在圓滿完成教學及行政工作的同時，朱蓓薇教授的絕大部分精力都用在了科研上，她以一種極其敬業的態度、以一種常人所沒有的忘我精神對待自己的科研工作。多年來，一直從事食品科學與加工，主要研究農、水產品的精深加工基礎理論研究和套用研究，到目前為止，主持完成國家自然科學基金項目、國家863計畫項目、國家973計畫項目、國際合作重大項目、國家農轉資金計畫項目以及省市科技項目20多項，校企合作課題40餘項，創造產值超過20億元。其成果獲各種獎勵14項，包括國家技術發明二等獎1項，國家教育部技術發明二等獎1項，遼寧省技術發明一等獎1項，二等獎3項，三等獎1項；大連市科技進步一等獎3項，二等獎1項；專利發明獎3項。申報國際PCT專利2項，中國發明專利46項，授權26項。發表論文100餘篇，主編及參編著作、教材10部。促進了農水產品研究水平的提高，推動了食品加工業的飛速發展。
我國是一個農業大國，在我國13億人口中有9億是農民，只有農民富了，我們國家的經濟才能真正地富起來，這是朱蓓薇教授時刻不能駐足的動力源泉。朱蓓薇教授致力於農水產品深加工的研究，致力於為農民生活水平的提高作貢獻。
朱蓓薇教授始終把科研成果能否產業化放在首位，面向經濟主戰場，為企業解決實際問題，她把自己的所學，毫無保留的傾注於我國農產品深加工水平提高的事業中。以大連的海洋特色資源為切入點，加大進行海洋資源的深加工的研究力度，並在省、市政府及有關部門的專家諮詢會上呼籲，應該抓住海洋食品開發的機遇，占領二十一世紀食品研究的制高點，這不僅是開發海洋資源的問題，也關係到創特色和品牌，建立新興產業，拉動東北老工業基地經濟發展的大局。朱蓓薇教授以海珍品海參為突破點，海參具有奇特自溶現象，捕撈後如不及時處理很快化為黑水，這是海參深加工的瓶頸問題；傳統海參只能鹽漬或乾制保存，亟待打破傳統模式，開發新的海參深加工產品。經過十餘年的努力，揭示了海參自溶本質，發明了自溶酶技術，從根本上解決了困惑世人多年的海參“自溶”、“軟爛”等關鍵技術瓶頸，並於2000年實現產業化，誕生了我國第一個具有自主智慧財產權的海參精深加工產品。該成果的意義不僅在於產品本身，更在於由此帶領了遼東半島和膠東半島兩個我國最主要海參產區的養殖業和加工業進入快速發展的軌道。該成果“海參自溶酶技術及其套用”在2005年獲得國家技術發明二等獎，並在大連獐子島漁業集團股份有限公司、大連非得生物產業有限公司、大連玉璘水產有限公司、大連先先食品有限公司、大連海晏堂生物有限公司、大連九龍海洋生物科技有限公司、山東威海市宇王水產集團等多家企業進行了推廣套用，培育了“獐子島”、“非得”、 “玉璘”、“宇王”等多個全國知名品牌，創造產值超過15億元。
同時，朱教授還在鮑魚、海膽、牡蠣、扇貝、海藻等海珍品的深加工領域獲得了成功，研究成果在大連、遼寧、山東的多家企業實現產業化，她依靠自主創新，引領著海洋食品精深加工領域的發展方向，還帶動了其它行業如水產養殖業、苗種培育、餐飲業、運輸業等相關行業的發展，直接、間接增加就業人數，並帶動周邊地區農戶，使農民收入由以往單一種植收入，變為水產養殖、加工等多種渠道收入來源，創造了巨大的經濟效益和社會效益。
除此之外，朱蓓薇教授時刻捕捉市場信息，充分利用地方資源，解決農產品後續加工問題。我國擁有大量農產品地方特色資源，其一直處在加工水平不高、附加值低的狀態，經過多年的潛心研究，“多肽營養豆奶”技術在大連留連食品有限公司和湖北咪力食品有限公司等多家企業實現了產業化，並作為國家重點推廣計畫項目在全國推廣；“食用菌多糖的提取技術”在遼寧、吉林、黑龍江等地多家企業實現了產業化；利用黑米糠、萬壽菊等原料製備天然色素技術改善了著色劑添加劑領域的狀況；還有部分專利技術在新疆、西藏、湖北、四川、內蒙等地實現產業化，等等，直接創造產值超過5億元，在很大程度上解決了農民的後顧之憂，拉動了種植等相關產業的發展，增加了農民收入，為農業經濟創收、穩定農村經濟、發展農業現代化、建設社會主義新農村做出了突出的貢獻。
朱蓓薇教授作為一名普普通通的人民教師，、一名普通的科技人員，她以勤懇的敬業精神對待自己的事業，十幾年來，她孵化培育企業數十家，以忘我的付出把自己融入到我市、我省、乃至整個東北地區、內蒙、山東、四川、湖北、新疆、西藏等省的農水產品深加工的產業中。由於她工作業績突出，先後榮獲全國星火科技先進工作者、東北地區振興老工業基地遼寧省巾幗發明金獎、連續多年榮獲遼寧省“三八”紅旗手、遼寧省優秀教師，遼寧省巾幗發明金獎，遼寧省五一勞動獎章、遼寧省十佳科技女傑、遼寧省海洋與漁業科技先進個人、遼寧省優秀科技工作者、遼寧省百千萬人才工程“百層次”人選、大連市女性人才一等獎、大連市跨世紀人才、大連市十佳科技工作者、大連市勞動模範、大連市“巾幗建功”標兵等多項榮譽和稱號，享受國務院政府特殊津貼。
