分級
國家秘密的密級分為“絕密”、“機密”、“秘密”三級。“絕密”是最重要的國家秘密，泄密會使國家的安全和利益遭受特別嚴重的損害；
“機密”是重要的國家秘密，泄露會使國家的安全和利益遭受嚴重的損害；“秘密”是一般的國家秘密，泄露會使國家的安全和利益遭受損害。重要程度依次減輕，但都屬於絕對不可泄漏的。
保管與處理
紙質檔案要注意防潮、防蟲、防火等等。但在信息化的當代，機要檔案更多的是以電子媒介方式存儲的。因此保管人員必須具備優秀的信息素質，有能力應付來自網際網路或者內部的數據入侵。做好保密工作。由於機要檔案都有一定的保密年限（特殊情況下除外） 或者遇到戰亂、遷移、國家安全需要等。就不得不考慮檔案的處理問題：紙質檔案是在監管人員的監視下 由內部人員 用碎紙、焚燒或化學腐蝕方法銷毀。電子化檔案則由專業的粉碎軟體粉碎（國際一般通用美國CIA執行標準）。使用的是完全不可逆的粉碎算法。或者在強磁強電壓下使存儲介質完全被格式化，達到銷毀效果。
意義
對待機要檔案，除了相關工作人員要注意檔案的保密性，作為廣大的愛國百姓也應該加以重視，不受非法勢力的威脅或誘惑，堅決維護國家機密。
發展史
機要通信的密級標準，是機要通信的重要內容之一。制定和明確機要通信的密級標準，是機要通信正常進行的可靠保證。機要通信在解放初期被稱為機要交通。1952年11月7日政務院公布了“關於機要交通的組織與工作總則”檔案，對機要交通的任務和實施規定做出了明確規定，使機要交通工作有了遵循的方針和依據。該檔案中規定了對機要交通的密級劃分為兩類。即“密件”和“絕密”。
當時由於機要交通的業務不斷增長，客觀形勢發展趨勢反映出，機要檔案增加是不可避免，但從檢查檔案發現，其中確有相當一部分不應屬於機密檔案。據當時幾個地區的估計，此類檔案一般占全部檔案的15%左右。這就相當嚴重的影響和損害了真正機密檔案的迅速安全傳遞。如其任其發展下去，機要交通就會變成第二個地方郵政，也就失去了機要交通工作的意義。
為此，中共中央為公廳在1954年5月5日批准了機要交通總局的暫時規定，發出通知：把黨政系統的秘密檔案分類為三類，即“絕密”、“機密”、“秘密”。絕密和機密檔案規定必須經由機要交通遞送，一般的秘密檔案（即機關一般內部往來公文，函件和發至區、鄉的一般檔案）可用掛號信件交地方郵政遞送，以免使機要交通負擔過重，反而損害黨的機密。這個規定的意義十分重大，從兩類分類三類，不只是數量上或名詞上的變動，也不單純為了求得和軍隊的檔案分類一致，避免糾紛而規定的，其主要意義和秘密檔案劃分為三類比劃分兩類更加合理，對保密工作更有利，以確保絕密，機密安全傳遞。保密的重點是一般放在“絕密”和“機密”檔案上，這樣保密的目標就集中、明確。這就可以避免兩種偏向：一是把真正涉及到黨和國家的機密檔案都看成一般的秘密檔案。二是把機關中一般內部檔案都看成機密，而實際上是忽視真正機密的偏向。兩種偏向對保密都不利。保密如果沒有重點，不分主次的想法和作法都是不對的。
1957年4月1日，郵電部接辦機要通信業務以後，仍按原機要交通總局所規定的機要函件分類標準執行，為“絕密”、“機密”、“秘密”三類適用，至今保持不變。
