發展歷程
1958年5月經國務院批准所名改為“中國科學院西北生物土壤研究所”，方向任務調整為“以生物、土壤為重點，結合水土保持進行研究”。
1964年7月改名為“中國科學院西北水土保持生物土壤研究所”，方向任務為“以黃河中游水土保持科學研究為中心任務，主要研究解決水土流失嚴重地區的農、林、牧、田間工程等水土保持措施、土壤侵蝕規律、水土保持綜合治理和土地合理利用及農業增產等有關問題，同時根據西北地區農業生產選舉法土保持的需要和原有工作基礎，繼續開展植物分類、土壤地理、土壤膠體化學和作物遠緣雜交等工作”。
1979年10月更名為“中國科學院西北水土保持研究所”，方向任務為“面向黃土高原，以水土保持為中心任務，開展水土流失規律預測預報和防治途徑、土壤及土地資源的評價的合理利用、植被恢復的理論與技術、旱作農業增產體系和依據等方面的研究，為黃土高原農林牧綜合發展和根治黃河服務。”
1987年由中國科學院和水利部雙重領導，更名為“中國科學院水利部西北水土保持研究所”，方向任務“仍以黃土高原區域為重點，以水土保持任務為中心，為改善黃土高原生態環境，加速農林牧綜合發展和黃河治理服務。同時考慮到我國水土流失非常嚴重，西北水土保持研究所可適當兼顧其他地區的水土保持科研任務”。
1995年經國家科委批准更名為“中國科學院水利部水土保持研究所”。
1998年被中國科學院確定為知識創新工程第一批試點單位。
1999年與楊凌其它6個科研教學單位共同組成“西北農林科技大學”。
2001年中國科學院與教育部聯合共建“水土保持與生態環境研究中心”。
