有根樹

有根樹是具有方向的系統發生樹（phylogenetic tree），包含唯一的節點，將其作為樹中所有物種的最近共同祖先。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作為外群（outgroup），這個外群要足夠近，以提供足夠的信息，但又不能太近以至於和樹中的種類相混。

基本信息

• 中文名：有根樹

• 具有：方向的系統發生樹
• 領域：電腦程式
• 節點：樹中所有物種的最近共同祖先

簡介

有根樹

有根樹是具有方向的樹，包含唯一的節點，將其作為樹中所有物種的最近共同祖先。把有根樹去掉根即成為無根樹。一棵無根樹在沒有其他信息（外群）或假設（如假設最大枝長為根）時不能確定其樹根。

與無根樹的區別

系統樹可以是有根的，也可以是無根的。在有根樹中，存在一個被稱為根的特殊節點，由此導向任何別的節點都只有唯一有根系統樹和無根系統樹。箭頭指示從根到OTUD的唯一途徑。每一途徑中的方向與進化時間相對應，而根則是所有正被研究的OTU的共同祖先。無根樹是一種只將OUT間的關係具體化而未定義進化途徑的樹。對三個物種來說，存在著三種可能的有根樹，但只有一個無根樹。從三種OYU可能會構建出三種不同的有根樹，但卻只有一種無根樹。對n個OTU而言，兩分叉有根樹的數目(NR)由NR=(2n-3)!/{[2^(2-n)](n-2)!}(n≥2)，對n≥3，兩分叉無根樹的數目為(NU)=(2n-5)!/{[2^(n-2)](n-2)!}。n個OTU的可能無根樹數等於(n-1)個OTU的可能有根樹數。OTU從2到10的可能有根樹和無根樹的數目如下表：隨著n的增加NU和NR和都極快地增大，而到10OTU時已經有200多萬兩分叉無根樹和將近3500萬有根樹了。由於這些樹種只有一種能正確表示這些OTU間真是的進化關係，所有，當n較大時，推論出真實的系統樹比較困難。