原為本村國小教員,‘九·一八’事變後,為救國救亡,報效國家,投筆從戎。1937年上海“八·一三”抗戰時,曾作為一名志願者前往參戰。戰後,於當年輾轉投奔延安,進入延安抗日軍政大學學習。1938年10月抗大畢業後,隨黎玉(原山東省委書記)、張經武(當時去山東縱隊擔任總指揮)等一起從延安赴山東抗日根據地。同年11月6日到達當時的蘇魯豫皖邊區省委駐地沂水縣岸堤村(今沂南縣岸堤鎮岸堤村),後分配到山東抗日軍政幹部學校(因校址在岸堤,也稱岸堤幹校)擔任軍事教員。在1939年夏天的反“掃蕩”中,任幹校第二大隊大隊長,率領二大隊轉戰於沂蒙山區,主要在馬牧池、岸堤、代莊、垛莊一帶活動,任務是保衛自己安全,相應打擊敵人,保衛民眾利益,支援地方組織等。1939年7月,在幫助蒙陰縣委打擊消滅土匪惡霸武裝的戰鬥中負傷。當月,率二大隊在岸堤的河子溝村與徐元泉主任帶領的一部分隊員會合休整,進行總結,並召開了祝捷會。
1940年春,在“肅托”事件中,因懷疑林元超為“托派”被錯殺。
1985年平反。
林元超有關事跡收錄於中共黨史出版社出版的《革命幹部的搖籃--岸堤幹校》一書。