機構職能
都指揮使司為明代地區軍事總機構，長官有都指揮使1人（正二品）、都指揮同知2人（從二品）、都指揮僉事4人（正三品），其屬有經歷司經歷（正六品）、都事（正七品）。斷事司斷事（正六品）、副斷事（正七品）、吏目各1人。司獄司司獄（從九品），倉庫、草場、大使、副使各一人。
行都指揮使司，設官與都指揮使司同。長官之中有一人統司事，稱掌印，簡稱都司，位次在布、按兩司之上。《明史·職官志五》說：“都司掌一方之軍政，各率其衛所以隸於五府，而聽於兵部。”
衛指揮使司設官與京衛同。外衛皆統於都司及行都司。衛以下為千戶所，千戶所又轄百戶所。千戶所有正千戶1人（正五品），副千戶2人（從五品），鎮撫2人（從六品）。其屬吏目1人。千戶所轄百戶所10個，共有百戶10人（正六品），總旗20人，小旗100人。
刑獄則歸鎮撫掌管。凡衛所皆隸於都司，而都司又分隸於五軍都督府。自衛所以下，其官兵多世襲，這是明代特殊制度之一。
都督府的都督名稱後來變為空頭的官階，而統兵之官則須別加總兵、副總兵、參將、游擊將軍、守備、把總等名目。《明史·職官志五》：“總鎮一方者為鎮守，獨鎮一路者為分守，各守一城一堡者為守備，與主將同守一城者為協守。又有提督、提調、巡視、備御、領班、備倭等名。
凡總兵、副總兵一職均須有公、侯、伯、都督爵銜者充任。其總兵掛印稱將軍者，雲南曰征南將軍，大同曰征西將軍，湖廣曰平蠻將軍，兩廣曰征蠻將軍……其在薊鎮、貴州、湖廣、四川及儹運淮安者，不得稱將軍掛印。宣德間，又設山西、陝西二總兵。嘉靖間，分設廣東、廣西、貴州、湖廣二總兵為四，改設福建、保定副總兵為總兵，又添設浙江總兵。萬曆間，又在臨洮、山海增設總兵。至明代末年，總兵官增置繁多，不可勝記。總兵在明代本為無品級之差委，至清代則為正二品的正規武職。
此外，還有軍民府、土州、土縣，其官員設定，與府、州、縣制相同。
掌管天津衛的最高官員就是天津衛指揮使，一位正三品的軍事長官。何教授說，明朝中央機構在初期設有三公(太師、太傅、太保)、三孤(少師、少傅、少保)。但這些基本上屬於榮譽稱號而非實授。處理具體政務的是中央設立的中書省，左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務。到1380年，朱元璋廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權力歸屬六部，由六部尚書(相當於各部的部長)直接對皇帝負責分理國家諸事。此外還設有具備司法功能的大理寺、相當於現在紀檢部門的都察院等一些職能部門。
地方機構
在地方上，明朝在各省設立布政司，左、右布政使各1人，是本省的最高行政長官；提刑按察使1人，負責司法之事；而本省軍事防務的責任就落到了都指揮使肩上。可謂是三司權責分明。
