電影劇情
世間人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，緊接著的……是離別。刺耳的警報聲驟然響起，通過無線電傳入每個人的耳中。八號殖民地“白雪公主”正遭到突如其來的襲擊，防禦力量正被迅速瓦解。與此同時，“白雪公主”內部突然出現幾個頭帶斗笠象僧侶一樣的人開始追殺研究員……當入侵的機器人突入“白雪公主”的時候，裡面已經血流成河。那些僧侶們留下一句“你來遲了一步，復仇者，你還未夠道行啊”，就神秘的消失了。
接到求救的聯合宇宙軍戰艦迅速趕到，但是“白雪公主”各處已經開始發生爆炸。入侵的機器人留下的唯一蹤跡是玻色子跳躍前的模糊影響，而這種跳躍應該是比它大幾十倍的大型戰艦才能做到了，幽靈機器人的說法因此不脛而走。
因為四個殖民地連續發生爆炸，地球統合軍成立意外調查委員會負責調查次事，但他們不信有關機器人玻色子跳躍的事情，還把宇宙軍排除在外。為此聯合宇宙軍自行展開調查，計畫從玻色子跳躍系統入手，這就牽涉到葫蘆計畫。葫蘆計畫是在人類活動頻繁的宇宙區域內的一些殖民地之間建立玻色子跳躍通道，這樣擁有次元歪曲防壁可以經受跳躍衝擊的戰艦就可以通過鬱金香方便的來往於各地。按照計畫，星野琉璃少校任艦長的機動戰艦NADESICO·B奉命出發前往葫蘆計畫的中樞——殖民地“天照”。
在殖民地“天照”，琉璃受到當地指揮官的故意怠慢，於是她將計就計，表面上接受殖民地安排的所謂“檢查”，暗地裡利用NADESICO·B里的超級電腦“思兼”侵入“天照”的電腦系統，結果不僅發現有葫蘆計畫正式設計圖上沒有的玻色子跳躍通道，還發現大量非正式的玻色子跳躍的人體實驗記錄。
正在這個時候，“天照”內的電腦系統出現反常現象，電子螢幕上充滿了OTIKA的字樣，無法正常工作。“OTIKA反過來就是AKITO，也就是明人”，突然想到這點的琉璃似乎預感到什麼，“那是暗號，還是巧合？但是那個人……明人和由利加已經死了呀。”
入侵者終於出現了，在玻色子的燦爛光芒中。連NADESICO也無法識別的入侵機器人雖然只有十來米長，但是激動性和威力卻非常強大。這時琉璃果斷地命令NADESICO進入戰備狀態但不參與“天照”的保衛戰鬥，而是靜觀其變。另一方面，天照出動的是涼子帶隊的愛特巴里斯隊，入侵者似乎抵擋不住迎擊而想要撤退，可是誰知這是調虎離山之計。當愛特巴里斯隊被引到殖民地外圈的時候，一艘不明戰艦突然通過時空跳躍出現，用重力波炮攻擊使殖民地警衛隊損毀嚴重，入侵機器人也乘亂進入了殖民地內部。
“你認識的天河明人已經死了，我想你收下他曾生存的證據”星野琉璃，被稱為“電子的妖精”的女孩，NADESICO·B的艦長琉璃+超級電腦思兼+NADESICO·C= 無敵
最後的決鬥就在眼前，明人乘坐的黑色機器人蓄勢待發
他會回來的，如果他不回來，我們便追上去，因為那個人對我們很重要”
這時在殖民地指揮部，一夥自稱火星後繼者的人發動政變占領了“天照”，而另一方面緊隨入侵機器人進到基地內部的涼子在那裡見到了上次戰爭中地球和木星都想得到的火星遺蹟——玻色子跳躍的黑匣子。黑暗中突然傳來一陣攝人心魄的鈴聲，“危險！”，聽到了黑色機器人駕駛員的警告，涼子僥倖躲過了偷襲。偷襲者出現了，他們就是上次在“白雪公主”大開殺界的那些僧侶，也是火星後繼者背後的影子——心黑手辣的暗殺者。僧侶的首領向黑色機器人發話了，“你要死在自己的妻子面前嗎”，隨著這話音，遺蹟緩緩展開，出現在裡面的竟然是由利加。原來由利加沒有死啊，涼子想，那么明人呢？剛才黑色機器人駕駛員的聲音怎么這么耳熟？啊！是明人，他們都還活著！
混戰中涼子被趕來支援的赤月救出，明人和由利加下落不名。“天照”終於被火星後繼者給爆破了，之後火星後繼者占據了火星極冠，在那裡和他們的支持者集結，想要依靠遺蹟的力量和統合軍對抗。
通過調查，大家得知火星後繼者造就和尼魯加路的競爭對手聯合起來，希望通過掌握波色子跳躍通道的“葫蘆計畫”來達到起野心。為此需要那些為數不多的A級跳躍者來做玻色子單體跳躍的領航員，明人和由利加就是在蜜月旅行的時候被火星後繼者綁架了的，當局為了保密才宣稱他們不幸遇難。後來明人僥倖逃脫了出來，一直在暗中和火星後繼者戰鬥。
面對新的威脅，琉璃等人奉命回地球召集人手，已經退役的原NADESICO成員又重新聚集起來，更有不少年輕人加入。然而，到達地球的不只是他們……戰鬥即將爆發，結局到底是什麼樣的呢？
