桃花峪保護區：桃花峪溝自桃花源索道站至桃花峪檢查站兩側山脊連線的區域，面積632公頃，範圍在東經117°01′22″-117°04′25″，北緯36°15′20″-36°17′01″之間；核心區為桃花峪溝鸚鵡崖至核桃園段，面積287公頃，範圍在東經117°02′58″-117°04′25″，北緯36°15′28″-36°16′28″之間。其他區域為試驗區。
黃溪河保護區：中天門至黃溪河水庫、黑龍潭至龍潭水庫兩側山脊連線的區域，面積597公頃，在東經117°05′30″-117°06′24″，北緯36°12′39″-36°14′27″之間；核心區為黃溪河馬蹄峪至黑龍潭，面積181公頃，在東經117°05′38″-117°05′45″，北緯36°13′04″-36°13′58″之間。其他區域為試驗區。
天井灣保護區：窯子溝自沙嶺水庫至一道窯子溝上口兩側山脊連線的區域，面積498公頃，在東經117°05′52″-117°06′42″，北緯36°16′39″-36°17′32″之間；核心區為以窯子溝天井灣為中心，上至二道窯子溝口，下至黑虎崖，面積226公頃，在東經117°06′04″-117°06′25″，北緯36°16′50″-36°17′20″之間。其他區域為試驗區。
大直溝保護區：牛馬場至大直溝水庫兩側山脊連線的區域，面積272公頃，在東經117°07′21″-117°08′27″，北緯36°14′44″-36°14′50″之間；核心區為大直溝水庫至宰牛溝出口，面積48公頃，在東經117°08′12″-117°08′27″，北緯36°14′44″-36°14′50″之間。其他區域為試驗區。
天燭峰保護區：石坑至頂灣、仙鶴灣至頂灣及頂灣至天燭峰水庫兩側山脊連線的區域，面積161公頃，在東經117°07′08″-117°08′03″，北緯36°14′35″-36°15′52″之間。核心區以頂灣為中心，上至大溝下至燕子窩、仙鶴灣、天燭峰水庫，面積78公頃，在東經117°08′02″-117°08′03″，北緯36°15′38″-36°15′52″之間。其他區域為試驗區。
主要保護對象為泰山赤鱗魚，其他保護物種包括鯉、鯽、鱸、河蚌、泥鰍、鮎等。
