成立背景
一、南太平洋戰爭爆發，日寇於1941年12月8日進攻香港，12月25日香港淪陷。在國際反法西斯戰爭的環境下，組織游擊隊到香港展開游擊戰爭，是整個國際反法西斯統一戰線的組成部分，有重大的國際意義。
二、南太平洋戰爭爆發之前，迫於國民黨頑固派反共反人民的政策，中國許多文化界的精英從內地轉移到香港，以香港為陣地，繼續與國民黨的反動統治作鬥爭。南太平洋戰爭爆發後，黨中央急電指示廣東人民抗日游擊總隊（後稱東江縱隊）一定要把這些文化界的精英，國家的寶貴財富搶救出來。廣東人民抗日游擊總隊緊急從惠陽、寶安派人一直深入到邊沿地區，配合香港的地下黨組織搶救文化人，保護他們疏散到安全地帶。
三、在日本侵略軍占領新界和九龍時，英軍很快投降，有大量的失散的槍枝彈藥、工業用品等物資。為了奪取這些武器和物資武裝我們的部隊，以增強戰鬥力，廣東人民抗日游擊總隊派出人員進入香港地區，取得很多槍枝和物資。經過一段時間的活動，認識到有必要而且有可能堅持港九地區的鬥爭，總隊決定在港九地區成立港九大隊，將派到港九地區活動的各個部隊統一組成一個指揮部。
組建過程
港九大隊海上中隊港九獨立大隊成立以後，得到民眾的廣泛支持，特別是新界的原居民，他們不但積極援助游擊隊，許多人還加入部隊，投身到抗日救國保衛家鄉的戰爭中。
最早參加港九獨立大隊的人，很多是青年知識分子，有不少是家境富裕的英文書院的學生。如港九獨立大隊政委陳達明是位大學生；國際工作小組負責人黃作梅畢業於皇仁書院；給曾生司令當英文翻譯的林展是庇理羅士女書院的學生；全家共有九人參加游擊隊的沙頭角羅家，幾兄弟也分別在英文書院和大學讀書。
組織發展
英勇作戰
短槍隊長劉黑仔港九大隊屬下有短槍隊和幾個區中隊，隊員竭力攻擊強盜和日軍，保障農作物及人命安全。港九大隊亦幫助破壞日本在香港的軍事據點，和促進了在中國人、英國人和美國人之間友誼。在使用游擊戰的常規戰術下，他們殺死了一些漢奸和其同黨，在九龍和廣州保護貿易商人，攻擊大埔的警察局，並轟炸啟德機場。
營救行動
香港淪陷時，有一大批中國文化界知名人士和愛國民主人士，以及國際友人滯留港島，處境十分危險。港九大隊克服重重困難，配合廣東人民抗日游擊隊先後從香港營救出何香凝、柳亞子、茅盾、鄒韜奮等700多人，一些國民黨官員和眷屬、遇險的美國航空隊飛行員以及港英官兵和荷蘭、比利時、印度等國的人士近百人，在國內外影響很大，對促進抗日民族統一戰線和國際反法西斯統一戰線的工作，起到了積極的作用。
營救文化界人士另外，港九大隊亦協助營救戰俘，包括著名的賴廉士爵士、祈德尊爵士、王國棟教授和David Bosanquet。
港九大隊對盟軍最重大的貢獻，是搶救了8名因日軍擊落其飛機而跳傘到九龍的美國飛行員。當時為1944年2月11日，美軍第十四航空飛行指揮員兼教官克爾(Donald W. Kern)中尉在轟炸啟德機場時被日軍擊中，跳傘降落觀音山，後得到游擊隊小交通員李石仔等救助才能逃出日軍的搜捕。
新的發展
1942年4月，港九大隊隊員加強了對大嶼山的控制，強化與澳門和廣州的通信。1943年12月2日，“廣東人民抗日游擊隊”改編為“廣東人民抗日游擊隊東江縱隊”，簡稱為“東江縱隊”，而港九大隊仍是它下轄的一個分隊。
隊伍撤出
港九獨立大隊游擊戰士經歷無數艱險，不怕犧牲，堅持敵占區反法西斯戰鬥，直至1945年8月15日日本宣布無條件投降。8月30日，英國太平洋艦隊司令夏愨（cecil Harcourt）率軍艦抵港，港九獨立大隊奉命於9月28日發出宣言，向港九同胞告別，一周內撤出港九地區。該隊大部人員後來隨東縱北撤，一部分留在香港堅持地下鬥爭，還有一部分人員復員。
組織評價
不公正的評價1946年4月30日，港督楊慕琦從瀋陽戰俘營重返香港，正式成立香港政府。直至1997年6月30日，末代港督彭定康離任，前後經歷半個多世紀，他們對於反法西斯戰爭期間，曾經配合盟軍英勇作戰、深入集中營營救英軍戰俘、長期支援英軍服務團進入香港建立情報系統的游擊隊，一直不承認他們的存在，不給予他們應有的歷史地位，是不公正的。
正確的評價
香港特區行政長官董建華參加烈士紀念儀式