演職員表
職員表
導演：佐藤龍雄演員表
主演：南央美 / 凱利米諾格 / 上田祐司 / 桑島法子 / 日高法子 / 三木真一郎 / 伊藤健太郎角色介紹
星野 琉璃(Hoshino Ruri ホシノ ルリ) | |
16歲，“Nadesico B”艦長，階級少佐（相當於少校）。自從與木連的戰爭結束後，她便和明人、百合香一起生活，但幸福是短暫的……劇場版故事開始時已16歲，是聯合宇宙軍史上最年輕少佐，並成為戰艦“Nadesico B”艦長。和以前相比面容顯得稍為寬容，而且開始浮現出一般人的喜怒哀樂表情了。心裡依然懷念以前 Nadesico 的一切，尤其是“他”……故事開始時，她被宇宙軍任命，往殖民星“天照”追查和“葫蘆計畫”有關的研究地神秘遇襲的事。當時的琉璃，已以“電子妖精 ”、“史上最年輕美少女艦長”等名號而聞名於世。 | |
天河 明人(Tengawa Akito テンガワ アキト) | |
23歲。木連之戰結束後不久便和百合香結婚，但在新婚旅行中遭遇太空船意外而宣告死亡，但其實是被一個叫“火星的後繼者”的神秘組織所俘虜，而成為他們的實驗體，弄至味覺等多種感官幾近全失，最後被尼路加秘密行動組救出。作為百合香的“王子”，在劇場版中，他卻披上黑衣，成為一個面容冷漠，從地獄深淵而來的復仇鬼，這便是標題 "the prince of darkness" 的由來。 | |
御統 百合香(Misumaru Yurika ミスマル ユリカ) | |
25歲，階級大佐（相當於上校）。和明人的新婚旅行事故中同樣宣告死亡，但其實亦是被“火星的後繼者”所擒，後以最新技術把她和遺蹟結合在一起，充當“人型翻譯機”，把玻色子跳躍的影象傳入遺蹟中心。不像明人，今次的實驗成功了，而她的腦和感官均安然無恙。 |
馬奇比.哈利(玻璃)(Makibi Hari マキビ ハリ)
11歲。"Nadesico B" 的副艦長補助，階級少尉。和琉璃一樣同是自小接受遺傳子操作而擁有 IFS 操作能力的人，不過和琉璃不同，由於他是被寄養在普通家庭成長，所以他比較明朗、和普通小孩無大分別，而且感情豐富；他對琉璃有一種像面對姊姊般的仰慕之情，但對花花公子高杉的行為卻顯不滿。
高杉三郎太(Takasugi Saburouta タカスギ サブロウタ)
25歲。"Nadesico B" 的副艦長，階級上尉，是原木連將校，地球和木連和平交好後加入了連合軍。外表看上去是個嬉皮笑臉、玩世不恭的花花公子，但卻是個可靠的副艦長和技術不凡的艾斯特巴利斯駕駛員。在琉璃未回到宇宙軍前已被派做她的保鏢，而一直對琉璃仍像守護公主的騎士般忠心不二。
草壁 春樹(Kusakabe Haruki クサカベ ハルキ)
原木連軍司令，對心目中的正義極為固執不移的極端激進份子。當年為阻止木連和地球議和而設計暗殺白鳥九十九，在戰爭結束後另起爐灶，自命為當年火星先進種族的真正繼承者，占據了極冠遺蹟。不過他本身卻非罪大惡極之徒，他奪取遺蹟是因不想世間因使用玻色子跳躍而發生混亂，想建立一個新秩序，可惜因過於把自己信奉的正義放於一切之上，因而造成今次災禍。
北辰(Hokushin ホクシン)
草壁直屬暗殺部隊隊長，左眼是義眼，和其部屬六人負責執行“火星的後繼者”要執行的俘虜、刺殺等行動。他不像草壁，心中並沒有甚么正義與否的想法，喜歡從殺戮中得到快感，是個極為兇狠和冷酷無情的危險人物。
拉比斯萊芝莉(Rapisu Razuri ラピス ラズリ)
和琉璃類似、尼路加又一個用遺傳子操作培肓的 IFS 操控少女。在年前被“火星的後繼者”虜去成為實驗品而成為蒼白無表情面貌，現和明人一起行動，支援著失去感覺的明人，並是戰艦“休查利斯”的駕駛者。
葵 純(Aoi Jun アオイ ジュン)
連合宇宙軍戰艦“阿馬莉莉斯”艦長，階級中佐（相當於中校），是首次目擊黑色機器人的人之一。對女孩子依然十分沒有辦法。
昂 涼子(Subaru Ryoko スバル リョウコ)
23歲。現已成為統合軍的教官和艾斯特巴利斯隊“獅子之大鐮”的隊長，性格依然火爆，但在戰略、戰術方面有很高的洞察力。
天野 光(Amano Hikaru アマノ ヒカル)
23歲。和涼子、泉同為以前 Nadesico 艾斯特巴利斯隊駕駛員，戰後成為了人氣漫畫家，在少年志連載熱血校園漫畫，卻常受被催稿之苦...
