定義
鞭毛亞門(Mastigophora)的原生動物。多為單核，具鞭毛1或多根，用於運動和感覺。許多鞭毛蟲具薄而堅韌的表膜或被以一層膠狀物。無性(縱裂)或有性生殖。鞭毛蟲可分2綱︰植鞭毛蟲綱(Phytomastigophorea,類似植物)及動鞭毛蟲綱(Zoomastigophorea,類似動物)。
鞭毛蟲植鞭毛蟲綱含葉綠素，能營光合作用，如眼蟲和腰鞭毛蟲。植鞭毛蟲綱和藻類之間無明顯區別。某些植鞭毛蟲類在植物分類學上置於藻類中。動鞭毛蟲綱的成員無色，接近於動物，如共生的超鞭蟲。有的動鞭毛蟲生活在白蟻和蟑螂消化道中，能幫助昆蟲利用纖維素中的營養。鞭毛蟲有單獨的、群體的(團藻蟲屬〔Volvox〕)、自由生活(眼蟲屬〔Euglena〕)或寄生的(錐蟲屬〔Trypanosoma〕)。寄生的類型在宿主的腸或血流中，許多其他鞭毛蟲(腰鞭毛蟲)跟浮游生物一樣有的生活在海水裡，有的生活在淡水中。
營養方式
鞭毛蟲①自養性營養(或稱植物性營養)，即體內有色素體，能行光合作用自己製造養料，如衣滴蟲；
②腐生性營養，體內無色素體，借體表滲透作用攝取周圍環境中呈溶解狀態的有機物，如錐蟲；
③動物性營養，以胞口等攝取或吞噬外界固體食物，如變形蟲、草履蟲等。另外，如綠眼蟲等，尚有混合性營養方式，即在有光條件下，可行光合作用，自製養料；在無光條件下則進行腐生性營養。無性生殖的一般為縱二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖則為同配或異配生殖。分布極廣，自由生活於淡水、海洋和潮濕的土壤中，少數營寄生生活，有些是人畜的病原體，如錐蟲、利什曼原蟲、毛滴蟲等。約有2000餘種，分2亞綱。
植鞭亞綱Phytomastigina都具有色素體，可行光合作用即進行植物性營養。澱粉及副澱粉是其主要的食物貯存物，有無性生殖和有性生殖，蟲體通常具有2根鞭毛，體表為皮膜或纖維素細胞壁，自由生活。(如盤藻，扁眼蟲，夜光蟲，角鞭毛蟲）
動鞭亞綱Zoomastigina沒有色素體，行動物性營養或腐生性營養，糖元是其食物貯存物，不行有性生殖，有一到數根鞭毛，蟲體表面只有細胞膜，除少數種類自由生活外，多數種類在多細胞動物體內營共生或寄生生活。（如管領鞭毛蟲，原滴蟲性，利什曼蟲型，錐蟲，披髮蟲）
生活方式
共生
鞭毛蟲圖冊鞭毛蟲生活在白蟻體內，白蟻喜歡吃各種木頭，但白蟻沒有消化木質纖維的酶，吃進去的木屑無法消化 ，生活在它腸內的鞭毛蟲能產生分解木質纖維的酶，將木質纖維分解，供白蟻當作養料吸收，同時鞭毛蟲也從中得到養料。如果把這兩種生物分離，二者都不能獨立生存。
