有孔蟲界分為三類：
絲足蟲類-各種各樣的阿米巴及鞭毛蟲（flagellates），通常擁有絲狀的假足，在土壤十分常見。
有孔蟲門-變形蟲狀、擁有網狀假足，通常為海洋的底棲生物（benthos）。
有孔蟲顯微鏡下放散蟲門-變形蟲狀、擁有軸足（axopods），通常為海洋的浮游生物（plankton）
其他類別有可能被歸入絲足蟲類，但部分分支則較為接近有孔蟲門。它們為Phytomyxea及Ascetosporea，分別為植物及動物的寄生生物，與及特別的阿米巴Gromia。有孔蟲界的不同組別主要因為基因上的相似性而被認為是近親。它們亦被認為是絲足蟲類的伸延。有孔蟲界的名稱Rhizaria由Cavalier-Smith在2002年提出，他亦提出了Apusozoa及centrohelid的名稱。
與其他界別的關係
有孔蟲界為bikont分支的一部分，亦包含泛植物（Archaeplastida）、囊泡藻界（Chromalveolata）、反苞毛蘭（Excavata）與及其他較小、未分類的組別例如Apusozoa及Centrohelid。和其他bikont相同，它們均源自擁有兩個鞭毛的真核異養生物（heterotrophic）。亦有想法認為有孔蟲界與Excavata有與其他組別相比，在分支稱為（Cabozoa）中有較深的關係。
歷史上其分類的演化
歷史上很多有孔蟲界的生物因為其機動性及異養性而被認為是動物。但自從五界系統(Five-kingdomsystem)替代動植物生物的二分法（dichotomy）成為主流後，有孔蟲界被當為原生生物界。接著，卡爾‧伍茲（CarlWoese）刊出其三域系統。因為無核生物界（或稱為原核界）（Monera）的側系統性（paraphyly），分類學者把注意力轉移在真核生物領域及原生生物（Protista）的固有側系統性上。經過大量討論後，現在討論仍然持續，有孔蟲界被歸類為單源的分類。
