1925年8月,北京政府段祺瑞任命馮玉祥督辦甘肅軍務善後事宜,仍兼任西北邊防督辦。同年10月初,馮玉祥派其部第二師師長劉郁芬代理甘肅督辦一職率部來蘭州,已經擔任第二師參謀長的楊耀東也隨軍來甘肅。 劉代理甘肅督辦,他任督署參謀長,後任第七方面軍總指揮部參謀長。
1927年9月,馮玉祥派到甘肅主持軍政的劉郁芬電知國民黨中央,保委馬鶴天、楊耀東、田崑山、李世軍、駱力學、楊慕時、張允榮、林競等為甘肅省黨務整理委員。並停止了各地的黨務活動,舉辦總登記,以造成馮派的局面。
1928年3月,劉郁芬派參謀長楊耀東到河南去見馮玉祥,坐了一段小篷子汽車,取道北路前進。行至靖遠縣以東甘鹽地附近地區,兩邊是山,中間是汽車路,突遇土匪,打槍攔截,他原想衝過去,不料輪胎被打穿了,無法前進,就下車跑進一個小山溝,而這個山溝沒有出口,遂被匪追趕打死。 劉郁芬當時首先懷疑有政治意圖。加上這股匪首楊候小恰是回族,更容易想到出於西寧或涼州的指使。後來把楊的屍體運回,檢查汽車裡所帶東西,槍枝全被劫去,皮包里的檔案並未丟失。土匪截車是偶爾碰上的,目的在劫奪槍枝和銀錢,沒有政治背景。