車站樓層
東涌站大堂東涌站設3層，其中車站大堂上方為連線東薈城、富東商場及東涌站的行人天橋，當中設有部份車站商店。而車站大堂、商店及東涌站出入口則設在大堂層（C層），而東涌線月台則設在L2層。
行人天橋 行人天橋連線東薈城及富東商場
車站商店
C
大堂
(地面) 大堂 出口、巴士總站、昂坪360東涌站
客務中心、車站商店、“e分鐘著數”機
恒生銀行、自動售賣機、自動照相機、自動櫃員機
L2
月台 2號月台 東涌線列車往香港／迪士尼線方向
島式月台，左／右邊車門將會開啟
1號月台 東涌線列車往香港／迪士尼線方向
車站大堂
東涌站大堂東涌站的大堂位於地面，設有多間車站商店及票務設施。車站大堂同時預留空間方便日後加設多一組扶手電梯往返月台。
值得一提的是，東薈城連線富東商場的行人天橋剛好穿過東涌站大堂，車站大堂可看到該行人天橋，但行人天橋不連線東涌站大堂，需要利用A出口進出該天橋。
車站商店及自助服務
現時，東涌站內提供不同類型的商店供乘客購物或進食，例如有7-Eleven、麵包糕餅店、時裝店等零售業及恒生銀行及醫務所等服務。值得一提的是，港鐵的收費區是不能進食，因此大部份食肆均不會設在收費區內。
此外，東涌站也有不少自助服務設施供乘客享用，包括中銀香港及恒生銀行的自動櫃員機、自動售賣機、自動照相機等。車站內更設有香港郵政信箱，方便乘客在車站內投寄郵件。車站更設有“e分鐘著數”機，供乘客登記為港鐵友禮會會員、查閱獎分、換領獎賞及購買網際網路用代幣和點數卡。
車站月台
東涌站設有2個月台，1號及2號月台均設於島式月台，以預留日後可能伸延至東涌西站。月台在啟用前均已裝上月台幕門。乘客可利用任何一個月台乘坐前往香港／迪士尼線方向的列車，東涌線於非繁忙時間及假日都會主要停靠2號月台。
車站出口
東涌站1號月台東涌站設有4個出口，在各個車站出口，均設有指示牌顯示出口周邊的建築物及設施列表。
A - 富東邨
東堤灣畔（第一至第三座）、青松侯寶恆國小、富東邨、富東商場、香港教育工作者聯會黃楚標中學、保良局馬錦明夫人章馥仙中學、寶安商會溫浩根國小、香港聖公會東涌綜合服務、東涌健康中心、市區的士站、港青基信書院、裕東苑
設有斜道及失明人士引導逕往返地面
B – 昂坪360
昂坪360東涌站、巴士總站、東涌民政事務處、東堤灣畔（第五至第九座）
設有斜道及失明人士引導逕往返地面
C - 東薈城名店倉
東薈城名店倉、映灣園、藍天海岸、可譽中學暨可譽國小、影岸‧紅、水藍天、靈糧堂怡文中學、靈糧堂秀德國小、諾富特東薈城酒店、海堤灣畔
D - 富東街
富東街、佛教青年營、大嶼山的士站、翔東路
利用狀況
東涌站是東涌線的總站，在2005年6月1日欣澳站啟用之前，一直是大嶼山唯一一個鐵路車站。每逢假日的時候，不少市民便會利用此站轉乘新大嶼山巴士前往大澳、寶蓮寺等地。
直至現時，東涌站仍然是東涌市中心的唯一鐵路車站，因此3萬7千名遠離東涌市區的逸東邨居民均須轉乘新大嶼山巴士往返東涌站，其餘約萬多名大嶼山大澳及嶼南道一帶的居民主要倚賴本車站作往返市區之用。另外，亦有不少往返香港國際機場的乘客利用東涌站往返市區（或因較使用機場快線便宜得多）。
接駁交通
在東涌站旁的東薈城地面設有一個公共運輸交匯處，乘客亦可在東涌站下車轉乘城巴和龍運巴士聯合營辦的S1或城巴S56或龍運巴士S64前往香港國際機場，或是轉乘不同的巴士路線前往逸東邨或大嶼山各地。乘客同時可在此站步行至東涌纜車站轉乘昂坪360纜車往昂坪。
