氯的殺菌作用是氯在水中生成分子狀態的次氯酸,次氯酸分子能穿透微生物的細胞膜與蛋白質生成穩定的N-CL鍵,使呼吸作用所必需的還原酶減弱或失去活性,較高濃度時會破壞細胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高,殺菌效果越好。
氯處理的效果很快,水中的原生動物(如草履蟲和纖毛蟲)和輪蟲等,通氯之後很快就被殺死。藻類比細菌更容易被氯殺死,加氯的濃度達1mg/L,就能殺死大部分藻類。使藍藻和硅藻致死的氯濃度分別為0.5-1.01mg/L和0.1-1.01mg/L。
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