背景
清朝自嘉慶、道光以來吏治腐敗，社會矛盾激化，危機四伏。又對回族實行空前的高壓政策，民族矛盾日益嚴重。這時，雲南地方回、漢民族經常以日常瑣事發生衝突。永昌地處西南邊陲，這種衝突尤為突出。地方官吏或敷衍塞責，不能認真辦理；或挾私徇情，任意抑揚。於是是非混淆，輿論失實。回族人民銜冤難告，嫌怨日深，從而釀成了大規模的回漢械鬥和屠回巨案。起因
嘉慶五年（1800），順寧府（今鳳慶）悉宜銀廠回漢人民因口角爭鬥，事態擴大，回民被擊殺18人①。道光元年（1821），雲龍州牡羊廠回民與湖廣及臨安漢人“因爭廠地硐挾嫌”，發生械鬥，雙方死傷多人，其中回民居多。回民赴京控告，地方官府奉旨處理，給回民死者每屍給銀9兩，草草了事②。道光十九年（1839），緬寧（今臨滄）官府唆使地方惡棍屠殺城內回民1700人，同時將城郊五寨回民170餘戶，全部焚殺①。劫餘回民在張富、馬效青、黃巴巴、蔡發春率領下，聚眾自衛。發展
清朝地方官府始則“助漢抑回”，終則公開屠殺回民。緬寧事件很快衝擊到保山。保山縣城內有回民4000餘人，城外50餘村均有回民居住。道光二十三年（1843），漢民萬春組織燒香會，將金雞村等七哨漢民，組成數百人一香，或千人為一香。勢力既成，目無官府，率眾圍困縣城，企圖盡屠城內回民。幸賴太守陳芝楣多方排解，雖未釀成大禍，但嫌怨已深。二十五年（1845）四月，保山城東板橋地方回漢青年因唱秧歌，發生口角，進而鬥毆。回漢之不肖乘機煽動民族仇恨，糾紛日益擴大。而保山縣之官府已被漢紳所包圍，與香哨首領呵為一氣。始則拆毀板橋清真寺，焚燒當地回民房屋。接著又對金雞村、八達營、乙丑村等處回民大肆屠殺，脫逃出來的回民前往保山城內避難②。八月，張富等在距保山城六十里地的丙麻地方大敗清軍，鄧川知州恆文據此以為保山城內回民“悉屬匪類”，密召香首周曰庠、練首沈聚成密謀策劃，親授屠殺回民機宜。九月初二日黎明，哨練入城。城內原住回民加上從城外逃進城的，共有8000餘人，“無分老幼男婦，混行殺戮”。杜文秀全家遇難，僅以身免。他的未婚妻馬小有姑被恆文家奴黃貴擄匿。當時人即稱此為“永昌慘案”。清吏昏庸，回漢之爭，至此轉為縱漢殺回的局面。風聲四播，人心益增不安。保山以外各州縣，也不時發生流血事件。
結果
道光二十六年（1846），杜文秀星夜繞道至昆明，向雲貴總督賀長齡抗訴，長齡未能秉公辦理。文秀與丁燦庭、白廷楊、劉義、沐文科北上京城叩閽。要求嚴懲永昌屠回案的兇犯，為死者昭雪。二十七年七月，道光帝命陝西巡撫林則徐為雲貴總督“赴滇審辦”。林則徐抵滇，以“只問良莠，不分回漢”相標榜，實為永昌官紳所左右。道光二十八年（1848），林則徐師次永平，判七哨兇徒430名；與此同時，他認為滇西回民“良善少而頑梗多”，判回民491名，還冤殺各縣回族士紳76人③。更以“安撫”為名，將保山孑遺200戶“難回”強迫押送瘴毒之地潞江西岸的官乃山居住。杜文秀於二十七年九月被刑部押解回滇。影響
杜文秀看到永昌慘案如此了結，實出預料。冤案未雪，孑遺者又面臨滅種之橫禍。他在壓力之下不得不書寫“遵斷甘結”，表示承認林則徐對此案的判決，因此還落了個“狀告失實”的罪名。他家資蕩然，無以為生，又不願遷居官乃山瘴毒之地，便輾轉於成都、蒙化（今巍山）之間。在成都憂憤成疾，幾乎病死。繼至蒙化，暗中結盟，建立了“忠義堂”、“永勝堂”，聯絡各地義士，宣傳太平天國金田起義訊息，俟機應變。叩閽的失敗，使杜文秀丟掉了對清廷的幻想，最終被迫走上了武裝反清的道路。
