研究所擁有海洋漁業資源研究室、海洋漁業環境研究室、海水養殖技術研究室、船舶工程測繪室、浙江省水產工程設計所等業務科室及下屬單位；擁有部級服務性平台1個（農業部漁業環境和水產品質檢中心），省級重點實驗室1個（浙江省海水增養殖重點中試基地），專業實驗室4個（中挪兩國四方聯合營養實驗室、浙江省海水養殖病害防治中心、海洋生物生態實驗室、種質與分子生物技術實驗室）。
研究所現有在職職工111人，專業技術人員74人，其中高級職稱人員20人（其中正高級職稱科技人員3人，副高級職稱科技人員17人），碩士生導師6人，有17人享受國務院特殊津貼，一人被評為國家有突出貢獻中青年科技專家，二人被評為省有突出貢獻中青年專家，一人被省政府授予省有突出貢獻農業科技人才。建所以來，共獲得各種科技成果獎100多項次，其中國家級科技獎8項，省、部級科技獎57項。在海水養殖、海洋漁業資源調查與評估、海洋捕撈、漁業環境監測和水產品食用安全與質量監控等方面為我省海洋漁業科技的進步做出了突出貢獻，極大地促進了我省海洋漁業經濟的發展。
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