生平經歷
早年經歷
司馬丕晉哀帝司馬丕生於鹹康七年（341年）。鹹康八年（342年），受封為琅邪王。同年，晉成帝去世，本應司馬丕登基，但中書令庾冰因害怕其登基後失去權勢遂以司馬丕年幼為理由反對，於是司馬丕叔父晉康帝登基，改元建元。
永和元年（345年），拜散騎常侍。永和十二年（356年），加中軍將軍。昇平三年（359年），任驃騎將軍。
登基為帝
昇平五年（361年）五月，晉穆帝去世，皇太后褚蒜子下令說司馬丕本來早就該登基為帝，他是皇室正統，如今沒有人比他更適合當皇帝。於是司馬丕登基。 五月，司馬丕登基後大赦天下，同時封弟弟司馬奕為琅琊王。 同年七月，將晉穆帝安葬在永平陵；九月，立妃子王穆之為皇后。 十一月，司馬丕下詔讓晉穆帝、晉康帝過繼給晉顯宗司馬衍。
隆和元年（362年）正月，前燕將領呂護、傅末波攻陷小壘，兵臨洛陽。 正月十三日，推尊生母親周氏為皇太妃，進升琅邪王司馬奕為侍中、驃騎大將軍、開府。 四月，呂護再次侵犯洛陽。五月，司馬丕派北中郎將庾希、竟陵太守鄧遐率領水軍救援洛陽。七月，呂護軍退守小平津。 十二月初一日，出現日食，司馬丕下詔表示要減輕嚴峻繁瑣的賦稅，周詳地商議法令，全部遵循減損之要。
興寧元年（363年）正月，改元興寧。同年二月，大赦天下。三月，司馬丕生母皇太妃周氏去世於琅邪府，皇帝奔喪，詔令司徒、會稽王昱總管內外眾務，同月將其下葬。後司馬丕因為喜得一子而大赦天下。 同月，司馬丕親自下田勞動以發展農業。
興寧二年（364年）三月八日，因為司馬丕一向喜歡長生不老之術，按照道士傳授的長生法，斷谷、服丹藥，侍中高崧諫曰：“這不是好事情啊，陛下不應如此。”哀帝不聽，結果服藥後藥性大發而不能聽政，於是崇德太后褚蒜子攝政。 司馬丕先任命桓溫揚州刺史，後又派人讓其入朝為宰相，結果桓溫不同意。興寧二年（364年）七月，司馬丕下聖旨讓桓溫入朝，但八月，桓溫到了赭圻後就築城居住在那裡，桓溫的權勢和野心暴露。
中毒逝世
興寧三年（365年）正月一日，皇后王穆之去世。 同月，司馬丕在西堂去世，時年二十五歲。葬在安平陵。司馬丕死後諡號為哀，和王皇后並葬於安平陵。
晉哀帝司馬丕沒有後嗣，皇太后下達詔令，讓琅邪王司馬奕繼承帝位。
為政舉措
庚戌土斷
司馬丕在位期間實行土斷後，又在興寧二年（364年）三月一日再次推行，史稱“庚戌土斷”或“庚戌制”。 其主要精神是劃定州、郡、縣領域，居民按實際居住地編定戶籍。這一政策有利於行政統一和節省開支。時哀帝下令各地檢閱戶口把800寓戶口編入所在郡縣，嚴行法禁，因364年3月1日是庚戌日，故此制亦稱“庚戌制”。此制頒行後，彭城王司馬玄隱匿5戶，被查出後收付廷尉。在當時收效較大，但桓溫死後，此法亦止。
關注民生
隆和元年（362年），司馬丕登基不久，下詔減輕田稅，一畝只收二升。 同年八月，司馬丕令袁真運送五萬斛米到洛陽，同年冬十月，賞賜大米給貧窮的人，每人五斛。
歷史評價
褚蒜子：琅邪王丕，中興正統，明德懋親。
《晉書》：哀皇寬惠，可以為君，而鴻祀禳天，用塵其德。
書法成就
司馬丕的書法很好，晉朝偏安一隅，多文墨之氣，司馬丕也有書法作品。《淳化閣帖》是中國最早的一部匯集各家書法墨跡的法帖，其中就收錄了哀帝司馬丕的書法真跡《中書貼》， 於2003年上海博物館斥資450萬美元從美國著名古董收藏家安思遠處購回。
家庭成員
父母
父：晉成帝司馬衍。
母：周貴人，晉成帝妃嬪，後因哀帝即位為皇帝，尊為皇太妃。
兄弟
弟：晉廢帝司馬奕。
后妃
皇后：王穆之，太原晉陽人，王濛之女，母為安國鄉君爰氏。哀帝為琅邪王時，迎娶為王妃，即位後立為皇后，興寧二年（364年）崩。
皇太妃：名不詳，興寧元年（363年）三月崩於琅邪王府第。
兒子
皇子，名不詳，生於興寧元年（363年）。 由於《后妃傳》稱王皇后無子，此子應為嬪妃所生。又，哀帝死後並無皇子可繼位，亦無其皇子的傳記，此子應在哀帝死前便已夭折。
史籍記載
《晉書·卷八·帝紀第八》
《資治通鑑·晉紀》
陵墓遺址
晉哀帝司馬丕的陵墓為安平陵，位於今江蘇省江寧縣雞籠山之南，不起墳。《元和志·卷二十五·上元縣》：哀帝丕安平陵“在縣北六里雞籠山南”。
中國歷代皇帝之晉朝皇帝
| 廟號 | 諡號 | 姓名 | 年號 | 統治時間 |
|---|---|---|---|---|
| 西晉 | ||||
| 晉高祖 | 宣皇帝 | 司馬懿 | ||
| 晉世宗 | 景皇帝 | 司馬師 | ||
| 晉太祖 | 文皇帝 | 司馬昭 | ||
| 晉世祖 | 武皇帝 | 司馬炎 | 泰始 鹹寧 太康 太熙 | 266年—290年 |
| 孝惠皇帝 | 司馬衷 | 永平 元康 永康 永寧 太安 永安 建武 永興 光熙 | 290年—307年 | |
| 孝懷皇帝 | 司馬熾 | 永嘉 | 307年—313年 | |
| 孝愍皇帝 | 司馬業 | 建興 | 313年—316年 | |
| 東晉 | ||||
| 晉中宗 | 元皇帝 | 司馬睿 | 建武 太興 永昌 | 317年—323年 |
| 晉肅祖 | 明皇帝 | 司馬紹 | 太寧 | 323年—325年 |
| 晉顯宗 | 成皇帝 | 司馬衍 | 鹹和 鹹康 | 325年—342年 |
| 康皇帝 | 司馬岳 | 建元 | 342年—344年 | |
| 晉孝宗 | 穆皇帝 | 司馬聃 | 永和 昇平 | 344年—361年 |
| 哀皇帝 | 司馬丕 | 隆和 興寧 | 361年—365年 | |
| 司馬奕 | 太和 | 365年—371年 | ||
| 晉太宗 | 簡文皇帝 | 司馬昱 | 鹹安 | 371年—372年 |
| 晉烈宗 | 孝武皇帝 | 司馬曜 | 寧康 太元 | 372年—396年 |
| 安皇帝 | 司馬德宗 | 隆安 元興 義熙 | 396年—418年 | |
| 恭皇帝 | 司馬德文 | 元熙 | 419年—420年 | |
