統計工作。
（五）防汛防旱處
組織、協調、監督、指導全市防汛防旱工作；承擔市防汛防旱指揮部的日常工作；編制全市防洪防台預案，對全市主要河道和水利工程實施水情調度；負責組織引江調水規劃的實施、督查、考核工作。
（六）農村水利處（科技處）
編制全市農村水利中長期規劃和年度計畫；組織協調農田水利基本建設，指導節水灌溉、機電排灌、鄉鎮供水、河道疏浚整治、農村飲水安全等工程建設與管理工作；組織指導農村水利社會化服務體系建設；指導全市水土保持工作，組織編制水土保持規劃和計畫並組織實施；負責水土流失的監測和綜合防治工作；負責市規模以上建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作；負責編制市水利科學技術發展規劃；負責水利科技項目和科技成果管理工作，組織重大水利科學技術研究、技術引進和成果推廣；指導全市水利科技和水利信息化工作。
另按有關規定設立機關黨委。
人員編制
市水利局機關行政編制為23名。
領導職數為：局長1名，副局長3名，機關黨委書記1名；正副處長（主任）12名，其中正處長（主任）6名，副處長（副主任）6名。
其他事項
（一）水資源保護與水污染防治的職責分工。市水利局對水資源保護負責，市環境保護局對水環境質量和水污染防治負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立協商機制，定期通報水資源保護與水污染防治有關情況，協商解決有關重大問題。市環境保護局發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。市水利局發布水資源信息中涉及水環境的內容應與市環境保護局協商一致。
（二）礦泉水、地熱水管理的職責分工，按中央編辦《關於礦泉水地熱水管理職責分工問題的通知》（中編辦發〔1998〕14號）檔案的規定辦理。
（三）河道采砂管理的職責分工。長江河道采砂管理按《長江河道采砂管理條例》的規定執行。其他河道采砂管理的職責分工是：市水利局牽頭，會同市國土資源局、市交通運輸局等部門，負責河道采砂監督管理工作，統一編制河道采砂規劃和計畫；對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定、堤防安全負責。市國土資源局對保障河道內砂石資源合理開發利用負責。市交通運輸局對河道采砂影響通航安全負責。
（四）市水利局履行的指導全市節約用水、推動節水型社會建設工作的職責，由市節約用水辦公室承擔。
（五）市水利局履行的水政監察和水行政執法職責由市水政監察支隊承擔。
（六）市水利局履行的市管水利工程管理及管理範圍內的行政許可工作、水利工程質量監督職責由市水利工程管理站（市水利工程質量監督站）承擔。
領導信息
吳曉春：黨組書記、局長，主持全面工作。
蔡莉：黨組副書記、副局長，負責黨建、基本建設、規劃、計畫、統計、招投標管理、重大項目、水利工程質量安全監督管理、九圩港和節制閘提水泵站工程建設、陸海統籌等工作，以及工程管理、市區水環境治理、沿海開發水利、花園城市建設、三峽移民管理與服務、長江河長制等工作。分管機關黨委、規劃與建設處（質量與安全監督處）、水利工程管理站（城市河道建設管理中心）、市區水環境綜合整治辦公室、南通市節制閘管理所、市區涵閘管理中心。聯繫通州灣水利工作。
趙建華：黨組成員、副局長，負責農村水利、河長制辦公室工作、農村環境（市郊）長效管理、水土保持、水利科技、水利綠化、機電排灌和財務審計、如泰運河河長制等工作。分管農村水利處（科技處）、河長制辦公室綜合處、長效辦、財務審計處。聯繫如皋市、通州區水利工作。
曹建華：黨組成員、局長助理，負責水利政策法規、依法行政、法制建設、水資源管理、節約用水、水生態文明建設、水文等工作。分管水資源處（政策法規處）、（行政服務處）、市節約用水辦公室（市區水資源管理處）。聯繫如東縣水利工作。
周興余：黨組成員、局長助理，負責防汛防旱、引江調水、城市防洪、突發公共事件應急管理等工作。分管防辦、防汛防旱處、南通市九圩港水利工程管理所、九圩港提水泵站建設工程處。聯繫崇川區水利工作。
曹華：黨組成員、局長助理，負責組織人事、機關作風建設、目標考核、勞資、機關安全生產、社會治安綜合治理、政務公開、職稱評定、信訪、保密、檔案、機關管理、以及行政審批等工作，分管辦公室（組織人事處）、行政審批視窗、新江海河閘管理所（通海閘管所）。聯繫開發區（蘇通園區）水利工作。
陳宏：享受原職級待遇。協助局領導工作，負責水利學會工作。
丁賢俊：副調研員，負責水政監察工作。協助分管水政監察支隊，聯繫海門市水利工作。
沈波：機關黨委書記，主持機關黨委全面工作，負責黨務、黨風廉政建設主體責任日常工作、精神文明建設、結對幫扶、水利志編撰和供排水管理等工作，分管供排水管理站、工會、共青團、婦女工作，協助分管黨建工作。聯繫海安縣水利工作。
盧建均：副調研員，負責水利調研、新聞宣傳、信息化建設、水文化建設、網路安全、幹部學習教育、老幹部和河長制辦公室日常工作。協助分管辦公室、河長制辦公室綜合處。聯繫啟東市水利工作。
施健：副調研員，負責市區河道管護、水環境稽查、城市創建、政府12345熱線、數字城管、農村“五位一體”長效管護等工作，協助分管長效辦、城市河道建設管理中心、市區涵閘管理中心。聯繫港閘區水利工作。