真木 泉(Maki Izumi マキ イズミ)
23歲。戰後於世界各地流浪了一年，後受僱於酒吧“花目子”而成為媽媽桑，行為依然怪異，唱著奇怪的歌曲。酒吧中貼著不少當年Nadesico上的照片，顯示仍懷念那時的生活。
遙 湊(Haruka Minato ハルカ ミナト)
回歸平民生活後成為了數學教師，溫柔而對小孩子有愛心。和白鳥雪奈一起生活，和琉璃間保持有書信聯絡。在看到身負重任的琉璃後下定決心加入特別部隊。
伊涅斯 弗雷珊久(Ines Furesanju イネス フレサンジュ)
33歲。在天河夫婦逝世事件後也宣告死亡，其實只是偽裝，以防成為“火星的後繼者”的目標。正秘密地以“A級跳躍者”身份而活躍於玻色子跳躍的領航員工作。
Prospector(プロスペックタ)
現屬尼路加重工的會長室秘書組，主要負責情報收集工作。後被任命出山幫助琉璃重召舊戰友，協力成立獨立部隊"Nadesico C"。他本人說 "Prospector" 只是他的筆名，其真名依然是個謎。
歌特 荷里(Goat Hory ゴート ホリー)
現屬尼路加重工的秘密行動組，負責諜報和秘密工作。加入協助新 "Nadesico C"戰艦和狙擊“北辰暗殺部隊”等任務。雖外表粗魯，內里卻意外得細心。
白鳥 雪奈(Shiratori Yukina シラトリ ユキナ)
16歲。原木連英雄白鳥九十九之妹，地球和遙同住，是個可愛而活潑、大膽的女高中生。後加入撫子C中，在遙之側擔任通信士。雖對純有好感，但仍未發展至愛情關係。
惠 麗奈特(Megumi Reinard メグミ レイナード)
22歲。原Nadesico 通信員，戰後回歸聲優本業，也參與歌手、電台DJ工作，因其曾參與蜥蜴戰爭的特殊背景，令她成為大人氣的新偶像。
保美(Houmay ホウ メイー)
以前Nadesico的飯堂主人，經營小餐館“日日平穩”。順帶一提，以前她手下的“保美少女組”(Houmay Girls) 在惠的提拔下現已成為新晉歌手組合，並主唱“葫蘆計畫”的宣傳歌曲。
瓜畑 星矢(Uribatake Seiya ウリバタケ セイヤ)
回復到平常的修理工生活，妻子已懷了第三胎，但他卻不知去向....
明月 永(赤月 流)(Akatsuki Nagare アカツキ ナガレ)
尼路加重工會長，當年曾陰謀解散 Nadesico，戰後曾一度失蹤，實質在幕後進行開發黑百合、與及對敵對勢力進行查探工作。今次他又會是敵是友？
艾莉娜(Erina Kinzouwong エリナ キンゾウウォン)
尼路加重工會長秘書，戰後代替退隱的明月在幕前工作，受命幫助明人，並曾在明人最消沉時期加以安慰，二人似乎有超友誼關係。
月臣 元一郎(Tsukiomi Genichirou ツキオミ ゲンイチロウ)
原木連將校，當年在火星一役中被明人的說話所感動，現已成為尼路加的秘密行動組一份子，精通木星柔道術已達化境。
御統 光一郎(Misumaru Kouichirou ミスマル コウイチロウ)
百合香之父，連合宇宙軍總司令，因要奪還遺蹟而成立獨立部隊。
宗竹 義貞(Munetake Yosisada ムネタケ ヨシサダ)
連合宇宙軍參謀長，任命 Nadesico B 調查殖民地被攻擊事件。他乃是TV版中陣亡的宗竹的父親。
秋山 源八郎(Akiyama Genhachirou アキヤマ ゲンハチロウ)
原是草壁屬下的木連將校，在火星一役後投入連合宇宙軍，成為木連和地球間的友好大使，為人沉著和冷靜。
東(Azuma アズマ)
統合軍準將，在葫蘆計畫中負責終端殖民地“天照”的防衛工作，是個自大固紈的大叔。
山崎 良雄(Yamasaki Yoshio ヤマサキ ヨシオ)
殖民地“天照”開發團之副官，真正身份卻是火星的後繼者中負責研究玻色子跳躍的科學家之一，後來提議用輸入少女漫畫內容的方法以平復百合香的“暴走”問題。
新蔵 有友 (Shinzou Aritomo シンゾウ アリトモ)
統合軍中佐，真正身份卻是火星的後繼者的一員，是草壁的得力副手。
